在組建特戰隊的同時，周憲章命吳彭年、丘蓬甲組成了一個特別行動小組，秘密潛入大林甫，偵查日軍部署。吳彭年、丘蓬甲都是臺灣本地人，非常熟悉大林甫一帶的地形和民風，大林甫的百姓又極度仇視日本人，特別行動小組在當地抵抗者的幫助下，很快就摸清了近衛師團的部署。
近衛師團的師團部設在紫連庵，這裡是一個小山包，三面平原，背靠丘陵，周邊地形並不複雜，但森林密佈，如同迷宮一般，就是在白天，蔽日的森林中也如同黑夜一般，人畜走入其中，很容易迷路。
近衛師團的直屬部隊部署在紫連庵周邊一公里範圍內，可謂是戒備森嚴，不過，駐守在紫連庵的，只有一箇中隊的日軍。
吳彭年的小分隊，在當地老鄉的幫助下，在森林中找到了一條隱蔽的小路。特戰隊行動開始之前，吳彭年率一個小分隊，秘密達到路口，隱蔽起來，準備迎接特戰隊。
9月20日晚12時，周憲章率特戰隊，趁着夜色來到了路口，在吳彭年的接應下，沿小路潛入森林，避開了日軍的崗哨，神不知鬼不覺地摸到了紫連庵。特戰隊的尖刀班割斷了哨兵的喉嚨，一槍未發就衝進了紫連庵。
特戰隊隊員個個身手了得，槍法好，戰術水平高，而且，周憲章吸取了七星隊的戰法，五人編爲一組，前後左右照應，形成了四十個戰鬥小組，這些戰鬥小組形成合力，每個組的戰鬥力相當於日軍的一個排，一旦動起手來，乾淨利落，進退神速，
酣睡中的日軍警衛部隊，完全沒有想到，一支神兵從天而降，很多人在睡夢中就升了天。前後不到十分鐘，駐守在紫連庵的一箇中隊的日軍就被消滅殆盡。
特戰隊隨即包圍了紫連庵大殿，擊斃了北白宮川能九親王，放了一把火，把大殿裡負隅頑抗的日軍燒成了一把灰。
斬首目標完成，特戰隊迅速沿着森林的原路撤離。吳彭年的小分隊早已在外策應，不到十分鐘，特戰隊就撤出了戰鬥，急速離開大林甫，向阿里山地區轉進。
原以爲，進攻近衛師團的指揮部，必是一場惡戰，特戰隊員都做好了戰死的心理準備。連周憲章自己都沒有想到，打得竟然如此順利。前後不到二十分鐘，擊斃日軍三百多人，而特戰隊僅僅陣亡三人，傷十二人。
但是，大林甫的百姓，卻爲此付出了遭到了滅頂之災。
北白宮川能九親王被擊斃，日軍沒有抓到一個章軍士兵，連一具屍體都沒得到，章軍特戰隊帶走了陣亡的同伴。日軍把怒火發泄到了大林甫手無寸鐵的百姓身上，他們血洗了大林甫，兩千多手無寸鐵的當地居民，不分男女老幼，被日軍趕到了紫連庵的廢墟上，全部槍斃！大林甫所有民居被付之一炬。
這個號稱嘉義首富的小鎮，成了一片閃爍着磷火的瓦礫。
……
9月25日，廣島，日軍戰時大本營。
戰時大本營原本是爲清日甲午戰爭設置的臨時機構，用以統籌對大清國戰爭的指揮、動員和物資調運。甲午戰爭結束後，作爲對外戰爭的最高軍事指揮機構，大本營本應該撤銷，天皇應該返回京都皇宮。而在臺灣發生的乙未戰爭，是一場鎮壓叛亂者的內戰，從法理上講，不應該由戰時大本營來指揮。
但是，隨着臺灣戰事的發展，大本營不僅沒有撤銷，反而更加繁忙。原因是，章軍介入了乙未戰爭。
那是一支無法確定國籍的軍隊。日本人曾經把章軍界定爲大清國派出的入侵者，如果是按照這個界定，那麼，乙未戰爭就應該是甲午戰爭的延續。日本與大清國就應該是戰爭的敵對國。但是大清國根本不承認有這樣一支軍隊存在，所以，日本明明知道章軍得到了大清國的支持，但卻無法向大清國宣戰。
可日本又不能把章軍視爲臺灣本地的叛亂分子，很明顯，章軍是一支客軍，他們跨海而來，不是由臺灣本地人組成的，全部來自中國大陸，所以，他們應該是入侵者。
從法理上講，臺灣已經是日本的國土，章軍是客軍，日軍是守土抗敵的主軍；但是，從實際的戰鬥形勢上看，章軍卻是主軍，日軍纔是客軍！
令日軍感到萬分尷尬的是，號稱守土抗敵的日軍，對臺灣的熟悉程度，竟然還比不上渡海而來的章軍！
臺灣人拒絕與日軍合作，而遠道而來的章軍，卻得到臺灣民衆的廣泛支持！他們反客爲主了！
日軍面對的是一支從未遇見過的強敵！鑑於臺灣戰事嚴峻，廣島的戰時大本營難以撤銷，天皇繼續留在大本營內。如今，日本面臨的形勢，甚至比當初甲午戰爭爆發的時候，更加嚴峻！
而這一嚴峻形勢，隨着一個驚天動地的消息傳來，變得愈發險惡！
北白川宮能久親王爲國盡忠！他被章軍擊斃在了自己的指揮部裡。
日本政府向國民隱瞞了這一消息，他們宣稱，北白川宮能久親王身患瘧疾，不治而亡。
但是，在大本營內部，這一消息已經悄悄傳開，一連數天，大本營籠罩在一片令人窒息的氣氛中——天皇陛下一連五天沒有露面了！他拒絕會見羣臣。就連內閣首相伊藤博文也吃了閉門羹。
北白川宮能久親王的死，讓天皇蒙羞！讓政府丟臉，讓整個日本，在十九世紀末弱肉強食的世界格局中，成爲了一場笑柄！
剛剛在戰爭中獲得了強國地位的日本，她的國際地位會因此而一落千丈！
內閣高官們發現，西洋列強駐日本公使的態度，發生了微妙的變化，他們的眼神中出現了一種蔑視，這種蔑視似曾相識，那是五十年前，當日本剛剛被美國的艦船大炮轟開國門的時候，那些傲慢的西洋人的眼神！
天皇拒絕露面，大臣們六神無主。
今天早上，內侍突然宣佈，天皇陛下要在會議室裡召見羣臣，商定國策。內閣大臣、海軍部、陸軍部、參謀本部一大早就守候在會議室裡，等待天皇的到來。
會議將在9點召開，然而，時間走到了9點30分，明治天皇任然沒有出現。
會議室裡，是一片令人窒息的沉寂，所有的高官們危然正坐，一言不發，神經緊繃，誰也不敢打破這讓人無法喘息的沉寂。
時間走到了十點，門口終於響起了腳步聲，大臣們全體起立，目光定在門口。
明治天皇身着大元帥服，緩步走進了會議室，來到他的座位上，掃視了一眼羣臣，緩緩坐下。
沒有得到天皇的恩准，所有的人只能挺直了身體，僵硬地站立着。
三分鐘過去了，明治天皇才緩緩說道：“就算是爲北白川宮能久親王默哀吧！”
衆人的臉上，都是一陣沮喪，站在原地，一動不動。
明治天皇的目光，從伊藤博文的臉上，向一個個大臣們掃視過去。所過之處，大臣們紛紛低下了頭。
就在一年前，當天皇入駐大本營的時候，他也曾這樣掃視過這裡的每一個人，而每一個人都高高地昂着頭，他們異口同聲地向天皇保證，日清一戰，勢在必行！那將是大日本帝國崛起的一戰！不出三個月，日本必將完勝大清國，那個時候，日本將成爲亞洲的霸主，以世界強國的姿態，屹立於在世界的東方！
而現在，戰爭從朝鮮打到了遼東，從遼東打到了山東，又從山東打到了臺灣，戰爭打了一年多，卻沒有絲毫結束的跡象，而日本唯一的成果臺灣，也是搖搖欲墜！
國民沒有從這場戰爭中獲得任何好處，相反，隨着戰爭的曠日持久，國民的生活水平一落千丈！剛剛興起的全民教育體系，因爲資金缺乏，而面臨崩潰的危險，工業體系全部轉入了戰時軌道，生產效率激增，但是，卻不能爲百姓生產出必須的日用品，幾乎所有的工廠都在加班加點製造武器！作爲海洋國家，百姓們卻吃不到海產品，因爲，幾乎所有的船隻，都被政府徵用，用於戰爭！
國民已經疲憊到了極點！戰爭初期，全民踊躍捐款支持戰爭的景象消失了，取而代之的，是充斥在大街小巷裡的抱怨和流言，以及遍佈貧民窟的奄奄待斃的貧民百姓！日本政府曾經向他們保證，這場戰爭能夠使他們脫離貧困，大清國的富庶資源能夠讓每一個日本公民過上富足的日子！在這個美好藍圖的引誘下，百姓們毫無保留地把自己最後的積蓄交給了日本軍隊，他們已經是一貧如洗了，然而，一年的戰爭，不僅沒有讓他們獲得財富，就連他們最後的口糧，也要被這場戰爭吞噬掉！
日本剛剛興起的現代化工業基礎，更加承受不起這場戰爭的重負，資源貧瘠的日本沒有從中國大陸獲取任何戰爭資源，相反，國內的資源卻在逐漸枯萎。
明治天皇覺得自己被拖進一個黑色的漩渦中，難以自拔！而整個日本，似乎也在跟着他下沉！
三十年明治維新的成果，眼見就要被這場戰爭吞噬！