朱棣命人把方孝孺找來。只見方孝孺一身重孝，登上皇極殿就放聲大哭，哭聲響徹金鑾殿。
朱棣說：“先生不必過於傷心，朕這是效法周公輔成王而已。”
方孝孺邊哭邊問：“周公輔成王是古之佳話，成王健在。你輔佐成王，可成王在哪裡？”
朱棣說：“他不明道理，**死了。”
方孝孺緊逼：“成王雖死，爲什麼不輔佐成王的兒子繼承帝位？”
朱棣笑了笑：“先生難道不明白，國家需要成年人來治理。”
方孝孺答道：“說得有理。”話鋒一轉又問：“成王的兒子雖幼，可成王之弟已成年，兄終弟及，爲什麼不輔佐成王之弟？”
朱棣連接幾招，惱了，繼而一想，畢竟有求於他，於是強壓心頭怒火，走下龍椅，拍了拍方孝孺的肩頭笑說：“這是我朱家的家事，先生不必費心。”朱棣邊說邊吩咐左右，捧上文房四寶，笑說：“朕今登基，詔告天下，這詔書還得勞駕先生起草。”
方孝孺接過筆來，狠命地擲在地上，高呼：“不就是個死嗎？死就死，詔書不可起草！”
不但不識擡舉，而且句句頂撞，朱棣臉色鐵青勃然大怒：“朕怎能讓你痛快就死？你就不怕滅九族？”誰知方孝孺的回答出人意料：“就算你滅我十族，我也決不屈服！”朱棣咬牙切齒地說：“好！好！那我就滅你十族！”
話說到這份上，自然崩了。方孝孺居然沒有一絲一毫的懼怕，反而大罵朱棣“逆臣”、“弒君”、“篡位”，越罵越難聽。朱棣氣急敗壞，令手下割開方孝孺嘴角兩旁，直割到兩耳，不讓他開罵。逮捕殺戮方孝孺九族，朋友學生算第十族，共殺八百七十三口，充軍流放的不計其數。朱棣還不解恨，又挖了方家祖墳，焚屍揚灰！
淫威之下，也有鐵漢。方孝孺祖籍台州寧海，錦衣衛逮捕方孝孺家屬時，配合行動的寧海縣尉也就是公安局長魏澤。爲保存忠良的骨血，魏澤冒潑天的大險，悄悄地隱匿了方孝孺九歲的兒子方德宗。台州的秀才餘學夔在城門口的告示上沒發現方德宗的名頭，心知有秘，趕到寧海，佯裝瘋癲，在寧海街上乞討，打探秘密。一天，見魏澤騎馬在街市走過，就對着魏澤唱瘋歌，歌詞中表示願學程嬰。這程嬰，就是春秋時晉國藏匿救護趙氏孤兒的義士。魏澤一聽就明白這瘋歌的意思，但事關重大，不敢貿然接洽。魏澤便假裝糊塗，騎馬入衙。這樣連續幾天後，魏澤找到餘學夔的住處，送上方孝孺的部分文章，把方德宗交託給餘學夔，囑其逃走。餘學夔帶着方德宗航海逃亡，後又潛入松江府華亭縣青村安頓下來，改姓爲餘，爲漁人結網度日。一年後，餘學夔攜方德宗潛入松江府，密訪方孝孺的門生俞允。俞允乃洪武二十七年（公元1394年）進士，他冒着殺頭的危險，收留了方德宗。不久，睢陽知縣、華亭人任勉致仕，也捐金助養。十四年後，俞允以養女招方德宗爲上門女婿，改姓爲俞。傳到第三代，方德宗的三個孫子友直、友諒、友竹不幸染上了時疫，方家血脈恐要斷流。
聽完王白谷的敘述，徐階跌足長嘆：“忠良之後，陷此窘境，委實可憫！昔人魏澤、餘學夔能冒生命危險伸出援手，而今事過境遷，危險無多，能不出手相助？”當即向王白谷耳語幾句，取金兩錠交與王白谷。王白谷伸出大拇指晃了晃，二話不說，匆匆而去。