第3師團第68聯隊：師團編成於名古屋，這個聯隊的士兵主要來自岐阜縣，就是在上海打寶山的那個聯隊，聯隊長鷹森孝大佐，轄金田長雄少佐第1大隊、勝屋福茂少佐第2大隊、中島嘉喜少佐第3大隊。上海陷落後，第3師團跟第9師團打下了蘇州，隨後該師團主力和鬆井石根的華中方面軍司令部屯駐下來，只派出了鷹森孝的部隊作爲先遣隊協同第9師團作戰，繼續向南京追擊。
第101師團騎兵第101聯隊：編成於東京，以第1師團騎兵聯隊的預備役士兵爲主體，聯隊長大島久忠大佐。這個騎兵聯隊協同第16師團作戰，向南京的行軍路線也跟第16師團一樣。
日軍的騎兵聯隊由兩個騎兵中隊（每個中隊120匹馬）和一個機關槍小隊組成。往騎兵裡放機關槍小隊，是日本人的創造，第一個這樣搞的是秋山好古（幫東鄉平八郎打敗俄國艦隊的參謀秋山真之的哥哥）。當時，秋山好古的這個創造，使他的騎兵在跟沙俄哥薩克騎兵的會戰中取得大勝，好古後來也被稱爲“日本騎兵之父”。但所謂的機關槍小隊，實際上只有兩挺機關槍。進入現代戰爭後，從戰鬥力上來講就非常薄弱了。所以，後來日軍就不怎麼重視騎兵了，騎兵的任務也就從秋山好古時代的陣地突擊，變成了打下手的搜索、警戒、從側翼掩護步兵進攻，或臨時彌補步兵間的空當。
海軍第3艦隊第11戰隊：轄八重山號、比良號、勢多號、熱海號、安宅號和鳥羽號等戰艦，司令官是近藤英次郎，率艦逆長江而上，向南京下關碼頭進攻。
前面講到過，日軍師團平時只有12，000人左右，戰時達到約22，000人。考慮到第114師團爲戰爭爆發後新編的特設師團，兵力是少於第6師團、第9師團和第16師團的，而且上述幾支部隊尤其是第9師團在上海作戰時傷亡慘重，多次補充仍沒達到定額，所以直接進攻南京的日軍，在七八萬人左右，不會超過10萬人，而並非很多人認爲的15萬人。
南京圍城
上海開打後，決定全面持久抗戰的中國進入了緊張、悲壯又倔強的大遷移中！
當然不只是政府機關向華中、西南內地遷徙，還有文化、教育和工業的遷移。
1933年初，山海關失陷後，北京天津暴露在日本人的槍口下，南京將故宮的文物裝了一萬多箱分批南運。中日開戰前，這批瑰寶從上海秘密運往南京朝天宮庫房。爲保護國寶的安全，上海開打的轉天，政府派專人在軍隊押解下將其分批運往大西南：第一批80箱文物精華經長沙入川；第二批7286箱走隴海鐵路經陝西入川；第三批文物的運送最爲驚險，在12月5日南京陷落前一週，一共9369箱文物走水路經武漢入川。
故宮的文物是華夏五千年文明之精華，可謂名副其實的無價之寶。漫長的護送途中，一路上的緊張與驚險，是我們萬難想象的。
這些華夏文明之血脈的轉移入川，實際上比天津東局子飛機場之戰中用大刀砍日機的場面更悲壯：中國人，爲民族血脈之生存，爲文化血脈之延續，跟企圖亡我而後快的軍國日本，真的拼了。
上海、南京、杭州等東南沿海城市的工業大遷移也在緊張進行中。
戰前經國民政府十年建設，現代工業、金融、教育尤其是大學教育初現成就。有人對所謂“黃金十年”不以爲然，但實際上，如果想想那個年代的中國是在怎樣的背景下搞建設的，就應該對十年中工業增長率平均6.7%的數字懷有敬意。
在工業建設中，南京最看重交通建設，因爲無論是現在，還是在那個年代，交通除了關係經濟外，更關係國防。開戰前，中國的鐵路有平漢、粵漢、津浦、正太、膠濟、同蒲、浙贛、隴海等十多條大動脈，新建鐵路超過2萬公里。蘇、浙、陝、湘、桂、川、黔、滇、粵、閩等多個省份的公路網也已經通車，新建公路則超過8萬公里（“八一三”前後，確實發揮了不錯的運兵效果）。
上海開打後，軍政部長何應欽牽頭搞戰略資源的轉移，其中工業資源是重頭部分。怎麼把沿海的工業遷到大後方，是政府必須考慮的。在那個年代，中國的工業主要集中在沿海城市，1937年中國的3800家現代工廠，有3300家在沿海城市，其中上海又佔了1200多家。
人要走，買張火車票就行了，但遷個工廠可不是幾句話就能解決的，尤其是重工業廠。按資源委員會委員兼工業聯絡組組長林繼庸回憶，當時遷一個廠，必須做到這些：動遷、選擇、拆卸、裝箱、報關、運輸、保險、設站、檢驗、接收、未復工前工人安置，此外還要面對臨時出現的各種問題。
但就是這樣，經萬水千山而又克服了重重困難，中國工業星夜兼程地向大後方遷移着，爲中國的現代工業保留了最寶貴的薪火。但也有很多工廠不願意走，無論怎麼動員，他們就是聽不進去，這些工廠主的想法是：就算日本人來了，他們不也得需要這些工廠嗎？他們就不吃飯，不用商品了啊？
總之，該走的，能走的，都在向着華中和西南大後方轉移，因爲日本人已經追過來了。
上海跟南京間的太湖北岸有兩道國防線：第一道是吳福線，第二道是錫澄線。按新上任的軍令部部長徐永昌（接替去山西幫助閻錫山的黃紹竑）和作戰組組長劉斐的想法，上海退下來的軍隊，利用這兩道國防線作有次序的撤退。
軍令部擬訂的撤退計劃是：陳誠的左翼軍殿後，張發奎的右翼軍和中路軍先撤。但操作起來卻有一定的困難，也就是說兵敗如山倒的事情發生了。
在上海苦戰3個月的中國第3戰區的士兵們擁擠在通往後方的公路上，信息不通，指揮混亂，很多士兵找不到長官，只好各行其是，過完橋就炸橋，也不管後面還有沒有友軍。天上有日機跟蹤轟炸，地面上的日軍跟進速度又非常快，往往是中隊撤退到一個陣地後還沒喘口氣，日軍的前哨就已經跟過來了，不得不再一次撤退。
即使有的部隊比較鎮定，想利用這兩道國防線抵抗，但由於他們大多是從別的省份趕過來的，不熟悉江蘇的這兩道國防線，手裡也沒有地形圖。更要命的是：這兩道國防線，主要由碉堡和各種掩體構成，但碉堡的鐵門鑰匙掌握在當地保長手裡，仗一打起來，很多保長就找不到了，拿不到鑰匙，碉堡也就成了廢物。有些碉堡終於打開了，跟日軍一接火發現：碉堡基本上建在了陣地正面，忽略了側面，建在正面的都高出地面一米多，目標過於醒目，以致一些部隊長認爲：這些碉堡在機動性和安全性上還沒散兵壕來得實用。
吳福線和錫澄線終成影子防線。
中隊退一步，日軍進兩步，僅從心理角度上講，這樣的戰鬥已經沒辦法打下去了。尤其是柳川軍團，鬼得很，數路並進，多點迂迴，而且時不時地叫日軍化裝成難民，在迂迴中進行迂迴，搞得民心大亂，比如要地平望鎮還沒失守時，在平望後面（以西15公里）的震澤鎮就被日軍便衣隊襲擊了。
在這種態勢下，上海、南京間的重要城市先後淪陷：1937年11月19日蘇州失守，26日無錫再陷，29日日軍開進常州！南京的氣氛，一下子緊張起來。
上海開戰後的第二天，木更津航空隊的20架“九六”式轟炸機從長崎基地起飛，長途奔襲了***的首都南京。從那一天起，南京終於也聞到了戰爭的氣息。在當時，南京被日本視爲反日中心。在大街上，到處寫着這樣的標語：破壞抗日活動即是反革命！
上海陷落後，日軍加大了對南京的轟炸。在空襲南京時，刺耳的防空警報不時響起。上海開戰後，中國空軍雖然打得很好，出了不少王牌飛行員，但無奈飛機數量有限，損失一架就少一架，開戰一個月後中國這邊的空軍力量就不行了。此時分散在句容、揚州和筧橋的三個大隊殘餘的飛機已全集中在南京光華門外的大校場機場（此時來了一批蘇聯志願飛行員）。日機不僅天天來南京轟炸，還開始嘲笑起中國空軍，轟炸完了不立即飛走，而是做起了飛行表演。見此情景，劉粹剛大怒，鑽進2401號戰機，幾個回合下來，在南京上空擊落了新田慎一海軍少佐（鹿屋航空隊飛行隊長）的座機。
上海陷落當日，政府發表了《告南京市民書》，講述當前的緊急局勢，開始疏散南京居民。
此時南京有人口一百萬出頭。疏散工作進展緩慢。陸續離開南京的，除了各政府機關的公務員和家屬外，就是有權或有錢的。他們主要順長江而上撤往武漢。所以下關碼頭天天船來船往。很多南京人想走，但對平民來說，這時候自然是一票難求。其實，直到這時候，不少市民仍不相信日本人會打過來。還有一小部分人的想法是：就算日本人佔了南京，又怎麼樣呢，咱還過咱的日子。
說到南京的防禦，實際上早在1934年，政府就搞了“南京防禦計劃”，預想日軍攻擊南京的幾種可能：日艦炮擊南京、空襲南京、海軍特別陸戰隊登陸進攻南京、日軍沿京滬鐵路和京杭公路或沿江北地區進攻南京。防禦計劃裡，從敵情判斷，到所採取的軍事對策，都特別齊全，而且細化到在某個局部需要多少船用跳板和麻繩（甚至連跳板和麻繩的長度都作了規定）。別光看着華北的幾個協定，以爲南京那邊滿腦子糨糊，過一天是一天，其實還真不是，什麼最壞的打算，南京政府都想到了。當然，這也再正常不過了，如果一個國家的政府連這些都想不到或者不去想，那也就沒存在的必要了。
同樣從1934年起，南京大規模地開始修建針對日軍的永久性防禦工事。當時抓這事的是南京憲兵司令兼警備司令谷正倫。說到南京防禦，谷正倫是有發言權的，因爲當年北伐軍打南京時，谷正倫就是先鋒，在日本陸軍士官學校學炮兵的他，親自放了幾炮，就拿下了雨花臺，然後進了南京。有這樣的經歷，谷正倫在主持南京防禦工事時，特別注意雨花臺高地的工事。
但這時候有人建議：在雨花臺和天堡城（紫金山西峰山頂）兩個南京城外的制高點掘壕築牆，壕溝可以阻擋日軍的坦克，高牆上設射擊孔，後面可以放上步兵。在天堡城到太平門之間的公路上，也可以修建這樣的長壕和高牆。
谷正倫把這個計劃呈上去。蔣介石還沒說話，先被他的德事顧問法肯毫森否決了。
法肯毫森是個職業軍人，當年是八國聯軍中的一員，入侵過北京，這就不提了，後來在軍中屢建戰功，做了德累斯頓步兵學校的校長（1938年夏天，被希特勒叫回國，含淚告別蔣介石；歐戰爆發後，在西線統領納粹軍隊，任比利時軍事總督）。這個德國老炮認爲：針對坦克進攻時，壕溝雖然可以發揮一些作用，但高牆卻經不起口徑15釐米以上的榴彈炮攻擊。與其搞這個，還不如多修步兵支撐點、機關槍陣地，以及地雷陣地。這些手段看似平常，但卻具有多種防禦用途。
蔣介石也覺得這個觀點靠譜，於是馬上開工。
雨花臺建築了半永久性的機關槍工事，天堡城環城修建了多座重機槍掩體，紫金山半山腰至天堡城連線也建築了半永久性機關槍陣地。
到了1935年，蔣介石要搞一個以保衛南京爲目標的演習計劃，唐生智（保定陸軍軍官學校1期，湖南東安人）馬上從命。
跟那個時代的很多人一樣，老唐從軍校畢業後回本省從軍。這個人有兩下子，要不然後來也當不了湖南最有實力的派閥，也不會成爲北伐軍前敵總指揮。不過，老唐這個人有個特點，喜歡衝動，嘴比腦子快，還有點浪漫主義，當年他的湘軍被吳佩孚的軍隊打得大敗，士兵們都往後撤，老唐一着急躺在路上不叫大家跑；再比如，老唐信佛（法名法智），於是也叫手下的士兵“受戒”，每個大兵胸前都戴個“大慈大悲救人救世”的徽章。
豪傑並起的時代，大致有兩類人，一類是琢磨着怎麼找個好單位，一類是琢磨着自己單幹。有一段時間，唐生智屬於後一類，一度想跟蔣介石爭天下。但這個老唐，打那些舊軍閥還可以，在跟蔣介石的較量中，被一次次猛擂，但一直不老實，抓個機會就反蔣，所以氣得蔣介石放出話來：我誓滅唐生智！當然，最後老唐被打老實了，蔣介石還算寬大，給了他個一級上將，讓他出任訓練總監部部長，後來又兼任了警衛執行部主任。
警衛執行部是秘密成立的，任務是對日進行戰備。搞演習這個事，自然就落在了主任老唐身上。
在老唐操扯的這次大演習中，分東軍和西軍，第36師、第87師和教導總隊等部隊參加演習。蔣介石親臨，東軍司令官張治中、西軍司令官谷正倫，審判長是楊傑。
老唐是這樣設計的：四道防線，第一道爲上海至杭州灣；第二道從崑山、無錫、蘇州到杭州；第三道從江陰到鎮江；第四道，也是最後一道，爲南京。演習開始後，東軍（代表日本軍）以第87師和教導總隊爲主力，集結於宜興，向南京進攻；西軍（代表中）以第36師、中央軍校學生暫編第1混成旅爲主力，集結於天王寺附近。
按老唐的作戰思路：在日軍的進攻中消耗其戰力，最後將日軍誘至紫金山以南進行圍殲。演習進行了一週，但還沒把東軍吸引到紫金山以南，就已經在南京外圍把東軍“殲滅”了。對這次演習，蔣介石既興奮，又擔憂。興奮的是，這是現代中國第一次大規模軍事演習；擔憂的是，這僅僅是一次演習而已，如果日軍真的打來，“西軍”最後真的能取勝嗎？
演習是1935年12月2日開始的，令人驚歎的是：兩年後，恰恰是這個時間段，日軍打響了南京外圍戰。相同的還不僅僅在於此，當年演習的總設計唐生智，很快就成爲衛戍南京的司令官了，而第36、第87、第88師和教導總隊，則成爲守衛南京的主力！
對中國這邊來說，也是在11月中旬判斷日軍要進攻南京的。軍令部長徐永昌在發給第3戰區副司令顧祝同的密電裡說：“鬆井寒日命令，預定主力突破常熟後，再攻無錫，其海軍與陸軍協同破壞長江障礙物，再攻江陰，其目的在佔領南京……”
此時南京城下，碉堡、戰壕、鐵絲網，工事修了一層層，城中富貴山、雞鳴寺、清涼山等地也修建了大量戰壕、地下室和防空洞，甚至蔣介石官邸的後園也挖了交通壕，直通富貴山。
對於***的首都，守或棄，蔣介石必須拿出自己的決定。
上海陷落後沒兩天，蔣介石就開了專門會議。此時陳誠、顧祝同都在外面收整軍隊，沒在南京，參加會議的，除蔣介石外，只有軍政部長何應欽、副參謀總長白崇禧、軍令部長徐永昌、軍令部作戰組組長劉斐等人。