最終，宇智波一族人爲了恢復家族的名望和地位決心發動叛亂，其中鼬的父親宇智波富嶽成爲叛亂的策劃者與領導者，他逼迫鼬成爲暗部一員替宇智波一族獲取木葉上層情報，鼬不得已只得進入暗部，而木葉上層利用鼬熱愛和平，不忍戰亂的心理逼迫其監視宇智波。從此，鼬成爲了一名在木葉與宇智波政治夾縫中權衡利弊的雙重間諜。
他將族人叛變的計劃透露給了木葉上層，團藏給他下達了滅掉宇智波一族的殘酷命令，並威脅他說，如果你不動手的話，將會由我們（暗部根）動手。在一族與木葉村乃至於整個忍者世界的和平之間權衡利弊，鼬最終痛苦地接受了這個機密任務，因爲他不忍心讓更多人經歷戰亂，面臨家破人亡妻離子散的悲哀。難以想象鼬當時的心情，因爲他要執行的任務是殺掉和自己生活多年的族人，還有自己深愛的親人，甚至有自己發誓要保護一生的弟弟佐助。
第三次忍界大戰，鼬年僅四歲就目睹了太多的死亡，對於這麼小年紀就經歷戰爭的他來說，戰爭簡直就是地獄，這個創傷使鼬厭惡戰亂，從此成爲一個熱愛和平的男人。他將村子的安定放在第一位，爲和平盡心竭力，沒有被一族的瓶頸所束縛，成爲一個熱愛村子的忍者。此時此刻他面臨着和平與摯親之間的選擇，最終他還是選擇忍痛親手降下宇智波一族的帷幕，揹負弟弟對他的憎恨和間諜的使命離開了村子。
聽完猿飛的詳細講述，鳴人的心情非常沉重。晶臧問道，“那麼，當時真的是僅憑鼬一人之力摧毀了宇智波一族嗎？”猿飛道，“不，後來經過查探，證實了有個神秘人幫助了他。而這個人很可能就是……”晶臧道，“宇智波斑……對嗎？”猿飛道，“沒錯，以現在的情況推斷，那個人應該就是你們所說的阿飛。”鳴人握緊了拳頭，“爲什麼……爲什麼會變成這樣？”猿飛嘆氣，“事情弄成這樣，責任都在我這個火影身上，我本來想談判解決的……”
晶臧正式向三代火影提出給宇智波鼬平反，“毫無疑問，鼬是一個英雄，但他只能以殺死一族罪名被人們所知曉，他用一生來維護忍者世界的和平，併爲親愛的弟弟佐助付出了一切。”猿飛有些躊躇，“可是真相完全公開，可能會在木葉造成混亂，尤其是宇智波一族反叛的事情。”晶臧道，“那就別讓宇智波一族揹負這個污名。木葉只要把宇智波一族滅門慘劇都推到宇智波斑身上就行，而鼬只是奉命打入曉的間諜，木葉的英雄。宇智波一族依然是木葉的名門望族，也從來沒有背叛過。”
鳴人迷茫，“這樣可以嗎？”晶臧道，“我覺得這樣公佈這個消息，對宇智波一族、對鼬和佐助他們，都是非常有益的。這樣一來，木葉就爲佐助打開了一扇光明之門，無論他是否接受這個所謂的真相。不過，三代大人怕是又要擔責任了。”猿飛道，“宇智波的慘案，責任本來就在我這個火影身上。沒有保護好宇智波一族這個重大責任，自然還是由我這個老朽揹負吧！”
鳴人感動，“三代爺爺……”猿飛道，“好了，鳴人。你可是要成爲火影的男人，不要這麼婆婆媽媽的。作爲火影，不僅要有保護村子的心，更要有揹負重大責任的覺悟！有的時候妥協和退讓，都是必要，這就是政治，鳴人！”三代火影以身作則，給鳴人上了一課，告訴他火影不是那麼簡單的。猿飛道，“我會跟兩位長老統一口徑，剩下的事情就交給我了。打起精神來吧，接下來的忍界大戰纔是對你們最嚴峻的考驗！”
情報部，卡卡西把香燐交給伊比喜，“這個忍者原本是大蛇丸的部下，在成爲佐助的夥伴之後，曾以曉的身份活動過。”伊比喜道，“也就是說，知道很多內幕吧！”伊比喜兇巴巴的臉，加上恐怖的目光，香燐有些肝顫，急忙躲在卡卡西身後，“要好好對待我啊！”卡卡西道，“而且她目睹了團藏與佐助的戰鬥。”伊比喜道，“你看到他們二人對決了嗎？”香燐不滿，“在這裡就開始審問了嗎？”
伊比喜已經得到了他想知道的的答案，“很好，這傢伙就交給我們情報部了。我會問出她所知道的所有。”伊比喜吩咐一個部下，部下甲抓住香燐就走。香燐嚷嚷，“真是討厭啊，我不會跑的了！”香燐顯然沒有做俘虜的經驗，大吵大鬧，“放開我，真是的！口乾死了，給我拿些飲料來！”總算把香燐弄進去了，卡卡西搖頭，“話說回來，綱手大人情況如何？”伊比喜道，“依舊昏迷不醒。”
卡卡西說要去跟上級彙報，就準備告辭了。伊比喜道，“卡卡西，木葉村現在雜亂無章，得儘早有人站出來穩定大局。”卡卡西道，“我知道。”
趁着空隙的時間，晶臧用逆通靈術返回了異界的恐龍神殿。鼬依然在昏迷中，那些恐龍對鼬的眼睛和病情一直束手無策。晶臧把團藏留下來的那3只寫輪眼和奪回的白眼交給了中華龍鳥等恐龍去研究。中國鳥龍則讓晶臧儘快把另外一個人帶走，晶臧大喜，“自來也的傷勢完全恢復了嗎？”中國鳥龍道，“是的，恢復的很順利，已經完全康復了。爲了不讓他知道我們的秘密，我們用特殊的藥物還讓他在昏迷中。”
中華龍鳥也道，“快帶他離開吧！再過大約幾個個小時，藥效一過他就會自動甦醒。”晶臧再三道謝，馬上帶着自來也通靈返回了木葉村。由於自來也還在昏迷中，晶臧就先把自來也安置在自己家中。晶臧疑惑，“白不在家啊……哦，想起來了，鳴人說讓鹿丸召集夥伴的。我也趕快過去吧！”
晶臧趕到集合地點時，大家都已經到了。第七班、第八班、第九班、第十班、第三班大集合，當然各位帶隊上忍都不在。八雲道，“晶臧，你怎麼現在纔來啊？”紫苑道，“你遲到了，晶臧！”晶臧連聲抱歉，“有點事情耽誤了一下。”鳴人和小櫻已經把佐助的事情給大家講述完了，鹿丸道，“佐助竟然做出這種事情。”志乃道，“難以置信！”千夏吐槽，“聽你們兩個的語氣，根本沒有驚訝的意思！”
鳴人道，“所以，佐助的事情交給我們處理吧！”天天叫囂，“你要一個人對付佐助？你明知道我們不會同意的吧！”幹筍道，“正如天天所說，鳴人。我們不能任由你耍性子！”志乃道，“要問爲什麼的話，這可是事關村子的大事。”鳴人道，“這纔不是耍性子。”牙抱怨，“說什麼回來之後會詳細說明。我還在想你會說些什麼呢！”樑襄道，“我們也下了了結佐助的決心啊！”
晶臧哈哈大笑，牙怒道，“你笑什麼？”晶臧道，“笑你們坐井觀天，就憑你們也想了結佐助。說實話，以佐助現在的實力，連我和鳴人都沒有把握打敗他。開啓了萬花筒寫輪眼的佐助，可不是你們能夠對付的。還說什麼大話，去了結佐助，別笑死人了！”樑襄怒道，“晶臧，你說什麼啊！不只是你們在進步，我們也努力修行了！你少看不起天才了！”阿空也道，“對哦，我現在已經不輸給鳴人了！”
晶臧冷笑，“豎子不足與謀！”他這句古文一出口，其他人都傻眼了，“什麼意思啊？”“完全不明白！”幹筍道，“晶臧，別賣關子！”晶臧只是冷笑不語。鹿丸猜到晶臧這句話可能不是什麼正經話，“晶臧，你也贊成交給鳴人去解決嗎？”晶臧道，“這是第七班的內部事務，你們就別管了。”阿雪道，“就算你們這麼說……”鹿丸道，“鳴人，你該不會嘴上說一個人去處理，實際暗地包庇佐助吧！”
鳴人道，“不，我沒有包庇佐助的打算。”寧次道，“大鬧五影會談，又跟團藏對決，即使佐助也很虛弱了吧！爲什麼你們沒有一口起解決他？鳴人、晶臧，以你們的實力，聯手幹掉力竭的佐助，應該不困難吧！就像對戰佩恩那樣。”小櫻生氣，“你說得真輕鬆啊！宇智波斑也在，不是那麼容易辦到的。”白道，“以當時的情況看，就算我們都出手，也很難擊敗宇智波斑。”
牙嚷嚷，“那也不能眼睜睜看着他們逃走吧！你們都是很強的啊！連佩恩都給打倒了。鳴人你是打敗佩恩的英雄啊！”鳴人道，“英雄？”牙道，“是啊，木葉的英雄。對付佐助也應該像那時一樣。”鳴人道，“並非如此。”晶臧道，“牙，你不在現場就別亂說！”八雲也批評牙，“就會在旁邊說風涼話！我們都跑去幫忙，你卻在樹林裡睡大覺！”牙氣急敗壞，“這能怪我嗎？還不是小櫻……”雛田急忙勸解一番，“好了，大家不要爲了這點事傷了和氣。”
晶臧道，“能夠擊敗長門，多少有些運氣的成分。其實最後還是依靠鳴人的口遁勝利的。”鳴人道，“可是現在僅憑這樣是無法擊敗佐助的，這點我很清楚。他的內心也是一樣……”丁次道，“你的意思是……”鳴人道，“總而言之，現在誰也不能跟如今的佐助交手。”寧次道，“什麼意思？”鳴人道，“能夠與之交手的只有我，就是這個意思。”幹筍道，“這樣根本沒說清楚啊！”鳴人也在夥伴中表示，只有自己纔有同佐助一戰的資本。
樑襄道，“解釋清楚一點啦！”寧次道，“到底發生了什麼？”鳴人道，“時機成熟我自然會說。”晶臧道，“有些事實的真相很快就會披露。”阿空道，“你們又在打馬虎眼啊！真是的！”千夏捶他一拳，“白癡，你又不認識佐助，在這裡起什麼哄啊！”小櫻覺得鳴人和晶臧似乎隱瞞了什麼。鳴人把手靠在頭部後面，“就這麼回事，拜託各位了！我肚子餓了，去吃拉麪吧，晶臧！”晶臧和鳴人一起離開，大家議論紛紛。白攤手，“就相信他們吧！”
上層會議室，猿飛與小春和門炎商量了一番，儘管他們不同意，猿飛還是做出了最後的決定，按照晶臧所說的，給宇智波鼬平反，“這件事在五影大會已經鬧得沸沸揚揚，瞞不住了！”小春道，“也罷，與其引起大家的不安和動盪，把黑鍋都扣在斑的頭上，也說得過去。”門炎道，“也算是給團藏保留了最後的面子吧！這個傢伙做得還真過分！”由於咒印取消，山中風和油女取根向他們報告了一些關於團藏的事情，包括奪取寫輪眼和移植初代細胞這些聳人聽聞的行爲。
這時，卡卡西進來彙報。聽完後，轉寢小春道，“團藏已經死了，猿飛，你看……”水戶門炎道，“真是的，團藏這個傢伙死之前還給我們留下一堆爛攤子！”猿飛道，“接下來趕緊召開決定火影會議的人選吧！”門炎道，“是啊，關於忍者聯軍的事情，沒有火影也無法推進啊！”小春道，“這樣下去也不是辦法，猿飛又得爲宇智波家的事情負責。”猿飛道，“我不可能再度擔任火影的。所以我們決定了，推薦你爲火影，卡卡西！”