黃帝得了九天玄女的傳授後大喜，不過由於其已有正妻，但又不能讓九天玄女做小，因此也是有些爲難了起來。
還好九天玄女並未顧及名分，只要黃帝答應娶她爲妻就好。九天玄女其實也是十分難受的，本來她在天庭做一女仙自由自在慣了的，不過由於其姿色過人，因此也是被這個新任的天帝給看上了。但她並未看上這個昊天帝，不過卻不知怎麼的就傳入了王母的耳中，因此這次派女仙下界與黃帝聯姻這個事情便落到了九天玄女的身上。這也是瑤池爲了斷絕昊天的非分想法而做出的，昊天自知理虧，也只得默認了。
在涿鹿的田野上，黃帝率領人族與蚩尤之九黎族人展開一場大決戰，這就是著名的“涿鹿大戰”。蚩尤佈下百里大霧，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向。黃帝利用天上北斗星永遠指向北方的現象，造了一輛“指南車”，指引兵士衝出迷霧。
蚩尤見黃帝衝破了大霧的阻礙，便請風伯、雨師縱風下雨，以期困住黃帝的人。而黃帝便請女魃出手，止住了雨勢，並請應龍蓄水，以阻擋蚩尤的進攻。
經過許多次激烈的戰鬥，黃帝先後殺死了蚩尤的八十一個兄弟，並最終活捉了蚩尤。而蚩尤所請的風伯、雨師，見情況不妙，便逃之夭夭了，以免被波及。而刑天卻也獨木難支，只得率領手下退回了九黎部落，準備休養生息，與黃帝再戰。
黃帝雖說將蚩尤給生擒了，但普通刀劍均傷不了蚩尤的性命，就連人教教主老子所賜下軒轅劍也不成，這也令黃帝大急，不知應如何應對。還好此時居於三十三天外的伏羲卻是派來了他的坐騎龍馬，龍馬得了伏羲的命令，返回到東海龍宮之中又請來了四位兄弟，將蚩尤四肢與頭顱捆住，來了一個五馬分屍，這樣蚩尤算是被徹底的殺死了。不過黃帝仍然不放心，便命五隻龍馬將蚩尤分葬於五處，以免蚩尤會法術將其四肢與頭顱相聚。
蚩尤戴過的枷鎖被扔在荒山上，化成了一片楓林，每一片血紅的楓葉，都是蚩尤的斑斑血跡。
蚩尤死後，他勇猛的形象仍然讓人畏懼，黃帝把他的形象畫在軍旗上，用來鼓勵自己的軍隊勇敢作戰，也用來恐嚇敢於和他作對的部落。後來，黃帝受到了許多部落的支持，漸漸成爲所有部落的首領。
刑天聽說蚩尤被黃帝五馬分屍後，也是痛心疾首。爲此他便輕裝出發，準備暗中將黃帝給害了，這樣也算是爲蚩尤報仇了。
奈何黃帝身邊有九天玄女、應龍、女魃爲助，刑天被三人圍困，一時間也是難以逃出，後黃帝也手執軒轅劍加入了戰團。刑天左手握着長方形的盾牌，右手拿着一柄干鏚斧，以一戰四，刑天也逐漸落入了下風。此戰直打了十天十夜，黃帝趁着刑天一個沒留神，便利用手中的軒轅劍，將刑天的頭顱砍下。
刑天一摸頸脖上沒有了頭顱，頓時驚慌起來，忙把干鏚斧移到握盾的左手，伸出右手在地上**亂抓。他要尋找到他那顆不屈的頭顱，安在頸脖上再和黃帝四人大戰一番。
黃帝自然不會讓刑天如意了，好不容易將刑天給打敗了，刑倘若天真的摸到頭顱，恢復原身又來和他來作對將大大的不妙。因此黃帝連忙舉起手中的寶劍向旁邊的常羊山用力一劈，隨着“轟隆隆”的巨響傳來，常羊山被劈爲兩半，刑天那巨大的頭顱骨碌碌地落入山中，兩山又合而爲一，把刑天的頭顱深深地埋葬起來。
刑天聽到聲響後，知道自己的頭顱恐怕是被黃帝給藏起來了。因此刑天大怒之下，將上衣震碎了，以爲眼，肚臍爲嘴，一手舞干鏚，一手舞盾牌，尖叫着要與黃帝決一勝負。
黃帝見刑天如此威猛，便也生了退卻之心。因此便與九天玄女、應龍、女魅急速退走，不再與刑天過多的糾纏。
而此時趙無涯見黃帝等人退走了，便也偷偷的前來，他敬重刑天是一位頂天立地的漢子，便大袖一揮將刑天收入了袖中。畢竟刑天也是巫族的一名大巫，雖說他不應參與到人族的戰亂之中，但這次他也得到了應有的懲罰。不過刑天還是有過人之處的，只要稍加調教對於巫族來說也是一大助力。以後佛教入侵六道輪迴的話，也可以刑天來打頭陣，以此來打壓一下佛教的氣焰。
黃帝隨後也是在部落中設下酒宴，一爲慶祝將刑天打敗，二爲祝賀與九天玄女結成夫妻。之前他與九天玄女雖然名義上爲夫妻，但並未舉行過婚禮，也未曾入過洞房，這次也是要好好的辦一下。實際上九天玄女剛開始也是有些排斥黃帝的，她總以爲區區一界人族的帝王，根本就配不上她。但經過許久的相處，九天玄女也是逐漸瞭解黃帝，知道他是一位大賢者，牴觸的情緒也是逐漸退卻，不知不覺間也已經不可救藥的愛上了黃帝。
因此黃帝提議要舉行婚禮，九天玄女也是羞澀地答應了。這也讓黃帝高興壞了，本來他也沒有多少奢望，只要名義上有這個妻子就好了。人家可是天界的仙女，自己雖說名義上是帝王，但由於人教教主並未正式冊封，他也覺得自己是高攀了。
婚禮舉行之時，黃帝的老師廣成子也是特意到場了。黃帝與天界拉上了關係，廣成子也是想來敲打一下他的，免得人族也與天界走得過近，這可就得不償失了。
廣成子的到來也令黃帝高興壞了，對於廣成子的暗示黃帝也是沒有在意，在他看來天庭高高在上，似乎並不會與人族產生什麼交集的。更情況黃帝與九天玄女結成夫妻也是天帝的安排，自己也不好薄了妻子的面子。
當九天玄女將她在天庭的遭遇與黃帝說明後，黃帝對於天界的好感頓時沒有了。沒想到這個天帝也太好色了，而王母也有些小肚雞腸了。不過黃帝對於王母的安排倒是非常的滿意，否則自己也不能娶到這麼如花似玉的妻子來。
黃帝在位期間，人族部落也是高度發達。大體上共有如下功績：
隸首作數，定度量衡之制；天文，陰陽五行，十二生肖，甲子紀年；命風后衍握奇圖，始制陣法；伶倫取谷之竹以作簫管，定五音十二律，合於今日；正妃嫘祖始養蠶以絲製衣服；與岐伯討論病理，作《黃帝內經》；命大臣倉頡始制文字，具六書之法；採首山（河南襄城縣南五里）之銅以造貨幣；造舟車、弓矢、房屋等發明。
黃帝感覺自己的功德已滿，也開始準備選擇起自己的繼承人了。他可不想如神農氏般將人族這麼大好的局面敗壞了，首先便在後輩之中考察起了人選（肥水不流外人田），希望在他飛昇火雲洞後能夠承繼帝王之位。