這時趙秉鈞道：“撫臺大人，軍官們聯名上書一事怎麼處理？”
袁世凱的臉色一沉，道：“孫仲奎、萬坤等人明天立刻執行槍決，首級號令三日，以儆效尤，凡在上書中屬名人員，所有軍職全部免除，立刻全部抓捕收監，聽候發落。再有給他們求情的人，全部同罪。”
趙秉鈞聽了，頓時精神大振，道：“卑職尊令。”
袁世凱又道：“芝泉。”
段祺瑞起身應忙道：“在。”
袁世凱道：“你馬上招集你部的軍隊，一面嚴守刑場，一面留心各部隊的動態，凡有輕舉妄動者,一率抓捕，凡有敢於反抗者，可以當場格殺。”
段祺瑞的精神一振，趕忙應聲道：“是。”
袁世凱默許孫仲奎、萬坤領軍私下裡加入地主聯盟的軍隊，一方面是試探一下海外華人的決心，看看他們是否真敢冒着和清廷徹底撕破臉的危險動手，結局當然是令袁世凱十分沮喪的，海外華人出手既大膽又巧妙，不僅連奪了三個縣城，居然還想一招桃代李僵之計，給朝廷還留下了顏面，不致於徹底鬧翻。但也表示海外華人對山東志在必得的決心。雖然海外華人找李鴻章出面來壓制袁世凱，但那只是希望通過不對抗的手段迫使袁世凱屈服，而並不是怕和袁世凱開戰，袁世凱並不懷疑，如果李鴻章起不了作用，海外華人一定會毫不猶豫的發動奪取山東的戰爭。
而在另一方面，袁世凱還有一個想法，就是借這個機會打壓一下北洋新軍中的山東勢力。現在山東人已經在北洋新軍內部形成了一股不容小視的勢力，儘管基本都是中下層軍官，但現在也都想更進一步，爬上北洋新軍的高層。這一次數十名軍官聯名上書袁世凱，要求赫免孫仲奎、萬坤等人，這不僅僅是爲了盡同鄉之誼，也是向北洋新軍的老舊勢力發出的挑戰。如果袁世凱屈從於這些山東籍軍官的壓力，赦免了孫仲奎、萬坤等人，那麼他們下一步肯定就是在北洋新軍中謀求更高的職位。
袁世凱對這一點看得十分清楚，知道這種風氣是絕對不能助長的，必須要堅決的打壓，否則北洋新軍就會失控，如果說是以前，袁世凱或許還要顧忌一下山東士紳的感受，因爲北洋新軍的山東籍中下級軍官，基本都是來自士紳家庭，而袁世凱又打算是把山東當自己的後院來經營，自然也不能把山東士紳得罪得太狠了，因此在處理山東籍中下級軍官時，也會有所顧忌。但現在袁世凱己經決定放棄山東，自然也就不會再在乎山東士紳的感受，而且正好可以借這個機會，狠狠的打擊北洋新軍裡的山東勢力，將一部份人清除出北洋新軍去，確保袁世凱對北洋新軍的絕對統治。
於是袁世凱也就不客氣了，一方面仍然對孫仲奎、萬坤等人依然處以極刑，另一方面對聯名對給孫仲奎、萬坤等人求情的中下級軍官進行嚴厲的打擊，同時也防止有人藉機發動兵變。段祺瑞部統領的軍隊都是袁世凱在小站練兵時的軍隊，不僅訓練時間長，戰鬥力強，而且忠誠可靠，因此由他負責警戒，袁世凱也能夠完全放心。
就在當天晚上，趙秉鈞分派人手，將聯名上書求情的中下級軍官全部抓捕收監，而段祺瑞也率領本部軍隊，控制軍營要地，而就在第二天，袁世凱通告全軍，述明孫仲奎、萬坤等人違抗的軍紀，當衆執行槍決，參與聯名上書求請41名中下級軍官，全部抓捕入監，等候處理，同時告戒全軍，凡事再有敢違抗軍紀的人，全部都將嚴懲不待。
這一下北洋新軍全軍震動，由其是山東籍的士兵、軍官，感受到了強大的衝擊，不過由於參與聯名上書求請41名中下級軍官全部被抓，而且段祺瑞又派兵守住軍營的各處要地，因此雖然其餘的山東籍中下級軍官心裡不忿，但也無法有任何做爲。
隨後袁世凱又分別向青島和上海發電，向穿越者是表示歉意，而向李鴻章則是爲自己開脫解釋，並請李鴻章幫自己周旋。
而就在三天以後，袁世凱又一次下令通告全軍，參與聯名上書求請41名中下級軍官，只留用4人，並且都處以降職，而除名37人，其中的23人被判以3-5年時間的監禁。這一來整個濟南府都是一陣譁然，因爲判以監禁的這23人全部都是來自山東地區的大豪族，大士紳之家，也就是說這一下子袁世凱把山東的主要士紳都給得罪了。
山東的士紳們自然都不甘心，於是聯名向袁世凱提出抗議，要求袁世凱立刻放人，並且恢復他們的軍職。但袁世凱卻表現得十分強硬，堅決不讓步。
這一下自然是進一步的激怒了山東的士紳們，如果是在平時，自然是派人進京去告袁世凱的御狀，畢竟山東離北京很近，不少士紳都和北京的權貴有密切的來往，不過這時朝廷遠在西安，暫時無處申訴，於是山東的士紳們聯合起來拒絕向北洋新軍提供額外的支援，甚致是拒絕交納稅賦，另外又有一批山東籍中下級軍官從北洋新軍中申請辭去軍職。因爲現在北洋新軍的軍餉有一大半是靠山東的士紳們提供的錢財來維持，這也是袁世凱吸納了大量士紳子弟進入北洋新軍的主要原因。現在袁世凱即然將這麼多的山東子弟從北洋新軍中除名，那麼山東的士紳們也就沒有理由繼續支助北洋新軍。
而按照山東的士紳們的估計，一但失去了山東士紳們的財力支援，北洋新軍只能支撐3-6個月的時間，到時候看袁世凱什麼辦。雖然袁世凱可以釆用強硬手段，強行向山東的士紳們徵收費用，但儘管現在清廷還沒有恢復正常，但畢竟戰事己經結束，而朝廷和海外華人也正在協商，因此朝廷返回京城，重新安定下來也是指日可待的。介時山東的士紳們肯定會發動北京的關係，告袁世凱的御狀。其實現在就有士紳叫嚷，要到西安去狀告袁世凱。
袁世凱對山東士紳們的舉行、心態自然是十分清楚，他當然沒有派人向山東的士紳們強行徵收費用，而對辭職的山東籍中下級軍官也都一率放行。其實袁世凱相當注重北洋新軍的財務情況，現在積累下來的財物至少可以維持半年以上，如果再加上袁世凱的家產，則可以維持9個月左右，因此在短時間內，北洋新軍不會出現財務緊，而且袁世凱也自信，在這9個月的時間裡，自己還可以弄到一些錢來，這樣保證目前北洋新軍運營1年左右的時間是沒有問題的。
而山東籍中下級軍官從北洋新軍中辭職，反到正好合了袁世凱的意，因爲還不用自己動手，就可以清除北洋新軍內的山東勢力，雖然在短時間內，失去大批中下層軍官，確實會給北洋新軍造成一定的影響，但也爲底層的士兵提供了大量的晉升機會。另外袁世凱可是還有其他的手段來對付山東的士紳們。
大約過去了十餘天以後，袁世凱又收到了李鴻章的電報，原來是李鴻章請袁世凱到上海和自己匯合，然後一起去青島和海外華人會談，一方面是進一步化解袁世凱與海外華人之間的矛盾，另一方面也是和海外華人進一步協商清廷回京的各行事宜，其中也包括山東地區行政大權的交接問題。
袁世凱等的就是這個機會，於是立刻命人故意將這個消息泄露出來。這一次山東的士紳們頓時就慌了神，本來在濟南早就有傳言，說朝廷打算將山東劃給海外華人的封地，還有說讓海外華人在山東建藩，只是這些流言都沒有根據，有些的內容更是荒誕不經，因此山東的士紳們到是相信的不多。
但這一次就不同了，因爲消息是從電報局泄露出來，真實性大大提高，而從內容上看，袁世凱要隨李鴻章一起去青島，和海外華人協商山東地區行政大權的交接事宜，這可是有鼻子有眼的事，看來是假不了的。而海外華人可不是袁世凱可比，他們在膠州灣一帶地區大搞土地改革，沒收地主土地的事情，山東的士紳們可都是知道，這可是觸犯了士紳們的根本利益，相比之下，袁世凱這點事情根本算不得什麼？
而要阻止海外華人，還只能靠這位山東巡撫，於是山東的士紳們只能又來墾求袁世凱，希望能夠拒絕讓海外華人管理山東。但袁世凱這時卻擺起譜來，對山東的士紳們拒而不見，還宣稱自己正在準備去青島的行程，沒空理這些山東的士紳們，反正自己也不準備在山東呆下去了。
這一下子山東的士紳們可就都慌了手腳，同時也後悔不迭，不該爲子弟們的事情得罪袁世凱，現在袁世凱可以甩手不管山東，但山東的士紳們可是跑不了的。於是山東的士紳們聯合拼奏了大約15萬兩白銀，以酬軍爲名，送給袁世凱，並且再次求見袁世凱。
袁世凱的心裡暗爽不己，這幫鄉巴佬，還想和自己鬥，也不看看你們都是什麼人，這不就服服帖帖的送錢上門來了嗎？於是袁世凱這才接見山東的士紳們，對士紳們提出的要求，袁世凱也不置可否，只說自己會向李中堂轉達，並且盡力周旋。而山東的士紳們則承諾繼續爲北洋新軍提供錢糧支援。