殺死秦凡對於SEELE來說勢在必行，然而想要讓秦凡死的卻不只SEELE一夥人，有着自己目的的碇真堂同樣視秦凡爲眼中釘！
和SEELE不同碇真堂有着屬於自己的補完計劃，他不同於SEELE這些已經捨棄了身體的變嗶態佬們，擁有正常身體的碇真堂可不希望活在如電腦遊戲之中的虛擬世界裡，因此在碇真堂的計劃裡，人類補完不是單純永生而已，而是超脫，是成神。
從死海文書上他獲知莉莉絲和亞當分別代表了智慧果實和生命果實，而獲得單一果實的他們其實只能算是比較強大的生物而已，只有將兩種果實集合起來才能變成真正意義上的神，而他所謂的補完不是將現有的人類補完，而是產下完整的“人類”因此他所需要的先決條件則是1殺死所有使徒，原因和SEELE相同，2融合了完整莉莉絲的碇唯！3融合了完整亞當的自己！
上面說的完整並不是說完安正的身體，而是軀體和靈魂的意思！
對於碇真堂來說，現有的人類只不過是神所創造的殘缺品而已，沒有生命果實這些人類的不完整終將被淘汰，新生的完人，或者說神，將代替原本的殘次品！
因此，碇真堂這些年一直瞞着所有人偷偷施行自己的計劃，碇唯的靈魂融入以莉莉絲部分身體制造出來的初號機，以碇唯基因創造的靈魂容器凌波麗以及凌波麗身體中莉莉絲的靈魂，自己的身體與靈魂，被封印在自己右手的亞當胚胎，還有一直被SEELE掌控的亞當靈魂！
所以碇真堂和SEELE的計劃其實只有兩處分歧，第一個就是他需要的不是莉莉絲而是初號機，因爲初號機本身是莉莉絲部分身體創造的，其中也包含智慧果實的力量，而最爲重要的是初號機之中有他妻子碇唯的靈魂！
其實在這一點上SEELE也可以選擇初號機，原著之中因爲朗基努斯之槍無法收回後SEELE就放棄莉莉絲本體選擇初號機，當然之所以那樣也是在碇真堂的謀劃，而碇真堂之所以會這樣做正是因爲第二個分歧，因爲他的計劃是利用生命和智慧果實的結合產下全新的人類，因此朗基努斯之槍的抑制對他的計劃來說就是一大阻礙，朗基努斯之槍必須清除，當然這個時候朗基努斯之槍還位於南極，但即便如此碇真堂也同樣覺得不保險，必須將這支槍毀掉或者丟出地球否則他很難安心。
SEELE雖然勢力強大但是由於他們本身都沒有身體，所以他們只能遙控其它人或組織完成他們的計劃，就比如NERV就是他們創建幫助他們完成人類補完計劃的下屬組織，碇真堂這個總司令對於他們來說就好像是SEELE的手和眼一樣，替他們掌控NERV，可是當手和眼有了自己的思想想要瞞住他這個大腦卻也是易如反掌，因此碇真堂想要完成自己的計劃根本就不需要自己謀劃，只要順着SEELE的計劃稍作改動就可以了！讓別人去籌辦婚禮嫁衣而自己假裝幫忙卻是沒有人知道真正的新浪真是自己這纔是真正完美的計劃。
不管怎麼說，碇真堂很有信心在SEELE的眼皮底下完成自己的計劃，就好像一部戲的劇本都已經編寫好了，只要讓演員就緒將整部戲劇演完，最終的結局必然就是自己想要的那個，可問題是偏偏這個時候，卻是有個跑龍套的亂入，而且這跑龍套的後臺還賊硬，他這個編劇加導演此時卻是不得不將劇本重新改寫。
“碇！真的有必要這樣做嗎？”司令辦公室內，冬月看向碇真堂開口說道。
這些天這位總司令的行爲的確有些反常，不但將凌波麗獨自派遣外派任務而且竟然還秘密下令將初號機轉移出NERV，這樣大的動作而且還需要瞞過所有人，施行的難度可想而知，恐怕也只有自己這位老友有這樣的手段和能力搬到，可緊緊是因爲那個人真的有必要這樣做嗎？更重要的是沒有了凌波麗和初號機，NERV內部將沒有可以使用的eva，那麼如果那個叫做秦凡的外來者暴走，NERV又該拿什麼抵抗呢？
“本來麗就算不離開也是可以的，不過律子恐怕已經不可信了，而交由律子維護的傀儡系統可能也沒有辦法使用，因此麗也不能再有閃失！”碇真堂語氣低沉的說道。
“你是說律子背叛了我們？怎麼可能？”冬月有些驚訝的說道。
“可不可能不重要，重要的是我已經不信任她了！所以麗和初號機必須轉移！”碇真堂斬釘截鐵的說道。
“那如果要是又有使徒出現呢？委員會那邊你準備怎麼應付！”冬月開口說道。
“委員會那邊不是準備了備用翻案嗎？既然他們想要分一杯羹，那就交給他們好了！”碇真堂冷冷的說道。
“你是說那個希望計劃嗎？那種東西真的可以阻止使徒嗎？”冬月開口說道。
“不去試一試他們是不會甘心的，想要前進總是需要一些東西來填補道路上的坑洞，我們的任務只要把握好方向盤，不要迷失了最終的目標就可以了！”碇真堂目光淡然的說道。
NERV傀儡屋.....
“很不錯的機器，不！簡直就是天才，這是你設計的？”戴安娜一邊檢查着這臺靈魂提取機一邊不時的發出一聲聲感嘆。
“是我母親的發明！”赤木律子表情冷漠的說道，雖然不知道眼前的這個白人女性到底是什麼來頭，但既然是主人要求她進行配合那她也只能選擇照辦了。
“你的母親真是一位偉大的科學家，她的這個理論簡直就是跨時代的，如果這個機器真的可以使用的話，那代表科技進入了另一個層面，理論上就算是讓人類永生都可以做到。”戴安娜激動的說道。
“不可能的！靈魂雖然可以被提取並且封印進入一個載體之中，但我們只能做到這點而已，可是被提取出來的靈魂都會進入一種假眠的狀態，我們根本沒有辦法讓其與外界溝通，就好像對方陷入了沉睡一般，這種情況其實和死了也沒有什麼區別！”赤木律子開口說道。
“是這樣嗎？”一邊查看這手上電腦的信息戴安娜卻是興趣不減的說道：“沒關係，或許在這一方面我可以提供一些幫助也說不定！”