爲統一管理五郡政務，建立政務院，內設商務部、教育部、人事部、建設部、警備部。在這五部之外還設立稅務局。
商務部：主管工業、農業和商業的發展，制定宏觀發展計劃，合理進行資源的分配與利用，努力建立公平、有序、完整的工商業秩序，完善良好的競爭機制，鼓勵工商業發展。
教育部：負責教育事業的全部工作。
人事部：負責官員的考察、審覈、變更和升遷。
建設部：所有公共設施、道路、橋樑以及城市和村鎮的新設、改建和擴建的評估、審查機構，負責合理的制定城市以及各種設施的建設規劃。
警備部：負責五郡治安和抓捕罪犯。
稅務部：負責五郡的各種稅收。
商務部部長由徐世堅擔任，教育部部長由項國雲擔任，人事部部長由許林坤擔任，建設部部長由徐建明擔任，警備部部長由羅克金擔任，稅務部的部長由範景華擔任。
同時在地方設立：
太守：相當於???今政府辦公廳的職責，下轄錄事爲主官助理；
人事局：職掌繁複，分管組織人事、教育考試、祭祀宗教、醫藥衛生等；
稅務局：管理機關房屋和伙食，分管食品安全、賦稅徵收、儲備糧庫、市場交易等，負責市場行政管理；
民事局：主管民政戶籍、農業副業、蠲符簽證、護照發放，主理民事訴訟；
兵司局：主管武官選拔、兵甲器仗、門戶鑰匙、烽候驛站；隨長官出巡考覈下屬，並負責禮儀糾察
司法局：執行法律、緝捕盜賊，主理刑事訴訟；
礦產局：主管渡口橋樑和交通工具，並管理國有企業和礦產資源；
土地局：主管用地規劃與土地分配；
爲了管理軍事，建立軍部，
參謀部：根據作戰意圖和相關情報制定作戰計劃及選定參戰部隊。平時制定軍隊訓練計劃。
裝備部：負責軍隊裝備生產、採購、改進、維護。
後勤部：負責徵召、訓練士兵，軍隊食品的採購、運輸。
監察部：負責軍隊紀律的檢查。
情報部：負責軍事情報的收集整理。
此外開始籌備預備役機制，凡14歲以上45歲以下的健康男子都要定期參加軍事訓練，兵器裝備由郡府統一安排。45歲以上者要利用農閒參加工程隊修補城池、道路等公共設施，當然這種勞動是有一定的報酬的。
同時對於軍隊也進行了改革：
步兵，十二人爲一班，內設班長一名，爲士官長；五班爲一排，設排長一名，五排爲一連，設連長一名，尉官；五連爲一營，設營長一名，校官；四營爲一團，設團長一名，校官。班爲軍隊基本單位，團爲最小獨立作戰單位。故此一團作戰人員6000人，校官5人，尉官20人，合計6025人。尉官和校官均獨立於編制。
五個團爲一師，設師長一人，副師長三人（由轄下的五個團長中軍銜最高者但任）。五個師爲一軍，設軍長一人（戰時由上級任命戰後撤銷），副軍長三人（由轄下的五個師長中軍銜最高者但任）。副師長、副軍長僅負責平時的訓練。如果有特殊情況需要多個軍同時作戰，這可在軍上設集團軍，以方便指揮。其中師長以上軍官根據軍銜可以有自己的專屬護衛隊，其中少將爲一個連計三百人，中將爲兩個連計六百人，上將爲三個連計九百人。
騎兵，五人爲一騎兵班，設班長一名，士官長；十班爲一排，設排長一名，十排爲一連，設連長一名，尉官；五連爲一營，設營長一名，校官；四營爲一團，設團長一名，校官。
士兵依據軍齡及戰功分爲：新兵（1年）、下士（2年）、中士（3年）、上士（4年）。
軍官依據軍銜分爲：士官長、少尉（排長）、中尉（連長）、上尉（連長）、少校（營長）、中校（營長）、上校（團長）、少將（師長）、中將（師長）、上將（軍長）。
根據不同的職能，軍隊分爲守衛軍和野戰軍兩種，通過整編守衛軍爲兩個師，爲步兵，共六萬人，在武威、蘭州、張掖、酒泉、敦煌各一個團，蒙陰關和嘉峪關兩個團，還有邊城（死亡地帶的出口）兩個營。西北牧場和山丹軍馬場各一營。
野戰軍：步兵一個師，編號爲01步兵師，三萬人，師長孔召文，副師長孫東方、潘應龍、彭玉麟，下設011步兵團、012步兵團、013步兵團、014步兵團、015步兵團。
其中011步兵團、012步兵團駐紮蘭州，013步兵團、014步兵團駐紮武威，015步兵團駐紮西北牧場。
騎兵爲兩個師，編號爲01龍騎師、02龍騎師，共十萬人，01龍騎師師長王祖威，副師長鄧正來、聶松柏、盧薩卡。下設011騎兵團、012騎兵團、013騎兵團、014騎兵團、015騎兵團。02龍騎師師長司徒雷登，副師長孫英傑、段方偉、徐峰楊。下設021騎兵團、022騎兵團、023騎兵團、024騎兵團、025騎兵團。
此外，除了龍騎兵外，還建立了黑騎師，編號01黑騎師，現下設011黑騎團，人數一萬，是重騎兵部隊。
其中011騎兵團、012騎兵團、013騎兵團駐紮蘭州，014騎兵團駐紮西北牧場，015騎兵團駐紮山丹軍馬場。02龍騎師和011黑騎團駐紮武威。