鄭成功用談判的方式教訓了囂張不可一世的荷蘭侵略者，這些紅毛賊撂下狠話，拂袖而去。 大批的荷蘭軍艦，陳兵臺海，這些全在朱由崧的掌控之。
因此，在接到鄭成功談判的正式奏報之後，朱由崧立即召開御前軍事會議，出席這次會議的有兵部尚書劉肇基，大學士宋獻策，謀臣嚴錫命，水師統領賀兆雄，鄭鴻逵，劉秀，姚啓聖和施琅等等水陸兩方面的高級將領。
這次會議的主要議題是，研究部署攻臺方案。一旦荷蘭紅毛賊進行軍事幹預，也是我們武力解決臺灣問題之時。
現在朱由崧也推測出來了，荷蘭紅毛賊突然出面干預，有僞帝朱聿鍵和鄭芝龍的因素在裡面，那麼現在的海戰需要兩線作戰。
讓武衆將各抒己見之後，朱由崧與鐵臂蒼龍賀兆雄敲定了最後的分兵方案，對臺作戰兵分三路，第一路一萬水師，由鄭成功擔任主將，劉國軒擔任副將，李全和柳春紅夫婦隨軍聽用，由金門出動，最終目標是奪取澎湖列島，取得制海權，爲登島作戰作準備。
第二路也是一萬水師，由施琅擔任主將，姚啓聖爲副將，賀金武隨軍聽用，他們這一路人馬，從泉州出發，攻擊的最終目標是臺灣城和赤嵌城，也是荷蘭紅毛賊在臺灣地區修建的兩座城堡。
第三路人馬由水師統領賀兆雄親自擔任主將，總共是5000水師，他們擔任的主要是前兩路人馬的補給和運兵任務。
因爲這次海戰路途遙遠，戰線較長，後援補給任務非常重要，另外有200艘大型運兵船，朱由崧給他們5萬陸軍，這兩路是海軍，一旦得手，賀兆雄負責一次性運載5萬陸軍，在臺登陸作戰，5萬陸軍的主將是由兵部尚書劉肇基擔任，降將鄭芝莞擔任副將，施琅的父親施大宣和兄弟施顯，隨軍聽用。
也是說，這次對臺灣作戰朱由崧調集了水陸兩方面的人馬將近8萬人，無論水陸，全部都是精兵良將。
當然，這三路人馬首先要對付的是陳兵臺海的荷蘭艦隊。
水師方面，這三路人馬裝備非常精良，除了配備的大型運兵船之外和執行靈活作戰任務的小型戰船，大戰船的火力配備全部是24門裝的千斤佛郎機和紅衣大炮。每一條這樣的大型戰船，都可以形成遠近交叉火力打擊系統。
在福建沿海一帶對鄭家軍作戰水師共16000餘人，朱由崧也讓他們分兵兩路，一路有大將軍劉秀率領8000水師，自西向東進攻平潭島。
剩下的8000水是爲第二路，由鄭鴻逵率領，由於這是在他們老家的門口打仗，地理位置應該非常熟悉，朱由崧讓他繞着走福寧州，即後世的福建省寧德市一帶，自東向西進攻羅源縣，兩路水師雙面夾擊，讓福建一帶的鄭家軍首尾難顧。
對朱由崧來說，這是第一次運籌跟外國艦隊作戰，而且是兩線作戰，不但要對付荷蘭侵略者，還要對付鄭芝龍的鄭家軍。
荷蘭現在是世界最大的軍事強國，擁有世界一流的海軍艦隊。葡萄牙和西班牙已經被他踩在腳下，英法這些後起之秀，現在也只能是望其項背。
因此，對大明歷史和世界歷史都有掌握的穿越者朱由崧，這一戰一點也不敢大意。從最初的設想到，到拿出具體的行動方案，他運籌了多日，注意採納各方的意見，尤其是鄭鴻逵，鄭成功，鄭芝莞，姚啓聖，施朗這些歷史名將和鄭家軍的降將的意見和建議，最終形成了這一套作戰方案。
御前會議散去之後，各路主將回去後立即按照朱由崧的旨意，調兵遣將，部署作戰兵力，準備打一場大海戰，不但要打垮鄭家軍，還要趕跑荷蘭殖民侵略者，一舉收復寶島臺灣。
赤嵌城的防務總長巴騰斯被鄭成功弄得沒有脾氣，囂張，狂妄，強硬，沒想到鄭成功他還強硬，被轟出明軍大營之後，叫囂了一陣，登軍艦回到臺灣的赤嵌城，見到韋麻郎訴說委屈。
這些殖民侵略者從來沒受過這種待遇，在世界各地的弱國面前強橫慣了，他們恃強凌弱，囂張不可一世，在他們面前根本沒有道理可言，在他們看來，他們說的和做的是道理，可以說爲所欲爲，外交向來都是強者的外交，弱國無外交。
但是這次沒想到，大明帝王朱由崧竟然完全無視他們大荷蘭王國的感受，只是讓一個年輕的海軍將領接見了他的大使，一個20多歲的毛頭小子把他們的使者及抗議撐了個蛋朝。
韋麻郎聽完巴騰斯的彙報，氣的臉也變色了，叫囂着一定要給大明帝國一次教訓。
韋麻郎立即命令海軍司令范佩西開始動武。
但是兩國之間的動武跟兩個人打架還不太一樣，不是張口罵，擡手打，還需要有藉口，還需要宣戰等一系列作戰前奏。
雙方談判失敗可以成爲一個藉口，軍事還得有摩擦，於是範佩斯一聲令下，百艘荷蘭軍艦在艦長特魯伊的指揮下，開到距離泉州灣不足十海里的地方，炫耀武力。
明軍的洪山鎮炮臺，對進入海域的荷蘭艦船喊話驅離，並鳴炮示警。但是荷蘭軍艦根本不聽這一套，置若罔聞，仍然我行我素的往前開，而且前面的頭艦還開炮還擊，打得硝煙四起，水柱沖天。
早有人報於了大將軍施琅，施琅奉了朱由崧的旨意之後，和姚啓聖，劉國軒，賀金武等水師將領率一萬人馬剛剛進駐泉州灣，正準備出海對臺作戰。
施琅聞報勃然大怒，寬寬的臉膛一凝，雙眸殺機頓現:“這些紅毛賊真是死催的，不過來的也好，省得本大將軍漂洋過海了。來人，傳本將軍的命令，命洪山和崇武兩地的岸炮全面還擊，封鎖出海口，命賀金武部率艦隊出擊，務必對來犯之敵全部擊沉，不許放炮跑一人一艦！”