在蕭震雷解決北洋第五鎮靳雲鵬殘部的這幾天時間裡，孫文已經於1912年1月1日這一天在南京就任南京臨時政府大總統一職，孫文提議由正在前線的蕭震雷當任副總統並請17省代表舉行選舉通過，蕭震雷得到電報之後回電婉言謝絕，說自己參加革命的資歷尚淺，能力又不足，實在難以堪當大任，建議由鄂軍都督府都督黎元洪當任副總統，武昌是首義之地，應當考慮到首義功臣們的情緒，予以尊重。
17省代表們看了蕭震雷發來的電報之後都對蕭震雷如此謙讓的高風亮節的品德表示讚賞，這讓蕭震雷瞬間在革命黨人眼中的形像高大起來，特別是在如今革命黨和袁世凱方面都在竭力爭權奪利的今天，蕭震雷這種爲了大局着想，放棄私利的高尚情操讓很多革命黨人、無黨人士、立憲人士都認爲蕭震雷纔是真心爲了中國革命而沒有私心的人，這些人的心漸漸向鐵血救國黨靠攏。
孫文、黃興等人和17省代表們回電給蕭震雷，高度讚揚了他的高風亮節，然後推舉黎元洪爲副總統。
接着各省代表團也聯名致電黎元洪：“各省代表會於元月二日決議，選舉臨時副總統，即於三日上午十時開選舉臨時副總統大會。我公當選。除通告全國外，並由本會特派員齎各省代表簽名書敬呈鈞鑒！兼表歡迎。”
南京臨時政府也致電黎元洪：“今日參議院選舉副總統，經全數投票，舉我公充任。共慶得人，謹爲中華民國前途賀。”
1月1日晚十點。孫文就任臨時大總統一職，宣告中華民國成立。並在大會上發表誓詞：“傾覆滿洲專制政府，鞏固中華民國，圖謀民生幸福。此國民之公意，文實遵之，以忠於國。爲衆服務。至專制政府既倒，國內無變亂，民國卓立於世界，爲列邦公認，斯時文當解臨時大總統之職。謹以此誓於國民。”
可是他擬定內閣名單之後，他就想起來自己把蕭震雷和鐵血救國黨給忘了，他遇到了難題，按理說他是希望由黃興來出任陸軍總長兼參謀總長，畢竟黃興的資歷擺在這裡。可現在革命軍大部分兵權都掌握在蕭震雷的手裡，不僅如此，臨時政府所在地也是蕭震雷的地盤，黃興手上並無兵權，如果讓蕭震雷任陸軍總長兼參謀總長。恐怕黃興心裡會不舒服，其他同志也會有所不滿，可如果讓黃興出任陸軍總長兼參謀總長，軍隊會不會因此而不滿？要知道現在革命尚未成功啊！
想來想去。孫文睡不着，將黃興等人叫到自己的房間商量，就陸軍總長的事情詢問黃興等人的意見。黃興本人倒是不在乎陸軍總長的位置，他道：“我於革命本身並無多少貢獻。頂多就是多在外奔走了數年時間，相比蕭寰宇率軍北伐。光復神州沃土而言，我所做的實在太少，以我看，就任命蕭震雷出任陸軍總長一職吧？我願爲次長”。
同盟會其他人雖然有些不情願，但當事人黃興都這麼說了，他們也不好再反對。於是孫文讓人給蕭震雷發去一封電報，任命他爲陸 軍總長。
蕭震雷接到電令時正在與楊度拖時間，他看了電報之後讓人回電說自己從軍經歷尚淺，指揮戰鬥的經歷和經驗都不足，而且年紀太輕，無法服衆，電報上還說黃興指揮過多次革命起義，在全國乃至全世界的軍事界都享有崇高的威望，他推舉黃興爲陸軍總長，自己願意爲次長，否則不受！另外他推舉薩鎮冰任海軍總長，程璧光爲海軍次長，湯薌銘爲巡洋艦隊司令，由於程璧光尚在國外，由湯薌銘暫領。
蕭震雷的謙讓再次贏得了革命黨人和南方立憲人士們和各省代表們的高度讚揚，一回歉然沒什麼，別人也許猜測他是假惺惺作態，可連續兩回謙讓，這就不是嘉惺惺作態了，這是真正的尊重革命元老和前輩。
於是孫文當即任命黃興爲陸軍總長，任命蕭震雷爲陸軍次長兼參謀總長。內閣九部九爲部長和次長當中，同盟會、鐵血救國黨和立憲人士各佔了三分之一。
蕭震雷看到回電之後當即任命蔣百里爲參謀部次長，讓他率衛隊南下南京組建總參謀部。
蕭震雷之所以不當這個陸軍總長，是因爲他早就知道南京臨時政府沒錢，在光復南京的時候，張人駿、張勳、鐵良等人早就把官府的官銀捲走，再加上同盟會林述慶等率先入城又進行了大肆收刮，臨時政府哪裡還有錢？臨時政府新上任的薪水都發不下來，各省當然不可能把財權交出來，既然沒有地方政府的財政支持，臨時政府又沒有存款，政府機構要運作起來就困難重重，畢竟誰都不可能高尚到把自己家錢拿出來倒貼。
既然政府官員們都發不出薪水，軍隊的軍餉等費用就更加籌措不出來了，當任陸軍部總長這個職位完全就是坐在火爐上，軍隊要軍餉當然只找陸軍總長，蕭震雷纔不會傻到坐在火爐上烤。
何況他早就知道跟同盟會合作，完全就靠不住，同盟會內部鬥爭激烈，太過複雜，與這些人合作不僅得不到任何好處，反而會被他們拖後腿，既然同盟會想當老大，蕭震雷就決定讓他們當老大去與袁世凱幹架，等他們幹不過袁世凱紛紛跑路之後，他再來收拾殘局，到那時候再重新組建政府，就沒有人再拖後腿說閒話了。
與楊度的談判拖拖拉拉進行了三天後，蕭震雷才一本正經的與他展開談判。現在靳雲鵬的第五鎮已經徹底沒了，在通往京城的路上已經沒有能夠足夠抵擋聯軍的軍隊了，蕭震雷甚至可以一直打到紫禁城，不過後勤上不允許，而且經過這一個多月高強度的作戰，將士們都極爲疲倦，必須要讓部隊休整，否則很容易出事。
1912年1月5日，蕭震雷正式坐在了楊度的對面，楊度代表袁世凱與蕭震雷展開談判。
實際上，袁世凱一開始只是認爲蕭震雷是個不錯的軍人，並且他找到蔡乃煌當後臺。蔡乃煌便將此事報告袁世凱之後，袁世凱派人對蕭震雷做了專門的調查，認爲蕭震雷這個人值得培養，因此他還暗中對蕭震雷的升遷之路進行了幫忙，可沒想到到最後蕭震雷竟然脫離了他的掌控，強大到他都要正面對待的地步，這不能不說是一種諷刺。
蕭震雷提着茶壺分別在楊度和自己的茶杯到上開水，放下茶壺坐在楊度對面道：“楊先生，我看你也等得着急了，咱們就開始吧，首先就由我來拋磚引玉吧，我只有四個條件，第一，華東六省歸我。名義上我還是受大總統領導。第二，袁公任大總統之後，如果進行全國軍隊整編，我華東六省要二十個師的番號。第三，海軍方面已經投入我的麾下，不可能再交給袁公，如果袁公想要組建海軍，讓他自己想辦法，不要打我的主意，我是不會交的。第四，皇帝必須退位，此後再無皇帝，就這四個條件。如果袁公答應，我立刻下令部隊停止進攻，並尊袁公爲中華民國唯一大總統，雙方立即簽署停戰協議。”
楊度聞言臉色劇變，蕭震雷提出的這四個條件前三個都超出了他的權限，而且在他看來，蕭震雷的胃口太大了，如果滿足蕭震雷的條件，蕭震雷就完全成了名副其實的東南王，日後必然成爲尾大不掉之勢。
楊度端起茶杯喝了幾口水，平復着心裡的情緒，纔開口道：“蕭總司令提出的這四個條件，只有第四個條件我可以答應，前三個條件都超出我的能夠做出的權限，你看這樣行不行，我需要向袁公請示一番，等袁公答覆我之後，我再跟你詳談！”
蕭震雷當然不會不答應，點頭道：“好，楊先生如果有什麼需要，可以隨時開口！”
楊度離開之後立即帶上隨從去了濟南洋人開的電報公司，在那兒向袁世凱發了一封電報，將蕭震雷的條件一一進行了彙報，並且請袁世凱儘快做出決定，明確能夠付出的底線代價。
在京城的袁世凱接到電報後看了蕭震雷的腰間氣得差點吐血，直罵蕭震雷是狼羔子，不但不知道感恩，還反過來狠咬一口。
氣歸氣，但這個決定還得儘快做出來並且給楊度發去電報，因爲袁世凱也撐不住了，跟武昌革命黨的交戰已經把他的北洋六鎮的財政和彈藥儲備都打空了，再也沒有餘力跟蕭震雷繼續打下去，而且蕭震雷的嫡系軍隊所表現出來的戰鬥力實在讓他心有餘悸，儘管在山西他還有第六鎮，但是第六鎮也纔剛剛與閻錫山等人幹了一仗，實力有所下降，最主要的是彈藥儲備已經嚴重不足，打不下去了，如果讓蕭震雷的軍隊打到京城，他做大總統的美夢只怕要破碎，是想來去，他還是做出了最後決定，並給楊度發電報說了自己的底線。