這段時間，已經爲人族做了數件大事並且將人組織裡的蒸蒸日上的神農又遇到了一個麻煩。
原來，神農突然發覺到大部分人族食用野獸而肉，長此以往，則會使肌體出現了病症，而即使只是小病，也因爲無人懂得治療法術，而深受病痛折磨，痛苦不堪，甚至最後病越來越重，最終一命嗚呼。
說起來，這種情況其實神農早就是知道的，但是卻一直沒有什麼辦法，但是突然一日，神農不知爲什麼，確實沒有絲毫道理的感覺到，解決這個問題的時機到了，也許，他可以找到辦法了。
隨機，神農就陷入了一陣沉思之中。
經過數月時間的思考之後，終於，神農想到了辦法，他決定，要將世間一些具有奇特效力而且並不太稀少的事物的種種性質研究出來，從而找出一種系統的可以讓凡人自己給自己醫治的辦法。
隨即，神農就決定離開人族中心，開始到深山老林，去尋找各種藥物，醫治百姓。
神農離開部落，開始了尋找藥草的旅程。
這一次卻是不同於上一次尋找五彩九穗谷，一路上卻是困難重重，亦是危險重重。
神農在這嘗百草的過程之中，數次瀕臨死亡，但是他並沒有被眼前的困難所嚇倒，依舊不改初衷，一路從北往南而行。
終於，三千年之後，神農完成了嘗百草之旅，回到了首陽山下，在稟明人族三祖之後。便開始一邊治理人族，一邊編寫《神農百草經》。創立醫學，萬年之後。《神農百草經》完成，醫學建立。
如此之後，神農向着整個人族傳授醫術，使得人族的死亡率大大的降低了下來。
就這樣，又是一段時間過去了，這一日，神農在位滿三萬年，終於功德圓滿。
就在這時，姜水流域一時之間紫氣東來三萬裡。瑞氣千條，紫氣瀰漫，昊天與女媧還有老子來到，老子說道：“人主神農氏接詔敕。”
神農連忙出屋，跪倒在地，只聽天空之中傳來渺渺仙音：
今奉天道敕命封爲神農爲人族地皇，秉持火德，爲炎帝，往居火雲洞修行。不染因果，萬劫不滅。爾其欽哉！”
頓時，天機轉動，命運長河徒起波瀾。一道功德金光降下，神農的修爲飛速的增加着，竟是一直達到了第三尸將斬之境這才停了下來。而且因爲神農功德深厚的原因，向來以後的修煉也要比鎮元紅雲等人要簡單上許多了。
功德金光化爲一輪金輪。投射無量光輝，此光無形無色。橫掃洪荒人族，人族不見其光芒，不見其色彩，卻從心中升起一股對地皇神農氏的無限崇敬，對炎帝大德的由衷感激，一時之間，不由悲從心中來，哭哭啼啼哀號炎帝離去，世間又失去一位賢者聖人。
就在這時，突然，昊天的聲音緩緩響起，人族天地二皇以立，人皇不久已將現世，此爲吾爲人族所煉聖器，得其認主者，可謂人皇。
說到這裡，一道金光從天邊飛來，直接插在了神臺之上，正是一把金光閃閃上修山河日月人族百態的神劍。
……
時間匆匆而過，轉眼間，就是十幾萬年，而終於在此時，人族又誕生了足以繼任人族共主之位，有資格在那聲劍臺上接受神劍檢驗的人物，但是很意外的是，這樣的人物，竟是一次出現了兩個。
這兩人一人名軒轅，一人則明蚩尤，連個皆有大才，都將各自的部落發展的蒸蒸日上，其中，軒轅所在的部落的的生活水平要更好，而蚩尤所在部落的戰鬥力則要更勝一籌。
原本這也沒有什麼大不了的，只要讓軒轅劍考驗一番，之後則誰爲主誰就成爲人族共主也就是了，可是卻沒想到，兩人都通過了軒轅劍的考驗，因此一時間，軒轅劍卻是並沒有做出選擇。
一時間，事情陷入了僵局。
之後，九黎部落的蚩尤首先想到了要擊敗軒轅，以此來證明自己，從而得到聖劍的認主，成爲人族共主，當即發動了九黎部落對軒轅所在的有熊部落的戰爭，而有熊部落在軒轅的帶領下也以最快的速度展開了反擊。
一場大戰，在人族之中展開，慢慢的，越來越多的部落被兩個部落的戰爭捲入了其中，戰爭的態勢也變得愈發嚴重了起來。
最終，原本因爲昊天的授意而沒有立即就出手阻止的人族三祖終於得到了昊天的授意，立即出面制止了這場規模越來越大的戰爭，避免了人族真的因爲這場內戰而大損元氣。
之後，爲了讓軒轅與蚩尤決出勝負，於萬年前已經一同斬去一屍邁入斬屍境的人族三祖兩手在逐鹿佈置了一個巨大的戰場，令軒轅與蚩尤各帶萬餘兵馬進入其中，展開大戰，獲勝者，將繼承人族共主，而敗者，則需盡心竭力的輔佐共主。
之後這場名爲逐鹿之戰的戰爭開始了，雙方經過數次大戰，兵馬到最後都只剩下了四五千人，而要知道，這些人，卻都是兩大部落的精銳，之後，爲了保住剩下的精銳不再損失，軒轅與蚩尤兩人開始進行單人決戰。
不得不說，前世身爲巫族的蚩尤在戰鬥上天賦極高，即使此時已經達到天仙頂峰論境界比蚩尤還要高出一籌的軒轅剛開始的時候立即就處於了下風，但是軒轅的堅韌卻出乎了蚩尤的意料。
話說持有又怎知道，軒轅實際上乃是昊天的記名弟子，所傳功法自是不凡，後勁十足，而也真是靠着這股遠勝常人百倍的堅韌與後勁，在蚩尤的戰力開始衰竭之後終於翻盤，成爲了最終的勝利者。
之後蚩尤因爲戰爭給人族所帶來的損失自刎謝罪，而軒轅，則登上了人族共主的寶座。（實際上蚩尤被昊天給轉移走了，並給其恢復了前世的記憶，並用其殘留的血脈爲其重鑄巫身，繼續做他的巫族大巫去了，不過因爲死過一次的原因，因此蚩尤極爲的虛弱，想要恢復到前世的實力，估計沒有億萬年的修養與修煉是不可能的了。）
之後，軒轅沒有因爲戰爭的原因而排斥九黎部落，而是完全接納了九黎，之後軒轅勵精圖治，在無數能人將相的幫助下，人族再一次的進入了高速發展的階段，越來越強盛了起來，最終使得人族的繁盛到了另一個更高的境界。
而其間軒轅還做了一件大事，就是發明了尺度，其中自然也有昊天的影子，畢竟這種功德無量的事情，有條件，自然要去分一杯羹了？卻是將其煉製的一件後天靈寶玄元尺交予軒轅助其完成了此事。
就這樣，又是一段時間過去了，這一日，神軒轅在位滿三萬年，這一天，也終於功德圓滿。
在軒轅功成之日，天降祥瑞，地涌金蓮，異香襲地，氤氳香馥，紫煙嫋嫋，昊天與女媧當然還有每次都來但實際上沒在三皇之事上有任何收穫的老子出現在了軒轅的身邊。
只見一道功德金光降落，軒轅還未反應過來，直射入眉心，就見一圈圈光環出現，在昊天身上上下浮動，腦後一德金輪冉冉升起，照耀洪荒，人族伏地，拜謝大恩大德。
隨即，在這一番異象之後，軒轅證得人皇果位，踏上了那自火雲宮自行前來的車輦，在無邊的祥雲霞光之中，留戀的看了一眼下方跪了一定的人族，向火雲洞趕去了。
自此，人族人皇現，三皇盡皆出世。