隨後一段時間，李世民把秦府舊臣安排到重要位置，人人發揮才幹，大唐國力蒸蒸日上，日子越來越紅火。雖然各地不時有叛亂消息傳至長安，大唐帝國戰將如雲，叛逆也只在平靜湖面泛起的小小漣渏，影響不了局勢，左右不了大政方針。螳臂擋車，自取滅亡而已。
滿朝大臣精神振奮，人人有所作爲時，秦瓊卻一病不起，嚴重到早朝也不能如期參加。馬周等山東老鄉不斷前來看望他，安慰他好好養病，不要想太多。
縱觀秦瓊一生，隋末追隨來護兒將軍，以普通士卒身份得到大力提攜。母親去世，來將軍派人與秦瓊一同回家弔孝。有人問爲什麼隆遇他，來將軍說秦瓊志向高遠，做戰勇敢，出類拔萃。追隨齊郡張須陀，生死關頭與羅士信埋下伏兵一道殺入李明月陣營，以三萬人馬滅掉十萬叛軍，爲隋末平叛立下赫赫威名。
隨後，秦瓊投奔瓦崗，被李密視爲心腹，做替天行道之事，爲朋友兩肋插刀，被民間百姓熱情讚揚。投奔王世充也倚爲左膀右臂，秦瓊、程咬金等發現王世充婆婆媽媽言而無信，不是他們想要的君王，在李世民攻打洛陽時，與程咬金等臨陣倒戈，投向大唐懷抱。之後，秦瓊南征北戰，經略四方，有勇有謀，也被李世民視爲股肱之臣。
往事並不如煙，如今卻一病不起，令李世民不勝感嘆，立刻派皇城醫術精湛的御醫，爲秦瓊到府上把脈送藥，關心備至。
秦瓊患病時間長，久不上朝，與其他朝臣的關係慢慢生疏，別有用心的人傳播謠言，說秦瓊想學司馬懿假裝生病，意欲奪取兵權，有叛逆之心。
李世民當然不信秦瓊有造反之心，一手帶出來的人還用別人閒言碎語說三道四？可架不住謠言前前後後無窮轟炸，更惡毒可惡的人借玄武門之事攻擊秦瓊。謠言說玄武門之變前，秦瓊答應李世民參與政變，結果事變當天，秦瓊卻成了縮頭烏龜，並沒出現在城內支持李世民。導致李世民差點被齊王李元吉射死。
玄武門之變對李世民登上皇位意義非凡，凡是參與政變的事後都得到隆重的封賞。李世民本人也不知道事變那天秦瓊究竟來了沒有。當時他在城內激戰，確實沒見到秦瓊的身影。至於秦瓊是否與太子的人在城外對抗，不得而知。
秦瓊病倒後，關心後代蔭封問題，上書陳述自已的出身，請求皇帝通過。
李世民接到上書擱置不理，來個冷處理。
隋末唐初處在門閥把持朝政末期，世人仍十分重視出身。隋朝開國皇帝楊堅出身武川軍人世家，但他的楊姓不知名，“弘農楊”在西漢時期出了一位丞相楊敞，玄孫楊震官拜太尉，四世三公，聲名天下聞知。楊堅就假稱自已是“弘農楊”的後代，以掩世人耳目！
大唐建國，有些武將功勞赫赫卻出身卑微，在當時的風氣之下，都在前朝找到同姓之人，假說成自已的祖先，以封堵世人口舌。李世民也心知肚明，凡是有這樣的上書，都毫不猶豫批准同意。
秦瓊的父親秦愛出身鐵匠，卑微如塵。在滿朝給祖先貼金的風氣下，秦瓊把齊州秦彝視作自已的先祖，以圖博個世襲封蔭，給子孫後代找口飯吃。可是，萬萬料到，李世民擱置不理會！還以爲陛下日理千機，一時大意忘掉，臥牀不起的秦瓊接連又寫幾封奏請遞送給李世民，卻都如石沉大海，杳無音信。
謠言傳得久了，馬周等同鄉前來看望他時，把朝內的風言風語告訴了他。聽到這些風言風語，秦瓊心中悲憤鬱悶！御醫到府中再次診治時，秦瓊便鬱憤質問太醫：“這病還有辦法治好麼？”
太醫出於安慰秦瓊的意思，道：“小病小災不礙事。安心將養就是，雜七雜八的事情不要想太多，以免思慮過度損傷心神。”
可這句話在秦瓊聽來，意思卻變味了：御醫暗示自已小病大養？什麼叫不要想太多？天天臥牀不起不能參加早朝，想想就有用？便掙扎着坐起來，拍着牀沿怒吼：“大唐建國，我秦瓊大小二百餘戰，爲大唐把血都流乾了，能不生病麼？”
那太醫根本沒預料到秦瓊無緣無故發大火！嚇得手足無措，膽戰心驚。
回去以後，李世民向御醫問秦瓊病情如何，御醫把在秦府所見所聞如實回稟。李世民眉頭皺成一團，對秦瓊的話極度不滿。大唐建國是所有將軍裕血拼來的，不是你秦瓊一個人的功勞！你秦瓊誇張浮詞，提高影響力，難道真像傳言中說的有謀逆之心？
李世民是行爲果斷的皇帝，立刻找魏徵商量對策。爲什麼找魏徵？第一，魏徵耿直不阿，不屈服於任何勢力。即便貴爲皇帝的李世民本人，他也當面頂撞不留情面，更不用提秦瓊這樣一位有謀逆嫌疑的大將。第二：魏徵投奔的是太子李建成，不是秦王府舊臣，與秦瓊關係不密切。第三：魏徵足智多謀，看問題十分準確。李世民也想通過魏徵給秦瓊號號脈，看他到底想謀劃什麼不軌的企圖。
聽完李世民把秦瓊的問題講完以後，魏徵大吃一驚。玄武門之變前，房玄齡向李世民屢次建議對太子提前下手，李世民念着手足之情下不了手。房玄齡說再耽誤下去，秦王府追隨他的這幫人早晚會被人家斬草除根，與其將來身首異處，還不如現在劃分界線。以後，房玄齡果然淡出李世民的視線，再也不提向太子下手之事。
等李世民決定發動玄武兵變時，讓尉遲敬德去叫房玄齡一起謀劃。尉遲敬德擔心他不會來，問李世民怎麼辦？李世民解下身上的佩劍，交給尉遲敬德說：“你拿着我的劍去，房玄齡來了，一切皆了。他若不來，砍下他的頭帶回來，也不能讓他被別人籠絡了去！”
房玄齡、杜如晦二人合稱“房謀杜斷”，是李世民心腹謀臣。面對這樣的重要大臣，李世民都有勇氣舉起屠刀欲殺而後快，秦瓊身居要位，手握兵權，勇猛絕倫，智謀超羣，對朋友豪氣干雲而與很多重要的大將交情密切，萬一他走上造反之途，一呼百應，爲禍大唐，試看天下誰是他的敵手？
也難怪李世民要向他痛下殺招！
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