兩人一犬匯合，跟着煙霧向前跑去。密窟，大蛇丸正在用大號針管抽取雪見的血液，疼痛讓雪見醒了過來，發出了慘叫。雪見的喊聲傳來，卡卡西馬上確定了方位，那個秘密洞穴就在前面的土石後面。卡卡西結印，“雷切！”以雷克土，雷切鑿穿了入口的巨石。煙霧瀰漫，卡卡西與大和衝了進去。受到了雷切破石的波及，大蛇丸與雪見都倒在地上。大蛇丸站起來，“兩個臭小子，居然敢妨礙我！”
卡卡西道，“這次我不會再畏懼了！我會直視你的雙眼直到最後，將你打倒。”大蛇丸不屑，“你啊，還差得很遠！掂清自己的分量吧！”大蛇丸與卡卡西同時衝向對方，激戰一觸即發。這時，上方的土石開始崩塌，那是卡卡西雷切造成的後遺症。迎着不斷下落的土石，卡卡西手持千鳥，衝了過來。大蛇丸射出帶繩子的苦無，苦無釘入上方的巖壁。大蛇丸拽着繩子竄到了上面，“我說過，要等你變得更成熟些，我再陪你玩！”說完，大蛇丸轉身離去了。
甲和卡卡西在伊布利一族煙霧的指引下找到了雪見，但得到雪見血液的大蛇丸還是順利逃脫。
卡卡西想要追擊，雪見的慘叫聲吸引了他。卡卡西與大和急忙過去查看，原來雪見的咒印發作了。卡卡西見多識廣，“這是大蛇丸的咒印。”大和手足無措，“怎麼辦，卡卡西？”卡卡西搖頭，“只有施術者才能解除咒印。”大和道，“怎麼會這樣？”雪見在劇烈痛苦中，依然喊着天藏的名字。破碎的巖洞，陽光照射下來。大和淚流滿面，雪見張開的手臂開始煙霧化，然後整個人在陽光照映下變成了粉色煙霧。
煙霧開始散開，一旦煙霧完全消散，雪見就不可能變回去。大和想起了最後的同伴，拼命結印，“木遁！”大和用木遁做出了一個木製的高聳箱體，但煙霧還是向上面飄去。煙霧的上升速度超過了木遁的製造速度，大和滿頭大汗地努力。到最後，依然有4股青煙飄飛到外面，大和無能爲力了。大和想起死去的那個同伴，更加痛恨自己的無能。伊布利族人的靈魂煙霧飛過來，沿着大和製造的木遁箱體，包裹住雪見的粉色煙霧，伊布利族人在用自己的意志來保護最後的遺孤。
然後奇蹟發生了，木遁箱體在這些生命力的共同努力下，變成了生機盎然的參天大樹。大和與卡卡西目瞪口呆，那棵大樹在陽光照耀下閃閃發光。大樹的主幹裂開了一個洞，雪見就在裡面，那是死者的意願和生命的奇蹟。
大和大喜過望，“雪見！”雪見睜開眼睛，“天藏……”劫後重逢的喜悅令人感動。身體不穩定的雪見開始變爲煙霧慢慢散去，甲的木遁和伊布利一族的靈魂們將雪見挽救了回來。大樹隨風飄舞，綠葉作響，彷彿奏響了一曲偉大的生命之歌。
離開伊布利一族的駐地，卡卡西、大和、雪見來到了一個三岔路口。當時，陽光正盛，藍天綠樹，萬里無雲。大家決定在這裡分道揚鑣。卡卡西道，“我沒有見到過大蛇丸，也沒遇上奇特的伊布利一族以及根的人。”說完，卡卡西沿着a路獨自往木葉而去了。雪見露出笑臉，“就算再遇到颳風，我也不怕了。我會向前走下去，爲了我的未來！”與大和告別後，雪見踏上了屬於自己的b路。
一直遙望雪見離去，大和笑了笑，踏上了返回木葉的c路，“我只能循規蹈矩地活下去，但這樣也挺好。因爲我清楚了我自己也能保護別人。”活着的三人懷着不同的信念走上了各自的道路。
——————大蛇丸叛逃3年後，鳴人4歲時——————
根部基地，大和與根部忍者乙面見團藏。團藏道，“寫輪眼這東西本來就是用完就扔的，就連寫輪眼持有者的宇智波一族，都會在每一次使用中逐漸喪失瞳力，最終失去光明。”注意團藏所說的普通寫輪眼使用會喪失光明，指的是寫輪眼使用過度的極端情況。所以在沒有戰鬥時，宇智波一族不會開啓寫輪眼，就是爲了閉目養神，滋潤寫輪眼。一般而言，普通的寫輪眼只要注意保護和休養，不會出現喪失瞳力的狀況。而萬花筒寫輪眼再怎麼保養，只要使用就會減弱視力，無法避免。
這時候的團藏已經得到了宇智波家的寫輪眼，纔有了這樣的結論。團藏露出了右眼繃帶下的寫輪眼，“更別提有些禁術甚至得用寫輪眼本身作爲代價，才能發動呢。去爲我這隻眼睛找個替代品吧！”團藏的寫輪眼裝在失去的右眼上，卡卡西的寫輪眼在左眼上。根部乙道，“如果要對宇智波一族的忍者下手，需要周密的準備。”團藏道，“未必是宇智波族人，有個沒有雙親失去老師，並殺死朋友的人，擁有一隻寫輪眼。”大和馬上想到了，“旗木卡卡西！”團藏冷冷道，“永絕後患！”
墓區，卡卡西來祭拜野原琳，大和與乙藏身在樹叢中觀察卡卡西。大和問道，“是誰的墓？”乙道，“他的同伴，被他殺死的。”一頭紫發的卯月夕顏揹着短刀出現，“卡卡西前輩，火影大人找你。”卡卡西道，“知道了。”兩人向墓區外走去，卡卡西道，“不用叫我前輩，這又不是在忍者學校。”夕顏道，“就算在暗部，你也是前輩。我一直把前輩當成榜樣。”
這時期卡卡西在暗部已經有多年了，夕顏是最近才加入暗部的，還非常年輕。卡卡西道，“找個更可靠的人當榜樣吧！”夕顏笑道，“更可靠的人，疾風那樣的傢伙嗎？整天一副病怏怏的樣子，怎麼看也不會成爲別人的榜樣。”卡卡西與夕顏離去後，大和與乙來到野原琳墓前，大和看到了墓前的鮮花以及琳的名字。
火影辦公室，三代火影道，“大蛇丸在國內有多處秘密研究設施，這你知道吧？”卡卡西說知道。猿飛道，“逃離村子之前，大蛇丸破壞了其中一些，另一些則原封不動地留下來了，包括我們未知的東西。正在執行任務的4人小隊，恰巧發現了用途不明的設施。根據小隊回來後彙報，那應該是被大蛇丸遺棄的研究設施之一。”卡卡西問道，“小隊有沒有調查內部？”猿飛道，“幸好還沒有。因爲不知道里面有什麼，我不想讓村裡人知道那傢伙進行可怕研究的真相。不想讓他們知道自己下落不明的親人和朋友變成了什麼樣子。”
三代火影道，“然而調查是必須的！”卡卡西明白了，“所以你想讓我這個暗部去。離大蛇丸叛逃出村已經過去3年了，他的負面遺產至今令人頭疼啊！”猿飛道，“對不住，只能拜託你了！”卡卡西哈依。
卡卡西奉命出行，穿過一片樹林，前往那個秘密研究基地。根部的甲和乙隨後跟了上去，目的是卡卡西的寫輪眼。
火影辦公室，猿飛正在用毛筆寫字，團藏走進來，“聽說你發現了大蛇丸的據點？”猿飛道，“是那傢伙留下的研究設施，我已經派人去調查了。”團藏道，“這樣啊！”猿飛站起來，“你不放心嗎？”團藏道，“儘管是被遺棄的研究設施，但難保裡面沒有遺留的陷阱。不知道那位調查人員是否可靠？”猿飛道，“我派的是暗部高手。”團藏陰狠道，“希望他沒事。”猿飛皺眉，不知道團藏又搞什麼陰謀。
卡卡西來到那個研究設施，那是個地下洞窟。卡卡西跳入洞中，來到入口門前，那裡有個封印的符咒。卡卡西結印，試圖解開封印。封印符變紅後，失去了色彩。卡卡西上前揭符，符印突然發出亮光，卡卡西急速後退，“砰”地一聲巨響，爆炸發生了，大門炸得粉碎，火光沖天。
後面衝出水流，阻擋住了烈火，是大和發出了水遁忍術。卡卡西險之又險地避開了爆炸陷阱，當然也發現後面的跟蹤者，“你是甲吧？”大和只好站起來，“好久不見了，卡卡西！”
爆炸結束後，硝煙散盡，大門打開了。卡卡西與大和向裡面走去，卡卡西隨口問道，“你怎麼在這裡？”大和道，“有任務。”卡卡西道，“來支援我的？不，不對，是團藏大人吧？他也想擅自調查大蛇丸的研究設施，所以派了根來。”大和沒有答話，卡卡西叉手，“根的人決不透露任務內容嗎？但不管怎麼說，剛纔的水遁，真是多謝了！”大和道，“我也不想卡卡西被燒死。”卡卡西道，“要一起進去調查嗎？彼此有什麼發現可以溝通一下。”
卡卡西被三代派去調查大蛇丸遺留下來的用途不明的設施，跟他一起進入設施的還有根的甲，但甲接到的命令並不是調查設施，團藏盯上的是卡卡西的寫輪眼。大和陷入深思，卡卡西道，“怎麼了？就算部署不同，我們也都是木葉忍者，完全可以互相協助嘛！”根部乙還躲在暗處，卡卡西並沒有發現。大和道，“也對，前面不知道是什麼情況。一起走吧！”卡卡西道，“好。”
兩人向前走，乙偷偷吊在後面。卡卡西道，“陷阱貌似只有入口那一個，想必是大蛇丸急着逃跑，沒有來得及設置更多。”大和道，“是啊，但是小心爲上。”說話時，大和偷偷取出了苦無，準備偷襲卡卡西。兩人來到了前面一個門前，大和沒有找到下手的機會。卡卡西輕輕推門，“上了，小心點！”門開了一條縫，卡卡西拿鏡子晃悠，反射裡面的情景，看是否有機關。
確認沒有問題後，兩人進入了裡面，那是個實驗室，桌上有很多實驗報告，還有些玻璃器皿。大和道，“貌似什麼都沒有。”卡卡西翻看一份報告，“不知道大蛇丸在這裡做過什麼實驗。我猜他是最擅長人體實驗之類的。”大和問道，“人體實驗？”
——————大和的模糊回憶——————
陰暗的柱間細胞實驗室，大蛇丸與團藏走進來，大蛇丸陰森森道，“這個不行，那個不行，這些也不行……”團藏跟在後面，沿途都是破碎的玻璃器皿，還有一個孩子在器皿裡掙扎，那就是大和。經過大和身邊時，大蛇丸生氣道，“這個實驗體也失敗了！我本以爲成長期的兒童，才適合柱間細胞的繁殖，誰知反而不行。小孩子的體力根本支撐不住！”大和勉強睜開眼睛，看到了大蛇丸與團藏的模糊輪廓。大蛇丸決定把這裡關閉封鎖起來，團藏沒有異議。
兩人向外走去，完全沒注意到大和還活着。大蛇丸道，“不用擔心，細胞移植還有其他很多方法，馬上就能開始下一項實驗了。”兩人離開後不久，實驗室的儀器停止了工作，這裡被大蛇丸放棄了。大和所在的器皿崩潰了，液體流出來，大和發出慘嚎，“我還活着，不要放棄……不要啊！”聽到了實驗室裡傳來的聲音，團藏撞開門衝了進來，看到了大和，他露出了震驚的表情，“居然活下來了！”
後來，大和被團藏帶入了木葉醫院進行初步診治，身體康復後，就帶大和來到根部的訓練基地。那時候的大和似乎忘記了自己是誰，連語言能力都有了障礙。團藏喋喋不休，“大蛇丸太貪心，繼而連三地嘗試新東西倒也罷了，卻從來不會持之以恆。不過他早早對你放棄信心也算你走運，如果留在大蛇丸那裡，肯定會被繼續做實驗材料。”
來到基地，見到了其他忍者，團藏道，“我的組織收留那些無處可去的忍者，從今往後，你也成爲根部的忍者吧！”大和問根是什麼，團藏道，“我們就是支撐木葉這棵大樹的堅實根基。如果根基扎的不夠深，大樹就長不高。”大和道，“所以是根嗎？”團藏道，“你的名字就叫做甲吧！從今往後，你也是我們的同伴。”