林阿鳳同黃阿旺率兩萬餘海陸大軍及林阿鳳在碧瑤山中舊部、呂宋土著僕從軍水陸並進大舉南下進攻馬尼拉城，林阿鳳統率兩萬陸軍橫掃肥沃的呂宋平原，得到受盡土著和西班牙人欺凌的呂宋漢人踊躍支持，兵力迅速擴張到近三萬。
呂宋漢人得到海東大軍做靠山後展開反攻倒算，在西班牙殖民當局有意偏袒支持下沒少欺負漢人的呂宋土著遭到呂宋漢人報復清算，殘酷剝削漢人、土著的西班牙殖民者傳教士紛紛遭到呂宋漢人土著報復殺死。
隨着西班牙王國與大明的貿易逆差逐漸加大，西班牙菲律賓殖民當局藉助菲律賓土著因漢人掌握當地經濟命脈而產生怨恨，開始有意識地挑唆雙方矛盾，並非常明顯地拉偏架。致使漢商受到呂宋土著欺凌，甚至遭到打殺。
整個呂宋平原漢人及歸順海東大軍的土著紛紛展開有仇報仇，有怨報怨，爲虎作倀的土著遭到斬殺，殘酷剝削漢人及土著的西班牙殖民者及傳教士男子盡數被屠殺光，財產被海東大軍沒收。
黃阿旺率東海海軍第三編隊主力從玳瑁灣（林加延灣）南下一舉攻佔馬雷維里斯（馬裡韋萊斯），隨即橫渡呂宋灣（馬尼拉灣）攻佔甲米地港口，俘獲港口中兩艘馬尼拉大帆船以及甲米地港口造船廠中所有造船工匠。
黃阿旺在甲米地港稍作休整補給，隨即率東海海軍第三編隊配合林阿鳳統率的陸軍及僕從軍對馬尼拉王城展開圍攻，黃阿旺率東海海軍第三編隊直奔馬尼拉王城殺來。
馬尼拉王城最西北的聖地亞哥堡原本是用木柵欄圍成，萬曆十八年（1590年），總督聖地亞哥·德維拉下令將城寨改建成石城堡，城牆外開挖有護城河，厚達10米的城牆上築有塔樓，並設有炮臺架，部署艦載加農炮做岸防炮防禦。
林阿鳳統率海東陸軍及不斷增多的土著僕從軍三萬餘人正迅速南下殺來，直抵巴石河北岸，正在東面巴石河上渡河對馬尼拉王城發起進攻。
西班牙王國第十任菲律賓總督弗朗西斯科·德泰洛·德古茲曼同雷克爾等馬尼拉貴族將馬尼拉城中五六千西班牙人組織起來憑藉着星型西班牙王城抵抗海東大軍圍攻。
黃阿旺率東海海軍第三編隊趕到巴石河河口及西班牙王城城西沿海，黃阿旺站在旗艦飛月船上看着西班牙王城西北聖地亞哥堡上的西班牙將士正忙着備戰，黃阿旺當即下令道：“準備迎戰”
“是”傳令兵忙打出備戰旗語
五十餘艘東海海軍第三編隊戰船忙着備戰，炮兵將士推着艦炮集中到戰艦中間臨時固定，集中火炮猛轟西班牙王城聖地亞哥堡，海軍將士早已通過軍情瞭解到西班牙王城是塊更加難啃的硬骨頭。
當年林阿鳳突襲還在修建中的馬尼拉西班牙王城時一度攻入馬尼拉大街，殺死逼降千餘西班牙人，但最終林阿鳳攻取馬尼拉還是也失敗告終，不得不撤退北上玳瑁灣。
林阿鳳攻取馬尼拉城失敗原因在於海盜武裝一貫作戰風格是先派出先鋒突襲，順利得手後再一擁而上，林阿鳳手下得力將領浪人莊公率先鋒部衆一度攻佔城外西班牙軍指揮部殺死指揮官，但因兵力不足攻城不利被迫撤退，林阿鳳隨後率大軍來進攻，遭到已經加強防禦的西班牙人擊退。
黃阿旺指揮東海海軍第三編隊在馬尼拉王城及聖地亞哥堡沿海三裡外一字排開發起進攻，海東海軍戰船上的艦炮瞄準馬尼拉王城西城牆及聖地亞哥堡。
黃阿旺見炮兵將士已做好備戰，揮手下令道：“發炮進攻”
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東海海軍將領紛紛高呼下令道：“放”
‘轟轟……’東海海軍戰艦上的艦炮接連發炮，呼嘯拋射的炮彈直奔向馬尼拉王城城牆襲來。
馬尼拉王城星型城牆上四十來歲身形高瘦的菲律賓總督弗朗西斯科·德泰洛·德古茲身着拉夫領戎裝，看着海東海軍戰船直抵沿海三裡外發炮進攻，看着呼嘯拋射襲來的炮彈一臉震驚不已道：“上帝啊，海東海軍艦炮射程怎麼會有這麼遠，完全超出我的想象了。”
弗朗西斯科·德泰洛·德古茲身邊的衛兵忙疾呼道：“盾牌護衛總督”
幾名刀盾兵忙舉着盾牌掩護弗朗西斯科·德泰洛·德古茲，海東海軍炮彈在馬尼拉城牆上、城內、聖地亞哥堡上炸響，不斷有西班牙兵武裝人員鬼哭狼嚎慘呼聲響起：“啊啊……”
東海海軍一通炮擊剛過，一身戎裝的雷克爾跑過來稟報道：“稟報副王（總督），數萬海東陸軍帶着土著僕從軍正向城南殺來，我們兵力太少了。”
“該死的土著，海東軍隊怎麼會有這麼多？”弗朗西斯科·德泰洛·德古茲慌忙跑到城南看着黑壓壓一大片的海東陸軍及土著僕從軍前鋒已經抵達城南，後陣還有不少將士正在東面巴石河上渡河，弗朗西斯科·德泰洛·德古茲驚呼道：“上帝啊，我們真不應該與海東國開戰，都是該死的達斯麻雷那斯那個瘋子慫恿國王發動的這場戰爭。”
雷克爾的雄心壯志和征服大明的野心勃勃狂言早已被拋之腦後，如今更是擔心馬尼拉王城是否還能守住，一旦城破，所有西班牙人都將會被殺死，雷克爾見總督弗朗西斯科·德泰洛·德古茲看向自己忙解釋道：“我已經意識到這是不可能的事，但是遠征軍總指揮官達斯麻雷那斯還是非常固執地堅持征服大明。”
弗朗西斯科·德泰洛·德古茲對守住馬尼拉王城還是很有信心，星型城堡不是輕易就被攻破的，不然西班牙王國怎麼會容忍尼德蘭人還在繼續鬧獨立，弗朗西斯科·德泰洛·德古茲當即下令道：“我們得儘快派人出城南下趕去宿務渡海向新西班牙總督請求援兵增援馬尼拉王城。”
雷克爾欣然贊同道：“副王說得太正確了，我們得趕快調集援軍趕來解圍。”
林阿鳳指揮三萬餘陸軍及土著僕從軍在城南正井然有序展開圍攻戰，林阿鳳也深知西班牙人修建了三十年的馬尼拉王城比當初自己突襲進攻時還要更加難以攻下，不是一般的硬骨頭，早已做好了長期圍攻戰。
黃阿旺指揮東海海軍第三編隊接連發炮狂轟馬尼拉往城及聖地亞哥堡，意圖消耗馬尼拉守城兵力，爲最後攻城時減少將士死傷，黃阿旺將聖地亞哥堡視爲重要炮擊目標，集中近半戰艦艦炮炮轟聖地亞哥堡。
一身山紋甲的林阿鳳身披大紅披風，胯下一匹火紅戰馬，看着黃阿旺接連發炮炮轟馬尼拉王城及西北的聖地亞哥堡，林阿鳳當即下令道：“傳令炮軍發炮進攻”
“是”傳令兵領命忙高呼道：“炮兵發炮進攻”
大軍陣前炮軍將士已將六十門200MM大口徑大炮炮車排列成三排做好備戰，炮軍營帥胡彪當即下令道：“放”
‘轟轟……’海東炮軍炮彈呼嘯拋射向馬尼拉王城城南城牆城中襲去，馬尼拉城牆上城內一片轟隆巨響聲響起，不斷有西班牙兵武裝人員被炸死炸傷慘呼聲響起：“啊啊……”
弗朗西斯科·德泰洛·德古茲見海東海陸大軍都是在艦載加農炮射程之外發炮猛轟，也只好放棄發炮反擊，下令守城軍民退到城中安全位置堅守，待海東大軍炮擊停止後立即上城牆堅守。
林阿鳳指揮海東炮軍炮轟掩護土著僕從軍展開攻城戰，土著僕從軍扛着攻城梯木板小船在火炮掩護下在城南護城河上搭建浮橋發起攻城戰，遭到守城西班牙軍民拼死抵抗，雙方死傷慘重，攻城戰陷入持久戰。
黃阿旺指揮東海海軍第三編隊接連炮轟兩天馬尼拉城牆後放棄繼續炮轟，轉而集中艦炮猛轟聖地亞哥堡，黃阿旺決心將聖地亞哥堡夷爲平地，徹底將馬尼拉王城西北的要塞屏障城堡抹掉，東海海軍第三編隊成了拆遷隊。