這期間，朝廷按部就班的衙門作風，因循守舊的陳規陋習也被觸動了。
兵部尚書聶豹，因塞外戰事不利，正焦頭爛額。嘉靖三十三年（公元1544年）五月，應徐階之請，嘉靖下旨發兵徵倭，兵部議徵發山東長槍手三千，但朝臣會議時，一些大臣認爲倭寇飄忽無常，待發兵，也許已跑了，豈不撲了空？勞師動衆，未必有效果。聶豹獨力難支，只得改變決定，派參將李逢時率山東民兵三千馳援。
倒是徐階細心，長槍手怎變成民兵了？打聽下來，這三千民兵都是經過挑選淘汰下來的疲弱之卒，明顯地敷衍塞責。於是徐階再上奏本，說倭寇的特點就是飄忽無常，飄忽無常就不發兵，那就永遠不必發兵，徵倭就是一句空話，東南百姓就永遠任倭寇蹂躪。徐階認爲倭寇越是難纏，越顯得發兵的必要，此其一；其二，發兵就得發精兵，三千疲弱之卒與三千精兵耗費的軍餉是相同的，但效果不一樣。敷衍塞責，那才叫浪費軍餉，是對國家、對百姓的犯罪。徐階這一次真是動氣了，說話佔理，分析中肯，口氣也硬邦邦的。由此，徵倭擺上了朝廷的重要議事日程，這纔有張經的王江涇大捷。
嘉靖三十三年（公元1554年）以後的幾年，徐階關注北御韃靼，南征倭寇，並與軍隊主將頻繁地書信往來，建議用兵方略，向張經推薦俞大猷、盧鏜，向胡宗憲力薦戰將戚繼光，俞、戚、盧後來都成爲抗倭的中流砥柱。
軍情的發展自然不以徐階的意志爲轉移。兵部發六千精兵前往東南沿海，第一仗就落敗。朝中有了流言，要追究徐階堅持發兵之責。
徐階的迴應，又出人意料。他向嘉靖上奏《請以兵事責有司》，這有司就是地方文官。徐階找到了朝廷政策的重大缺失——戰事只責武將而不責文官。要求重申地方官員同樣守土有責。奏疏中，徐階指出，“用兵固在督撫”，但地方官員，知府、知州、知縣也守土有責，必須有所作爲，要籌辦錢糧，不能讓戰卒忍飢挨餓出戰；應幫助偵探敵情，協同武將殲敵；應訓練鄉兵團練，以免軍隊未到，任倭寇燒掠，毫無抵抗之力。要求糾正對武官懲罰過嚴，一次戰敗便論死，而文官不過降職。失陷城市，武將文官，一體同罪，該逮皆逮，該殺皆殺。
這一政令推出，東南沿海的府、州、縣官員都緊張起來，不敢再把徵倭責任全推給軍方，調動了地方文官的積極性，與戰將多了溝通協商，多了協同作戰，變軍隊一方的積極性爲軍隊、地方兩個積極性。不僅抗倭，而且北御韃靼的軍事態勢，有了明顯的轉機。
王江涇大捷後，趙文華貪天之功獲得嘉獎。但軍情還是緊急，張經被逮，倭寇死灰復燃，就像水中的葫蘆，按下這頭，浮起那頭。常熟、上虞、江陰、杭州、寧波、紹興、台州、南京，烽煙四起，趙文華這才感到剿倭並非易事，套在這裡，凶多吉少，想脫身了。他買通嚴嵩，慌報“水陸大勝，餘寇無幾”，在嚴嵩的配合下，班師回朝了。
小人得志，害莫大焉。趙文華在東南沿海這段時間，應天巡撫曹邦輔、浙江巡撫李天寵被誣陷罷官，繼張經任總督的楊宣受讒言攻擊罷官。回京以後，趙文華又與嚴嵩聯手，害死了吏部尚書李默。爲了堵言官之口，嚴嵩又唆使兼管吏部考察的大學士李本以考察尚書、侍郎、九卿、巡撫、都御史、科道官之名，罷黜官員五十三人。江南剿倭重任，落到了胡宗憲的肩上。