雖然卡卡西加入暗部不久，但他冷血的表現有時令人瞠目結舌。知道這些的水門沒有責怪他的意思，而玖辛奈產前的護衛工作，水門也放心的交給了卡卡西。
時間飛快，懷孕的玖辛奈一直處於興奮中，經常跟宇智波美琴、正美等懷孕女**流經驗。當然，玖辛奈腹中的孩子就是日後的鳴人，美琴的孩子則是佐助，正美的兒子就是晶臧。卡卡西開始了暗中保護的使命，並親眼看到玖辛奈的肚子一天天地變大，那裡孕育着新的生命。波風夫婦完全沉浸在孩子即將出世的喜悅中，絲毫不知道危險正在漸漸靠近。當然，負責監視保護玖辛奈的卡卡西也完全沒有這個意識。
秋季的9月份到了，水門將卡卡西叫到火影辦公室，“這段時間辛苦你了。”卡卡西道，“可現在預產期還有一陣子啊！”水門道，“這個我和三代火影商量過了，玖辛奈的生產期間由三代火影的直屬暗部保護。”卡卡西道，“那我回去繼續執行暗部的任務。”水門道，“其實也不用這麼着急，你可以先休息一陣子。”
金宇四十五這陣子都在家裡陪着妻子正美和剛出世不久的孩子，完全沒有去上班的意思。作爲金宇的老師，志村團藏也親自來看過這個孩子。師徒二人按照之前的約定，團藏給孩子起名叫晶臧。
團藏希望晶臧長大一點後就去根部做忍者，但被金宇拒絕了，“我希望他能成爲一個普通的孩子，在和平年代快快樂樂長大。至於今後想不想當忍者，那就看他自己的意願和天賦了。”對於金宇的堅持，團藏雖然有些不高興，但也表示了理解。金宇家只是平民忍者，雖然有些傳承，但畢竟沒有血繼限界，不屬於貴族序列。
卡卡西來到野原琳的墓碑前，換上新的鮮花，“對不起啊，琳。很長時間沒來看你了，我發誓，真的不是想忘記你。有件事情我想告訴你，雖然暫時還屬於機密。水門老師的孩子就要出世了，金宇上忍也有兒子了。他們這一代將生長在和平年代，如果我們也能晚些出生……我再去告訴帶土一聲！我走啦，琳。”卡卡西離去了，他絲毫沒注意到一個戴着面具的男子就躲在後面的樹叢裡，聽到了他所有的話，這人就是阿飛。阿飛來到野原琳墳前，將卡卡西擺放在那裡的鮮花全部扔掉了。
十月份到了，卡卡西與阿凱走在木葉街上。阿凱正在纏着卡卡西比鬥，“就沒有更熱血的一點的較量方式嗎？你這樣也好意思當我的宿敵啊！”卡卡西有氣無力，“明天還要早起，今天就算了吧！”阿凱滔滔不絕，“別拿任務當擋箭牌！眼下我們擁有火熱充沛無處發泄的能量，所以我們應該更加發奮圖強！只要腳踏實地地努力積累，才能在將來執行任務時贏得成功。喂，你在聽我說話？你進入暗部以後怎麼變得這麼冷漠啊！我聽說了，你的外號叫做冷血卡卡西……”
卡卡西有些不高興了，阿凱只好道，“我明白暗部的事情不能隨便透露。但不能因爲這個就忘了我們之間的交情啊！青春苦短啊！”卡卡西道，“凱，你有沒有覺得不對勁？空氣裡似乎透着一股寒意。”阿凱怒道，“之所以會這樣，是因爲你的態度太冷漠！青春只在當下。”
滿月當空，宇智波家裡，年幼的鼬抱着熟睡的弟弟佐助坐在臺階前，那時候佐助還是個嬰兒。鼬覺得有些不對勁，“這感覺怎麼這麼不好呢！”突然佐助大聲哭起來，鼬急忙哄孩子，“別哭哦，佐助！……這感覺真叫人不爽啊！怎麼爸爸媽媽偏偏在這個時候出門呢！不管發生什麼事情，我都會保護你的哦，佐助！”
金宇家，金宇四十五正在逗弄兒子，正美是醫療忍者，剛剛給疾風檢查完身體，“不要太勉強哦，我給你開的藥要按時服用。”疾風答應。看到疾風好奇的樣子，金宇就將兒子遞給疾風抱。疾風手忙腳亂地抱住晶臧，“金宇老師的兒子，真是可愛啊！”金宇笑道，“這個臭小子哪裡可愛了呢！要是個丫頭就好了。”正美不滿，“人家別人都喜歡兒子，就你喜歡女兒。我就最喜歡兒子啦！”金宇擡頭看了看月亮，覺得有些不好的感覺。
同樣，在家裡看忍術資料的猿飛也察覺到了異樣。阿飛悄悄出現在了木葉街角，露出了猙獰的寫輪眼，“通靈之術！”強大的九尾被直接通靈而來，發動了猛烈攻擊，木葉猝不及防，一下子損失慘重。九尾發出了怒吼，九條尾巴同時打開了，尾獸之難震驚了整個木葉。阿飛用瞳術控制了九尾，“上吧，九尾！”九尾開始肆無忌憚地衝入木葉，進行大肆破壞。聞訊趕來的木葉忍者拼命阻攔，卻無濟於事，反而白白犧牲。
暗部忍者馬上通告了三代火影，“九尾、九尾忽然出現在村子了！”三代火影換上了戎裝，“你們隨我過去阻擊九尾，絕不能讓它衝入村子中央！”同時，木葉的忍者也都紛紛衝出來，向九尾所在方向衝去。金宇直接帶着雙劍衝出了家裡，“我去阻止九尾！疾風，你帶着晶臧快去避難所避難。記住，如果萬一發生了什麼不幸，照顧晶臧的重任就交給你了！”疾風大驚，“老師……”正美把孩子遞給疾風，“照金宇的話去做吧，我也要馬上過去救援，一定有很多忍者受傷的。”
街頭，卡卡西與阿凱也知道是九尾出現了。阿凱怒道，“混賬九尾，現在是將火熱的力量釋放出來的時候了！”卡卡西道，“別急，凱！”阿凱根本不聽，“放馬過來吧，九尾。我跟你單挑！”一個背刀的上忍阻止了二人，這個上忍就是夕日紅的父親夕日真紅，“你們現在立刻去集合處集合。”卡卡西道，“爲什麼？現在應該馬上去阻擊九尾啊！”夕日真紅道，“這是三代火影的命令！”阿凱道，“日斬大人嗎？”卡卡西道，“聽到了嗎，凱？我們走！”
樹林集合處，未滿20歲的少年忍者都被集中在這裡，並且有忍者佈置了結界。夕日真紅道，“聽着，你們年輕一代不許接近九尾。金宇上忍已經成功地擋住九尾的去路，兩位火影也會趕去支援。”夕日紅道，“這是什麼意思？”夕日真紅道，“這不是與外村的戰爭，而是內部問題。你們不需要以身犯險！”紅怒道，“你別擅自做主啊，爸爸！”阿斯瑪道，“冷靜點，紅！”夕日真紅道，“你也是忍者，紅，命不會太長的。但是女兒啊，我希望你將火之意志託付給我未來的外孫。答應爸爸吧！我相信你！”
阿凱生氣，“金宇上忍那邊都不知道打成什麼樣子了，你們父女兩個還有心情拌嘴啊！這種時候什麼都做不了，真是不甘心啊！”卡卡西等人擡頭看見滿天的霞光，光與水組成了上萬劍影遮蔽了月亮……繼而，猛烈持續的轟鳴巨響過後，霞光與劍影都消失了。夕日真紅露出驚色，“不好，金宇上忍的查克拉……”之後就發生了三代火影大戰九尾，四代火影波風水門趕來，與妻子玖辛奈一起封印九尾的艱險戰鬥。
三代火影等人趕到村外，等到結界消失後，他們看到了驚人的慘狀。四代火影夫婦滿身是血倒在地上，剛出生的漩渦鳴人就躺在旁邊，不住地啼哭。猿飛抱起鳴人，讓兩個隨同前來的上忍，馬上送波風夫婦前往木葉醫院。此時，波風水門已經陣亡。漩渦玖辛奈還剩下最後一口氣，“三代目，那孩子就拜託你照顧了！”猿飛哽咽，“你不用擔心。”玖辛奈生命力非常強勁，“孩子叫……鳴人……是水門和我……根據自來也老師的小說起的名字。”
猿飛道，“鳴人嗎？我知道了。我一定負責照顧好他，所以爲了這孩子，你就別說話了……”玖辛奈無法再說話了，她已經閉上眼睛，失去了氣息。猿飛淚流滿面，“玖辛奈啊，我保證……”慘烈的九尾之難給木葉帶來了劇烈的重創，木葉不僅僅失去了大量中上忍（其中包括伊魯卡的父母海野夫婦）和許多無辜的村民，更重要是四代火影夫婦與金宇夫婦均在此役中陣亡。
不詳的寒意在傍晚瀰漫開來，爲了保護村子，水門和玖辛奈不幸犧牲。之後，三代火影等人給這些死去的忍者們舉行了隆重的葬禮。猿飛、門炎、小春、團藏等人全部出席，上一代的豬鹿蝶、日向、宇智波、油***冢、鞍馬這些倖存的各家族成員都有出席。少年時代的卡卡西、阿凱、夕日紅、阿斯瑪、不知火玄間、並足雷同等人也都在場。悲傷的氣息籠罩了整個木葉，木葉的金水組合就此隕落。猿飛道，“玖辛奈、水門，你們用生命保護了整個木葉，還有木葉村的未來。”卡卡西淚流滿面，“水門老師、金宇上忍……”
葬禮之後，木葉高層召開了上忍會議。門炎道，“儘管成功擊退了九尾，但爲此付出的犧牲實在太大了。”小春道，“我們沒時間沉浸在悲傷中，目前燃眉之急是選出合適的繼任者，填補火影的空缺。”奈良鹿久道，“不如就託付給水門後一代的忍者吧！”小春道，“雖然他們當中也有優秀的上忍，但不可否認，他們的實力不夠影級，經驗也不足以領導衆人。”鹿久嘆氣，“那麼還能有誰呢？三忍之中，自來也、綱手姬都不在木葉，而大蛇丸又……”
村子發生瞭如此動盪，身爲三忍之一的大蛇丸居然連面也沒有露，這讓村子的忍者都非常不滿。團藏想要替大蛇丸辯駁幾句，猿飛先站起來，“迫不得已，這是非常時期，我猿飛日斬願意再次擔當重任。”門炎鬆了口氣，“你願意出馬啊！”小春道，“既然你肯答應，那就好辦了。”團藏忍無可忍了，“你曾經一度讓出了火影之位，真的有能力勝任嗎？事實上，你儘管趕到了九尾作亂的現場，卻沒能救出金宇和四代目！是我的弟子金宇用生命拖住了九尾……”
門炎道，“團藏，你這麼說就太過分了！”小春冷笑，“那時候團藏你又在哪裡呢？金宇是你的得意門生，你爲什麼不去救援？而且你的根部忍者也沒有一個出現在現場。”這句話一下子把團藏給堵住了。團藏本來是想讓三代目、四代目與九尾拼個你死我活，他好趁機上位的，沒想到陣亡的是四代目與金宇，而三代火影卻安然無恙。
猿飛哈哈大笑，“是我這個老頭自不量力了，到下一代火影成長起來爲止。只當是個過渡了！這樣總可以了吧，團藏？”團藏咬牙切齒，卻不得不接受了這個苦果，火影之位再次與他擦肩而過。
墓區，卡卡西將鮮花分別放在波風水門與金宇四十五的墳前。剛好，來這裡悼念金宇的團藏看到了這一幕，就走過去跟卡卡西說話，“你是旗木卡卡西吧？”卡卡西道，“團藏大人……”團藏道，“怎樣，要不要到我的手下做事呢？”卡卡西道，“我是水門老師的……”團藏道，“將你送入暗部的四代火影已經過世了，照這樣下去，你會變成三代火影的直屬暗部。作爲和平主義者的三代目，拖延了戰爭，是害死帶土和琳的始作俑者。”