《內景經》還對《存思法》進行詳細闡述。早期道教《太平經》中就有存思五臟神萬病都可消除的說法，《內景經》繼承這一思想並加以進一步發揮。認爲“存思百念視節度”，即要求存思身中百神，呼吸上下如一而除雜念。並認爲“可用存思登虛空”，這是把存思之法當作學仙之道。可以說，存思是道教上清派典型的修煉方法，也是《內景經》的核心內容。所謂存思之法，《內景經》中包含兩個方面內容，一是指存思身內諸神，另外指存思身外之物。
道教認爲人體多神，而以五臟神爲主，故重視存思五臟神的色、形、氣、服飾、姓名等。《內景經》對於存思心、肝、脾、肺、腎等五臟神，都分別加以論述，其中對存思心神的論述最多。如經中述道：“心典一體五藏（髒）王，動靜念之道德行，清潔善氣自明光，坐起吾俱共棟樑，晝日曜景暮閉藏，通利華精調陰陽。”這是認爲心有神靈，且是五臟之王，倘若經常存思心神，那麼陰陽和順，臟腑調勻，均無疾病。存思肝神：“肝氣鬱勃清且長，羅列六府生三光，……五色雲氣紛青蔥，閉目內眄自相望。”
肝屬東方木位，主青，故肝氣旺盛清而且長時，如東方之木主春，肝爲生氣之本，閉目冥想生氣遍照體內五臟之腑，與臟腑相應，上爲五色雲，如日月星辰光亮明徹，久久即可自己內視臟腑。“內視”是存思法中一種重要思想，就是指修煉者閉目存思，潛神入定後，內觀形體，神氣充溢而使體內朗然洞徹的景象。關於存思脾神：“脾長一尺掩太倉，中部老君治明堂，……黃衣紫帶龍虎章，長精益命賴君王，三呼我名神自通。”脾居中宮，存思脾神，即可增長精氣，延長壽命，心虛洞鑑，神靈自通。關於存思肺神：“肺部之宮似華蓋，下有童子坐玉闕。……素錦衣裳黃雲帶，喘息呼吸體不快，急存白雲和六氣，神仙久視無災害，同之不己形不滯。”肺爲金宮，在五臟之上，狀似華蓋。
童子、白雲都是指肺神。當喘息不定呼吸不暢、身體不快時，就趕緊存思肺神，便能調和六氣而無災害，常用此道，可保形體不枯衰。關於存思腎神：“腎部之宮玄闕園，中有童子冥上玄，……蒼錦雲衣舞龍幡，……百病千災急當存，兩部水王對門生，使人長生■九天。”腎爲水宮。玄闕園，喻指腎之外形。童子、水王都是指腎神。當人正生病時，就應立即存思腎神，這樣便能逢凶化吉，免除疾病而能昇天成仙。
“三丹田” 《內景經》提出“三丹田”之說。關於三丹田之名，在此經之前的早期道教籍中尚未出現。《太平經》、《大洞真經》提到泥丸、心、臍等與之相關的名稱，只有到了《內景經》才明確提出“三丹田”的概念。丹田有上、中、下之分，故合作“三田”。每一丹田中各居着一位神，故有“三神”。又因丹田之室，方圓一寸，故稱寸田，下面分別簡介三丹田。
一是關於吐納行氣的方法。《外景經》在《內景經》的基礎上，繼續強調這方面的內容，如“象龜引氣至靈根”，“呼吸廬間入丹田”，講的是人應當效法長壽之龜，引氣到丹田，以保持體內元氣。又如：“人盡食谷與五味，獨食太和陰陽氣”，“呼吸廬間以自償，子保完堅身受慶”，講的是常人都吃五穀，品五味，而修煉黃庭經者的形狀只食太和陰陽氣，以充實體內元氣，經常這樣做，就會使元氣充足，神氣合一身體健康無損。
二是關於咽津和寶精、固精的問題。道教常稱津液爲玉液、玉漿、醴泉、靈液等，認爲此液由煉氣而產生，是五臟之精華，甜美清香。若人們勤加修煉，漱津咽液，那麼就以去病防病，強健身體。《外景經》很重視津液的作用，如“玉池清水灌靈根，審能修之可長存”，“玉池清水上生肥，靈根堅固老不衰”，“津液醴泉通六腑，隨鼻上下開兩耳，窺視天地存童子，調和精華治發齒，顏色光澤不復白”，可見經常叩齒咽津，可使齒堅發亮，童顏常駐，其妙無窮。歷來道經甚重視寶精、固精的問題，《太平經》主張“人慾壽，當愛氣尊神重精”，《內景經》也強調說：“急守精室勿妄泄，閉而寶之可長活。”《外景經》也強調固精、寶精的意義，如“長生要慎房中急，棄捐淫俗專子精……閉子精門可長活”，“急固子精以自持，……精神還歸老復壯”。
三是恬淡無欲的思想。《外景經》反覆強調這種思想，並在數處加以闡述：“物有自然道不煩，重拱無爲身體安，虛無之居在幃間，寂寞廓然口不言”，“扶養性命守虛無，恬淡自樂何思虛”，“近存子身還自守，清靜無爲神留止”，“恬淡無欲養華莖，服食玄氣可遂生”等等，這些都強調修煉者要恬淡無欲，清靜無爲、虛靜自守。這些思想是對以老莊爲代表的道家哲學思想加以繼承，並有所發展，運用於存思修煉中。