自唐朝開始就不斷有小規模移民下南洋，鄭和下西洋後，移民人數越來越多。椰城一帶是華人華僑下南洋前往爪哇島各地定居經商的登陸補給點，華人華僑移民人數衆多，有萬餘人。
陳阿靖派使者遊說椰城一帶的華人華僑歸順東番守備府，東番守備府會保護椰城華人華僑生命財產不再遭受當地土著劫掠。勤勞善於經商富有的華人華僑一直飽受爪哇土著迫害，得知來消息後，紛紛主動攜家帶口趕來椰城歸附東番守備府大軍。
同樣遭到天方教迫害的印度教、佛教部落教徒得知剛擊敗萬丹國軍隊，攻佔雅加達實力雄厚的椰城大軍是大明東番守備府所派，東番守備府實行宗教寬容政策。信仰印度教、佛教的部落教徒紛紛選擇支持椰城東番軍對抗天方教徒。
陳阿靖下令在萬餘華人華僑中挑選出三千餘精壯將士，又從印度教、佛教部落挑選五千餘驍勇善戰精壯組建武裝新兵，應對萬丹國大軍來攻，椰城守軍達到萬餘人。
雅加達被來自大明東番守備府水師大軍攻下的消息傳到萬丹國都萬丹城，頓時舉國譁然，萬丹國本身就是建立在抵抗葡萄牙人入侵的基礎上。
1527年-1528年，萬丹國開國締造者天方教法師法裡塔漢以天方教聖戰爲號召，組織武裝力量，領導萬丹和巽他卡拉帕（即雅加達）***起義。兩次擊敗葡萄牙人入侵，殺死同葡萄牙人締造和約的西爪哇印度教派國王，奪取政權，臣服於淡目國。
萬丹國在蘇丹毛拉納·穆罕默德主持下召開緊急軍事會議，首席大臣孟庫布米、天方教長老、森納帕提（相當於陸軍司令）和拉沙馬拉（相當於水師提督）等大臣將領參加軍事會議。
萬丹國緊急軍事會議一致決定起傾國之兵奪回雅加達，萬丹國蘇丹毛拉納·穆罕默德發佈命令調集國中兩萬大軍進攻雅加達，將攻佔雅加達的大明東番守備府軍隊趕走。
椰城一帶的華人、印度教、佛教部落紛紛被陳阿靖遷到椰城中幫着修建加固城防，同時將大批糧食運進城中做好長久防禦戰。
椰城東西兩面城牆外都沿着河流修築有木柵欄防禦工事，沒有護城河的南門外更是在木柵欄外開挖壕溝引水作爲護城河防禦，兩百餘門佛朗機炮從戰船上卸下來後一字排開安裝到城牆上形成密集防禦炮火陣地。
南洋水師第三編隊二十六艘戰船遊弋在城北碼頭附近海域，防止萬丹國水師突襲進攻椰城港口，陳阿靖將整個椰城水陸防禦部署完成。
萬丹國蘇丹毛拉納·穆罕默德親率兩萬大軍從國都萬丹城出發，隨行還有萬餘天方教長老組織起來的***民兵，浩浩蕩蕩的三萬餘萬丹國大軍直奔向椰城城西殺來。
年僅十八歲身形比較矮小一身黃金鎖子甲頭戴天方教蘇丹帽的蘇丹毛拉納·穆罕默德坐在戰象上在身邊一衆大臣將士簇擁着前來，目光注視着城西河邊木柵欄圍繞的椰城鄰河防禦工事，木柵欄後城牆上的異教徒守軍將領正忙着指揮防禦。
身型矮小，一身戎裝，年近半百的首席大臣孟庫布米一張長滿皺紋的老臉正向蘇丹彙報：“蘇丹陛下，我們派出的探子已打探清楚城中異教徒守軍只有萬餘人，真正的大明軍隊只有不到三千人，有八千異教徒加入大明軍隊對抗我們大軍。”
“該死的異教徒”得知雅加達一帶的異教徒紛紛加入大明軍隊對抗自己，毛拉納·穆罕默德蘇丹憤恨不已看向孟庫布米下令道：“攻下雅加達後，殺光所有異教徒。”
“是，蘇丹陛下。”孟庫布米躬身領命轉身朝着三萬餘萬丹國大軍高呼下令道：“萬丹國的勇士聽着，臘圖·萬丹蘇丹陛下軍令，攻下雅加達後，殺光所有異教徒，臘圖·萬丹萬歲。”
“攻下雅加達，殺光異教徒，臘圖·萬丹萬歲。”三萬餘萬丹國大軍高呼着激進的軍事口號：“臘圖·萬丹萬歲……”
毛拉納·穆罕默德蘇丹在戰象上拔出配刀高呼下令道：“進攻”
“進攻”孟庫布米跟着高呼下令
三萬餘萬丹國大軍朝着椰城西城外的護城河流發起衝鋒進攻，一片刀光劍影晃動，陣前弓箭手快速衝出來，盾牌手在前掩護衝鋒，陣中還有大批擡着渡河船隻的士兵，不下五十頭戰象在象兵驅使下緊跟在後發出‘嗚嗚’嚎叫聲。
陳阿靖親自坐鎮城西指揮大軍迎戰，城下木柵欄後的三千大軍紛紛依託着木柵欄後修築的戰壕陣地防禦。陳阿靖看着城外萬丹國大軍有備而來，尤其是陣中龐然大物般的戰象更是嚇人，陳阿靖鎮定自若下令道：“發炮進攻”
西城牆上的南洋水師將領紛紛下令道：“放”
‘轟轟……’西城牆上一字排開的佛朗機炮朝着城外河西岸蜂擁衝殺而來的萬丹國大軍發炮進攻，炮口冒着濃煙瀰漫開來。
呼嘯而至的炮彈直奔向萬丹國大軍陣中襲來，萬丹國大軍陣中頓時死傷成片，哀鴻遍野，鬼哭狼嚎般的慘呼聲不絕於耳：“啊啊……”。
衝鋒在前的萬丹國大軍將士直奔向城外不寬的護城河道衝來，城外依託木柵欄後戰壕陣地防禦的三千弓箭手、鳥銃手紛紛開槍放箭：“砰砰……、嗖嗖……”
衝鋒在前的萬丹國大軍將士紛紛被射殺栽倒在河道中被沖走，河岸上萬丹國軍隊更是死傷成片，萬丹國大軍不斷朝着河道衝殺過來，不少萬丹國將士已經將船隻放進河中開始強渡，激戰剛一開始，河岸上屍積如山，血流成河。
萬丹國弓箭手不斷朝着木柵欄後的三千南洋水師將士放箭掩護衝鋒強渡的大軍，雙方箭矢橫飛，不斷朝着對方襲來，南洋水師將士頓時也死傷不小，中箭的將士被隨軍醫護隊臨陣消毒包紮，重傷者立即擡進城去。
城牆上一字排開的弗朗機炮不斷開炮不斷朝着衝鋒的萬丹國大軍呼嘯而至襲來，萬丹國軍隊在南洋水師炮彈襲擊下死傷不下三千人。
爪哇島有雷島之稱，一年當中大半時間在打雷，打雷次數不下千餘次，是世界打雷最多地區。椰城天空中雷聲如吼
，電閃雷鳴。早已習慣打雷現象的萬丹國戰象反倒沒有受到驚嚇，就連椰城上的炮聲也被當做打雷對待。
萬丹國大軍陣中衝鋒在前的戰象紛紛被炮彈擊中倒地，後面衝鋒的戰象被前面倒下的戰象屍體絆倒。眼見同伴被擊倒慘叫哀嚎聲不斷響起，後面的戰象看着同伴慘死一片，紛紛受驚掉頭朝後陣逃去，就連蘇丹毛拉納·穆罕默德乘坐的戰象也跟着受驚朝後逃去。
後陣的萬丹國天方教長老組織起來的萬餘民兵頓時紛紛遭了秧，被數十頭戰象瘋狂衝撞踩踏成肉餅，鬼哭狼嚎般的慘呼聲一片：“啊啊……”
孟庫布米看着蘇丹陛下被髮狂的戰象帶着朝西方逃去疾呼道：“保護蘇丹陛下”
“快保護蘇丹陛下”千餘萬丹國將士紛紛朝着受驚逃竄的戰象追上去
萬丹國大軍頓時混亂不堪，不少人忙着追戰象保護蘇丹陛下，後陣被戰象衝撞死傷成片，陣中大軍遭到椰城南洋水師炮彈轟炸死傷慘重。衝鋒在前的萬丹國勇士更是遭到三千鳥銃手、弓箭手接連不斷開槍射殺，屍橫遍地，血流成河。
隨着蘇丹陛下被受驚戰象帶着逃跑，進攻的萬丹國大軍亂作一團，潰不成軍，衝鋒的萬丹國軍隊紛紛朝後落荒而逃，猶如潮水般退去，亂軍互相踩踏致死不少，老成持重的首席大臣孟庫布米忙收攏潰兵。
毛拉納·穆罕默德蘇丹被受驚的戰象帶着逃跑摔傷，初戰不利損失慘重的萬丹國大軍將士一片士氣低落。毛拉納·穆罕默德蘇丹並沒有放棄攻打椰城雅加達，撤退到城西二十里外安營扎帳，準備再次發動進攻。
陳阿靖剛進攻沒多久就依仗着弗朗機炮火輕易就打退萬丹國大軍第一次猛攻，佛朗機炮彈擊斃擊傷萬丹國陣中發起衝鋒的戰象戰象，戰象受驚嚇掉頭逃竄，致使萬丹國大軍戰敗後撤。
就在陸上兩軍開戰不久，遊弋在椰城城北港口外的南洋水師第三編隊也與從萬丹城開來的近百艘萬丹國水師大小戰船發生激戰。
萬丹國水師見南洋水師第三編隊只有二十幾艘戰船，採取狼羣戰術蜂擁圍攻上來。
指揮南洋水師作戰的千戶田川右衛門本是百地忍者出身，陳瀚見其頗有將才，直接從百地玉子手下調任水師千戶。田川右衛門隨陳阿靖鎮守淡馬錫海市城，招募不下三百流落到南洋的日本浪人加入南洋水師第三編隊，以作先鋒。
田川右衛門見萬丹國船隻蜂擁衝殺上來拔出腰間忍刀高呼下令道：“進攻”
傳令兵忙打出進攻旗語
南洋水師將領紛紛高呼下令道：“放”
‘轟轟……’戰船上的艦炮無敵大將軍炮紛紛朝着賣力划着大大小小戰船衝殺上來的萬丹國水師發炮進攻，呼嘯而至的炮彈不斷襲擊萬丹國水師戰船。
萬丹國水師造船技術來自於忽必烈遠征爪哇敗退後杯俘獲的戰船，基本上仿造宋元帆船。陳阿靖統率的南洋水師第三編隊戰船在整個東番義軍水師中裝備不算很好，新式福船、飛月船也不多，艦炮無敵大將軍炮也只有十八門
萬丹國水師戰船不斷被南洋水師炮彈擊沉擊傷，萬丹國水師頓時死傷慘重，落水將士呼救聲不斷，海面上到處都是漂浮的破碎船板，萬丹國將士紛紛掙扎着爬上船板。
“殺給給”衝鋒的南洋水師浪人砍人大隊在先左大將率着不斷朝着掙扎的萬丹國將士開槍射殺‘砰砰……’頓時槍聲大作，衝上去的浪人紛紛揮着武士刀砍殺着同樣矮小萬丹國將士，海面上慘呼聲不斷。
海面上到處都是萬丹國水師戰船被擊碎的船板，海面的萬丹國將士浮屍一片。