從很早開始，它們就參加了這場戰鬥。
可以說，真菌對虛民的武器十分了解，並且還會使用一部分也基本全都是腦靈的‘功勞’。
甚至那次海下城市遭受到偷襲，也是因爲腦靈告訴了真菌海底城市的位置。
這些腦靈是想把虛民逼到絕路，然後自己統治剩下來的虛民，因此它們不能讓真菌把所有的虛民殺光，總得留下足夠的數量才行。
這個計劃大多數腦靈虛民都知道，因此它們都在迅速地執行着，除了對虛民進行統治這個事情之外，它們最重要的目標就是讓自己復甦。
爲此它們要啓動方塊，然後試着使用這些方塊去別處，聚集更多的腦靈，但啓動方塊方面有很多問題。
最初它們通過尋找真菌之中的那些攜帶奇妙石頭的甲蟲，抓住它們然後解剖，挖出帶着那種奇妙夢境能量的石頭。
不過後來有一段時間，腦靈忽然找不到這種甲蟲了，於是它們的石頭數量也無法增長，同時加上能量會泄露的問題，腦靈無法啓動大型的方塊。
但是，有那麼一個腦靈虛民有一種特別的想法，它們可以到另外一個世界——‘連接世界’去尋找能讓它們恢復的物質。
它從真菌入侵開始就在新世界那裡一直調整星界之門，試圖讓它通向連接世界，並且使用特別的方法和在虛民母球的腦靈進行聯繫。
它認爲連接世界有可以讓它們恢復‘團體感’的物質，同時也有着許多儲藏着夢境能量的東西。
所以到那個地方去是最合適的。
但是，它的想法並不被贊同，因爲隨便調整星界之門，很容易被發現，而且連接世界也就是一個‘傳說’而已。
因爲腦靈不再像是以前那般團結，它們會變得有些不理解同伴的想法。
而這個腦靈則沒有在意，它繼續試着調整星界之門，結果沒想到真的連接上了‘連接世界’。
連接上後，它感到了極度的興奮和激動。但它同時也發現它無法聯繫在虛民母球的同伴了，並且也不知道怎麼調整回來，但是它卻偶然發現，連接世界的一種微生物和真菌混合在一起會讓真菌產生‘腦’這種兵種。
後來。它又捕捉到了一些信號，發現了教長用來聯絡虛民母球的另外一扇小星界之門。
那個小門無法讓它聯繫上同類，但它可以利用這些微生物讓真菌在那邊產生一個腦，隨之再讓那個腦在虛民母球發送信號給同類就行了。
而且，讓真菌產生腦的話。也會讓母球那些同伴和真菌交流的過程變得更加容易。
於是，這個腦靈便開始了新的辦法，它先是通過實驗製造出了一個真菌的腦，這個腦是在新世界那裡，並沒有被放到母球去。
後來它又試着弄出第二個，第二個沒有直接在新世界被造出來，而是它把一些‘原料’給傳送到了母球去，讓在母球的真菌自己製造出來。
按照它的計劃，這個腦在被製造出來的時候，它就會像母球的所有腦靈同伴發送信號。讓它們知道，這裡已經連接上‘連接世界’，並讓它們趕快過來。
這個計劃因爲教長把腦給找出來了，所以沒有成功。
但是，這真的沒有成功嗎？
似乎並不是這種樣子。
……在虛民母球的腦靈，實際上在那個腦生成之後，它們就收到了信號了，而瑪雅是在這之後才找到那個腦的。
因此，在母球上的腦靈很快就改變了它們的計劃，它們……決定去連接世界。
雖然之前不相信。但那只是建立在不確認連接世界是否真實存在的情況下，但現在確認了，那當然要去那裡，因爲那裡有着更多的機會。
所以。腦靈開始試着和真菌達成更多的協議，而真菌似乎也變得‘聰明’了很多，它們好像能更加迅速地反應真菌的要求。
真菌和腦靈的合作變得更加的簡單，腦靈繼續給真菌提供大量有關虛民的事情，像是在有一段期間，真菌的巨獸一直能很好地躲避虛民的空軍和潛艇攻擊。並且到處襲擊各處城市，主要是也和腦靈提供的情報有關係。
而腦靈在最後則告訴真菌，虛民要逃離開這裡，它們會告訴真菌新的星界之門所在，隨之讓真菌去襲擊它們。
同時，腦靈也出動一個方塊幫助真菌來進行襲擊，就是那個空投蛋形物的方塊。
這個方塊是腦靈最近啓動的方塊裡最大的一個，它還能做出不少的事情，但是不能傳送，所以無法帶腦靈離開。
而腦靈給真菌提供這一切之後，當然也有一些‘要求’，這個要求就是讓真菌暫時不要對地下世界進行攻擊。
所以那些地下城市目前都很安全，即使地面被真菌佔據之後也是如此，有些地下城市的確有着堅固的大門，有足夠的防禦能力，但是也有不少地下城市有着許多‘漏洞’。
這些有漏洞的區域也沒遭受攻擊，表示真菌的確同意了腦靈。
不過，這一切都沒有當面交流，而是腦靈說完之後便自己開始行動，一般真菌之後產生了它們期望的反應的話，就表示真菌願意接受。
但是，腦靈也清楚，真菌的一切答應都只是暫時性的，比如說腦靈讓真菌不去攻擊某座城市，它們會暫時地不理會那座城市，但過一段時間後還是會攻擊。
這種暫時性的時間還無法確定，這讓腦靈感到有些傷‘腦筋’，不過，總是能確保一段期間不受攻擊，大概是……幾十個晝夜。
所以，腦靈就是這麼想的，它們打算在殺盡那些試圖離開的虛民後掌控地下世界，隨之就讓地下世界的民全都遷徙到‘連接世界’去。
再在連接世界那裡利用這些虛民展開行動，這是腦靈的具體計劃。
但是，這個計劃遭受到了相當多的阻礙，比如說那個教長，它在腦靈虛民之中可以算是個‘頭號黑名單’角色。
從很早開始它就不停地捕殺腦靈虛民，殺掉了它們之中相當的部分，並且一直在對它們進行各種‘拷問’來套出所有的情報。
因爲教長經常和將軍交流，使得腦靈虛民殺掉將軍的計劃一直沒有得逞，實際上這個計劃它們從很早就開始儲備了，但是教長給了將軍一些能直接發現腦靈的新設備。
爲了對付這種設備，腦靈不得不想辦法弄出更好的隱藏方式，從而一直沒辦法接近將軍。
當然，腦靈也有在指使那些普通的虛民行動，不過這也沒有成功，畢竟將軍身邊的戒備本來就十分的森嚴，而且它還一天到晚穿着護甲。
那套新型護甲被認爲是‘大部分單兵武器都無法擊穿’的傑作，即使腦靈後來學會了怎麼在那種識別設備之下隱藏，也無法殺掉將軍。
但後來將軍在星界之門的啓動時候又換上了一套舊護甲。
在那個時候，腦靈才動手了。
不過動手不是因爲被將軍的舊護甲騙了，只是因爲那時已經沒有時間了。
所以即使是試一下也要殺一次看看，當然沒有成功，因爲將軍穿的那套護甲只是表面上看起來舊而已，爲的就是吸引可能潛在的腦靈動手。
接下來，腦靈的方塊也被發現了，它們的計劃也就此進入失敗的階段。
這對真菌來說倒是無所謂，畢竟真菌不管那羣虛民逃不逃，它們都能佔據這個世界，但對於腦靈來說……就問題很大了。
它們原本是打算在真菌殺光逃亡虛民後便直接去改造大型的星界之門，讓它成爲通向連接世界的通道的。
但現在顯然已經不可能了……
所有的一切都沒有成功，甚至被找到了它們在虛空中的躲藏地點。
但腦靈不是那麼容易就放棄的生物，它們還在做‘垂死掙扎’。
‘砰砰砰砰砰砰——！’
這裡是一個寬敞的房間，屬於一個腦靈方塊的內部。
在這個地方，聚集着許多腦靈虛民，它們全數手持武器，並且瘋狂地射擊着眼前的東西。
它們眼前的房間入口，正在不停地涌入大量的小冰球。
這些冰球十分脆弱，它們會輕易地被彈頭穿透打碎，但那些落在地上的‘冰塊’，卻還會長出像蟲子一樣的節肢腿然後繼續爬行前進。
面對這些古怪的東西，腦靈虛民所作出的反應只有……對地上瘋狂射擊。
‘砰砰砰——！！！’
但不管它們怎麼砰，地上大量的‘冰塊’還是爬到了它們面前，並且順着它們的身體爬了上去，團團地把它們包裹在內。
被包裹住的腦靈虛民所發出的淒厲慘叫會使得它們的同伴驚恐無比，有幾個甚至把手中的武器掉在了地上。
然後，它們就這樣一個接一個地……被冰塊吞噬了。
但它們並沒有死。
因爲它們每個都還有很多的情報……雖然已經知道了它們整個計劃，但是裡面顯然有更多的秘密，這些秘密必須全都被……挖掘出來。