武太后頗爲猶豫，在此敏感時期，她還是把武清的奏疏留中不發，因爲她沒有把握這武科舉是否能夠爲自己所用，她決定還是從內部開始清洗異己。
於是在東突厥襲擾昌平後，只命黑齒常之率軍擊之，便開始了新一輪的清洗。
首先便是已經被貶爲施州刺史的李孝逸，她聽了武承嗣之言，說李孝逸名字中“逸”字中有兔，兔乃月中之物，月近天，合有天分，意在窺覦帝位。於是便命人拿了下了制獄。
緊接着便是劉禕之，劉禕之是被鳳閣舍人賈大隱告密的，兩人都在鳳閣，屬於同僚，低頭不見擡頭見的那種。劉禕之忌憚武太后權威，又不敢諫言，所以便向屬下說，太后既能廢昏立明，何用臨朝稱制，不如返政，以安天下之心。隨即便被賈大隱給密告給了武太后。
武太后不禁大怒，劉禕之可是北門學士之一，他所有的榮華富貴都是武太后給的，從一個芝麻小官如今做到了正三品的宰相，到如今竟然口出此言。由此可見這朝中不知道有多少人想着反叛自己。
貞觀殿內，武太后怒道：“劉禕之是朕所器重之臣，如今竟有揹我之心，真罔顧朕之恩情。”
不久，便有人密告，劉禕之曾私受契丹領袖、歸誠州都督孫萬榮的賄賂，又與許敬宗之妾私通，武太后憤怒異常，便命告密之人肅州刺史王立本推按此事。劉禕之隨即下了制獄。王立本宣敕出示聖旨。劉禕之本就是起草詔書之人，如何肯服，大罵道：“不經鳳閣鸞臺，何名爲敕！”
武太后自然大怒，隨即“以拒捍制使”之罪定爲死罪。劉禕之曾經是李旦王府中的舊臣，李旦聽說後，便趕緊向武太后求情。
武太后沒有讓李旦進殿，而後迅速賜死劉禕之。
劉禕之死後，武太后命酷吏周興繼續按鞫制獄。挖出劉禕之黨羽，一百多人，如麟臺郎郭翰、太子文學周思鈞均遭流放。
自劉仁軌死後，無大臣留守長安。於是便命蘇良嗣遷爲文昌左相留守長安。與此同時納言韋思謙致仕，裴居道爲內史，正式拜相。夏官侍郎張光輔爲鳳閣侍郎同鳳閣鸞臺平章事，進入政事堂。
嶺南邊疆少數族時有造反，但隨即被平，重大事件如交趾都護劉延之被狸戶所殺，首領李思甚等人隨即被鎮壓。
東突厥入侵朔州，武太后又聽了讒言，決定還是不用武清出徵，命黑齒常之爲燕然道行軍總管。再封李多祚爲右鷹揚大將軍爲副總管，出兵朔州。
而此時的武清，頂着左羽林衛大將軍的頭銜卻在武清縣當縣令，這也算是一個朝廷中奇特現象。他每日裡處理下重大事情後，便是泡在黑火藥研究室裡面。開始研究黑火藥。奔走於各個工坊，特別是近半年來加入了高爐和煤炭後，鑄幣增加十倍，而且所鑄開元通寶的成色相當不錯，銅的含量達到了八成，新錢光滑品相不錯。武清準備用這些錢來收購民間金銀。
因爲他有一個願望，那就是把金銀當做帝國的貨幣儲備。當然這只是爲將來考慮。
這一年天下大旱，關內、山東尤甚。
武清坐於閣樓，終於下定了決心，片刻一個黑影出現了閣樓中。
“牛郎見過主上！”
武清沉默片刻，說道：“牛郎，你覺得當今天下如何？”
這牛郎正是當年刺殺了廣州都督路元睿的崑崙奴。其實他也不算是崑崙奴，因爲他只是隋末動亂逃避海外的漢人後裔而已。本來遵照先祖遺願回中原生活的，可沒想到正好遇到路元睿敲詐勒索崑崙奴，怒而殺之。如今被武清收服，經過一年多的訓練。做事十分乾練。代號爲牛郎。
“屬下只知主上，不知天下。”
武清微微一笑，沉聲說道：“既然如此，那就給我招三千牛郎，我要你組建牛郎衛，你可能辦到？”
牛郎如何不明白，頓時心中大喜，便躬身行禮道：“屬下一定完成任務！”
每逢大旱大災，便有賣兒賣女之人，武清便會命人收留或買一些，也從某種程度上挽救了一些生命。儘管目的不純，但這也是他盡力而爲的事情。三千牛郎，肯定不是小數目，於是武清拿出一份上面寫有“絕密”兩個字的信封，遞給了牛郎。
“照這裡面的步驟去做！”
“是，主上。”隨即牛郎退去。
其實武清這樣做也是逼不得已，如今他家大業大，說不定哪天武太后起了性子，把他給辦了也說不定，人性這東西實在難以琢磨，總之鋪好後路是沒錯的。一旦事發，宮中有上官婉兒和韋團兒提前告知，那些個太監都與武清交厚，甚至那守城的校尉都有些是影衛出身。在武清縣的埠頭中間，都藏着一艘改變了形貌的戰艦，更不要說是在江南船行、揚州等地，都藏着一艘戰艦。如今琉球島的要塞開始修建，如果能夠經營五年，他相信，到時候就憑藉琉球島，他便能打退大唐水師。
當然到那個時候，也就無所謂天下了，說不得他都可以爭霸一番。若能在這幾年裡研究出炸藥包之類的，爭霸什麼的，根本就跟玩兒一樣了。何況如今的大唐能征善戰者有幾個？
再者，在泉州的海洋學校已經有了第一批學生，每日裡勤練不已。不出幾年，這些學生們便是海軍戰士。所訓練的手冊，都是出自李靖兵法。當然一般情況下，一般人是看不到這本兵書的。但以武清的身份，自然能夠從皇家藏書中能夠看到《衛公兵法》的。武清也不禁對李靖非常佩服，特別是對於水軍的見解也是非常獨到的。而且也似乎在字裡行間透露出，大海終將被人類征服。
由此便可看出，李靖不愧爲真正的軍事家，從戰略眼光上看，李績就差了些。
朝中，武承嗣和武三思見黑齒常之在黃花碓很快擊敗了東突厥，不禁有了心思，看來這東突厥也不甚厲害。於是便上疏武太后，願意領兵出擊突厥。
武太后召見二人，說道：“你二人想領兵出征，朕還沒有老糊塗！往後不要上這種奏疏。免得被百官看到後笑話，明白嗎？”
武承嗣和武三思沒有想到竟然被叫來臭罵一頓，二人心中不喜，但臉上非常恭順，武三思心思電轉，便說道：“姑母，臣可推薦一人，當可領兵出擊突厥。”
武太后聽到二人不再堅持，便問道：“你們推薦何人？”
武三思躬身道：“是右監門衛中郎將爨寶璧，此人有勇有謀。是個不可多得的人才？”
武太后一愣，竟然還有這樣的人才，自己怎麼沒發覺，但看武三思一臉認真的模樣，便說道：“既然如此。那就命他引兩萬精兵支援黑齒常之，但務必聽黑齒常之調遣。”
二人大喜，遂謝恩而出。
不日，爨寶璧領兵兩萬出征朔州一帶。
不久，有虢州人楊除塵詐稱自己爲朗將，矯制招募士卒，迎接廬陵王。被人告發，不過月餘，便被抓獲，當場就地正法。
但這也給武太后提了醒，隨即派兵便把廬陵王看守地更緊。告密之風更甚。像秋官侍郎張知默這樣的四品之官，都想着推按制獄。可見其殘酷。張知默還要求他的外甥監察御史王守慎跟他一起按鞫制獄，被王守慎拒絕。
王守慎感到朝中被酷吏橫行，又看不到希望，他自己難保不會深陷囹圄，於是便辭官爲僧。此時武太后大興佛事，自然應允，賜法號法成。與此同時徐仁紀、孫處玄等要麼辭官歸隱，要麼出家爲道。
當然這一時期，出家的、歸隱的官員不在少數。畢竟酷吏橫行，自身又沒有太多安全保障，只有出家歸隱才能保存全身。
武清的思想未嘗沒有這方面的原因。只不過他的背後是武太后而已，武太后又是酷吏的幕後主使，只要武太后不親自下命令，酷吏還是不敢輕易咬武清的。
不久，從北疆傳來軍情，爨寶璧不聽黑齒常之勸告，乘勝追擊阿史德元珍，中了埋伏，全軍上下兩萬精銳死傷殆盡，他一人輕騎逃出，回到了神都。
武太后大怒，訓斥了武三思和武承嗣，並把爨寶璧腰斬於市。自此武太后再也不敢輕易派遣將領出徵，因爲喪師辱國不說，也會讓天下百姓對她武太后的朝廷輕看。
當然，武承嗣和武三思對黑齒常之可是恨上了。
這一日，武太后召見武清。
武清踏進了麗景殿，十一月的天氣，確實有些冷，但麗景殿內卻溫暖如春。
給武太后見禮後，武太后對武清說道：“去歲朝廷失去了安西四鎮，使得西域商路斷絕，我欲使人征討吐蕃，清兒以爲可派何人征討？”
武清一愣，今年天下普遍大旱，餓死之人不知道有多少，這會兒要徵吐蕃，有那麼多兵力嗎？不到兩萬的河源軍要防備吐蕃，還被黑齒常之分走一半抗擊突厥。如今不說糧草難以籌集，就說這兵源都是問題。
“太后，臣認爲此時征討吐蕃，還不是時候，不若待太后招募新兵，訓練一年半載，再派大將征討吐蕃，安西四鎮不出半年，將重回大唐懷抱。”武清斬釘截鐵地說道。
武清雖然沒有和西域貿易的商隊，但他知道西域與大唐的貿易是非常緊密的，如今各地貨物積壓，就是因爲安西四鎮被吐蕃佔領，商路不通所致。
武太后顯然有些急躁，安西四鎮在她手中陷落，這讓她有一種失敗之感，總之她就是想征討吐蕃。
“若朕派你去征討，你可願意？”
武清一愣，他話說的很清楚了，這太后還要征討，便說道：“太后，即使微臣去征討，也無必勝把握。還請太后三思。”
武太后一愣，緩緩說道：“即如此，你先退下吧。”
武清擡頭看到，上官婉兒在擺手，於是便明白其意，躬身退下。
不久傳出消息，武太后封韋待價爲燕然道行軍總管，並肅州刺史、右鷹揚衛將軍，防禦吐蕃突厥。