卡卡西的毒暫時解開了，但一時還不能動。大和想起3年前，甲、卡卡西、雪見3人在三岔路口分道揚鑣的情景。大和也知道這是取走卡卡西寫輪眼的好機會，但他沒有那麼做。
在卡卡西準備將甲押送回去的時候大蛇丸的實驗體出現了，而爲了救出甲的卡卡西中了大蛇丸的毒氣，幫卡卡西解毒後甲決定放棄團藏的命令。
洞窟口外，根部乙一直埋伏在那裡。大和從洞窟口出來，乙馬上過來詢問，“卡卡西呢？得手了嗎？”大和道，“是的。”大和遞給乙一個瓶子，瓶子裡面的液體中有個眼睛。乙道，“沒我出場的份了。屍體呢？”大和道，“我把現場僞裝成了他中了大蛇丸陷阱的樣子，應該會被火影暗部找到的。”乙並沒有疑心，“很好，趁還沒被發現，我們趕快回去吧！”大和看了一眼洞口，跟着乙直接往木葉方向去了。
卡卡西留在實驗室裡，過了好長時間才清醒過來，這才發現大和不見了。卡卡西看到了大和在牆壁上的留言，“我愈發不明白這個必須殺死同伴的任務究竟有何意義，所以我決定放棄任務。我會告訴團藏大人任務已經失敗。請你自己保重！”落款是甲。
夕陽映紅了天空，卡卡西全力趕回木葉，來到火影辦公室門前，遇到了卯月夕顏。三代火影正在辦公室書寫信件，夕顏建議卡卡西先去療傷，但卡卡西堅持先報告火影。猿飛聽到了二人的話，讓他們進來，“怎麼了？”卡卡西道，“三代目，關於那個根部的木遁忍者……那傢伙想殺我，應該是團藏大人的命令……但他違抗了命令，中途放棄任務救了我一命。估計返回村子了，不知道現在情況如何。”
醒來的卡卡西立即趕去報告三代，現在的甲正處於險境。卡卡西請求三代火影出面與團藏交涉，把甲救出來。猿飛拿起筆繼續寫字，卡卡西非常焦急，“三代目！”猿飛道，“照理說，連我都不能插手根的內部事務。但這次情況特殊……”
三代火影寫好書信交給卯月夕顏，“帶着這封信去根本部，就說是火影的命令！讓團藏立刻來這裡見我！”夕顏答應，三代道，“記住，如果團藏有惡意，你就報出月光疾風和金宇上忍的名字。拜託了，夕顏！”夕顏知道疾風是金宇的弟子，但不知道金宇與團藏的淵源，但還是道，“明白，請放心。”
夕顏離開後，猿飛讓卡卡西去醫療班療傷。但是卡卡西離開火影辦公室後，卻追上了夕顏，“我也去！”兩個人如同兩道箭影一樣，飛速前進，奔向根的地下基地。
根部基地，團藏拿着瓶子怒不可遏，“這是怎麼回事，甲？”大和道，“非常抱歉，任務失敗了。”團藏道，“如果你們被卡卡西所殺，那麼失敗的是派你們去執行任務的我，因爲我誤算了卡卡西的實力。可現在你卻用這種小花招欺騙乙，放棄任務恬不知恥地跑回來。你們明明可以兩個人一起出手幹掉卡卡西的。”團藏捏碎了瓶子，裡面的眼珠變成了水母，那是大和的障眼法。甲乙二人俯首，不敢直視團藏。
團藏非常失望，“你到底想幹什麼？回答我，到底想幹什麼？”大和道，“卡卡西是木葉忍者，是木葉的同伴。殺害同伴的任務是正確的嗎？”團藏道，“你的同伴只有同屬根部的人。”大和道，“根難道不是木葉的同伴嗎？”團藏道，“根是在看不見的地方支撐木葉這棵大樹的組織，就像大樹分爲地上和地下兩部分一樣。根是獨立存在的。乙，你告訴甲，什麼是根部忍者。”
乙馬上回答，“根的忍者沒有姓名，沒有感情，沒有過去，沒有未來，有的只是任務。”團藏咆哮，“而我身爲根的首領，派出去的任務是絕對的！”大和卻想起了雪見和實驗室的那個同伴，團藏怒道，“你在聽我說話嗎，甲？”大和站起來，“不，我的名字不是甲！”團藏驚怒，“你說什麼，你就是根的甲！除了這個代號以外，還能有什麼？”大和滿頭大汗，“我是木葉的忍者，不只是根的。而是有樹幹有樹枝的木葉忍者，根也一樣，大家都是同伴。”
團藏很生氣，“你被什麼擾亂了心智？”團藏打開了右眼的寫輪眼，用幻術放倒了大和。團藏命令乙，“把甲帶到診療室，用更強的咒印束縛他！”乙答應。
正在這時，夕顏與卡卡西趕到了根部基地，“火影大人緊急召見團藏大人！”根部忍者丙和丁手持長戈攔住卡卡西二人，夕顏出示了火影的召喚狀，“替我轉告說火影大人要求團藏大人立刻過去！”根部丙回答，“團藏大人不在！等他回來我會傳達這份召見命令的。”卡卡西道，“什麼，現在他在哪裡？”根部丁說不知道，“我們不可能猜測團藏大人的行動。”
團藏避而不見，卡卡西無奈，“夕顏，你先回去將消息告知三代大人。”夕顏道，“前輩你呢？”卡卡西道，“我在這裡等他回來，你快去！”夕顏只好答應，轉身離去。
團藏無視了三代召見的命令，卡卡西不得已侵入了根的基地。等夕顏離開根部基地後，卡卡西摘下暗部面具，硬闖丙和丁的關卡。丙和丁手持兵器攔阻，“前面是根部的領域！”卡卡西用寫輪眼幻術放倒了丙。丁大驚，上前攻擊卡卡西。卡卡西避開攻擊，用寫輪眼幻術將丁催眠，“甲在哪裡？”丁中了幻術，說出了大和的下落。
房間內，團藏還在不滿，“甲那傢伙，卡卡西到底跟他說了些什麼？”乙過來報告，“團藏大人，都準備好了。”團藏與乙一起走向診療室。
而卡卡西已經搶先一步趕到了那裡，將大和救了出來。卡卡西弄醒大和，大和有些吃驚，“卡卡西？”卡卡西來不及解釋，帶着大和向外跑去。二人前腳離開診療室，團藏與乙後腳就到了，剛好看到卡卡西二人的離開。乙急忙追過去，大和結印，用木遁組成柵欄，擋住乙和團藏的路。
大和與卡卡西全力向外逃，團藏怒火沖天，發出了緊急通緝命令。根部忍者都被驚動了，開始阻擊卡卡西與大和。卡卡西與大和且戰且走，趁着根部有些混亂之際，來到了根部的天井區域，那裡可以直接向上通向外部。但是團藏率領一些暗部已經擋在那裡了，團藏結印，“風遁，真空玉！”子彈一般的風遁橫掃過來，大和結印，“木遁，木錠壁！”用木壁擋住風遁，保護住自身和卡卡西。
但是團藏的實力驚人，真空玉摧毀了木錠壁，不過風遁也消失了。卡卡西叫苦，他知道單憑自己和甲是無法擊敗團藏的。團藏冷哼，“沒想到你居然會自己跑來，卡卡西！膽敢擅自進入根的領域，並企圖帶走根的忍者，別以爲我會放過你。”在這之前，可以隨意來往根部基地的人，只有死去的金宇四十五。
卡卡西與大和被困在天井中央，四面都是根部忍者。大和想要替卡卡西求情，團藏怒道，“閉嘴，別以爲你會有好果子吃！”上方傳來一個威嚴的聲音，“你也一樣！”團藏大怒，擡頭看去，其他忍者也都一起仰頭望去，並沒有看出聲音是從哪裡發出的，也沒有發現有別人。團藏正在疑惑，三代火影猿飛從天而降，瞬間落在團藏身側，一下子將根部忍者全給鎮住了。
團藏冒汗，“猿飛！”猿飛道，“我知道你恨卡卡西，但我希望你別因爲私怨就對村中的優秀忍者痛下殺手。”團藏死不承認，“你在說什麼啊，猿飛！我對卡卡西並沒有成見。問題在於他擅自闖入根部基地。”猿飛冷哼，“擅自？沒有啊！我向你下達了召見命令，而你卻裝作不在，他才進來找你。這是我的命令！”團藏只好道，“看來是傳達有誤，這個命令我是第一次聽說。”
猿飛道，“那麼卡卡西的事情就先告一段路吧！我召見你，是爲了接下來我要講的事情。”三代目走到大和麪前，“村裡另一位優秀的忍者，你應該知道木遁忍者對木葉來說是夢寐以求的。曾經村中不惜進行高風險實驗，只爲了得到這種力量。而現在木遁忍者明明存在了，你卻把他藏在根裡。這是怎麼回事？”團藏道，“此人確實是我找到並加以保護，培養起來的，並沒有故意藏匿的心思。而是我認爲沒有報告的必要。”
猿飛道，“團藏啊，人柱力已經4歲了。木遁的封印能力對村子而言愈發地重要。所以，能把他交給我嗎？我要把他編入火影的直轄暗部。”團藏氣得七竅生煙，“可是……”猿飛的語氣變重了，“拜託了，團藏！他或許是名非常優秀的部下，但是爲了木葉，把他從根調走吧！”團藏哪裡肯甘心，而且他覺得這是自己的地盤，即便面對三代火影，也是有幾分勝算的。
猿飛加了籌碼，“那樣的話我可以把一切都一筆勾銷！”團藏知道自己闖的禍也不小，比如拒絕火影召見，暗殺卡卡西等，於是就改變了態度，“爲了防止根的人泄密，我給他們都施加了咒印。那咒印是解不開的！”猿飛很有自信，區區咒印還難不住這位忍界博士，“沒關係。”團藏道，“好吧！不過不要對外傳言木葉有了木遁忍者，你明白吧，猿飛？”猿飛點頭，“我當然知道。那這人我就接受了。”三代火影對大和道，“從今往後，你就是火影的直轄暗部了。”
三代在卡卡西他們遇到危險時趕了過來，迫於三代的壓力團藏只能妥協。大和有些不知所措，卡卡西拍了拍他的肩頭，以示鼓勵。大和鼓起勇氣，走到團藏前面，鄭重鞠躬，“感謝您一直以來的照顧！”就這樣，猿飛與團藏達成了政治妥協。從那天以後，大和就脫離了根部，正式加入了火影的直轄暗部，併成爲卡卡西的助手。
陽光明媚的早上，大和第一天到暗部上班，“我是從根部轉來的甲！”暗部的成員也相當多，許多人都看向大和。卡卡西揮手招呼，“哦，天藏！”大和有些發矇，卡卡西道，“甲是你在根的代號，在暗部就叫天藏吧！”大和道，“但那個名字……”卡卡西道，“之前你自己說叫天藏啊！”卡卡西招呼其他戰友，“好了各位，這位是我們的新夥伴，天藏！他的實力由我擔保。”在卡卡西的鼓舞下，大和走入，“請各位多多關照！”
大家似乎很友好地接受了大和的加入，卡卡西道，“天藏，你編入我的第六班。”大和道，“是，前輩！”
————————2年後———————————
大和加入暗部，時光匆匆，又過了大約2年，也就是鳴人、佐助、晶臧等人大約6歲左右時候。
森林中，兩個霧忍遭到木葉暗部的追殺，其中一個光頭霧忍被後面的暗部忍者擊中，落在地上。另一個背刀霧忍大叫可惡，拼命逃跑。前方出現雷光，卡卡西手持千鳥擊殺了背刀霧忍。後面那個暗部忍者就是大和，他落在屍體旁邊，“前輩的雷切還是那麼漂亮！”卡卡西道，“漂亮？暗殺哪有什麼漂亮難看的。殺人就是殺人！”
回到木葉的暗部基地更衣室，兩人放好各自的物品，換上便裝。大和道，“對了，咱們第六班缺的人，什麼時候能補上啊？”卡卡西說不着急，“現在又不是戰爭時期，到時候會有人來的。”
木葉河畔大橋，邁特凱、夕日紅、阿斯瑪與卡卡西相遇。阿凱道，“卡卡西，怎麼了，看你一臉疲憊的樣子。剛完成任務嗎？”紅道，“凱你這個笨蛋，暗部怎麼可能對外泄露任務情報呢？”阿斯瑪說沒錯。阿凱不以爲意，“我們幾個正要去糰子店，你也來嗎？”卡卡西冷冷道，“抱歉，我不愛吃甜食。”