當然這十餘萬於家軍，已經不需於孝天自己來養活了，現在他可以命戶部和兵部直接給他麾下的兵馬調撥糧餉，名義上這些於家軍，都換上了一身明軍的馬甲罷了。
爲了更快的掌控住整個大明的局勢，於孝天在京畿一帶留駐了三個精銳混成旅，除了京師留駐一個旅之外，其餘的兩個混成旅則以獨立營的編制，分駐在懷柔、薊州、天津衛、通州、保定等地，對京師形成拱衛之勢。
至於剩下的七萬多於家軍，在於孝天控制了京師局勢之後，便開始逐步的被派往各地駐防。
於家軍不同於其他舊式軍隊，他們對於後勤依賴性很強，特別是有關他們使用的武器彈藥，幾乎全部要靠福建那邊進行供應，十萬大軍集中在北方駐防，會給於家軍造成沉重的後勤負擔。
所以於孝天一邊擴軍的同時，一邊將兵馬調往南方，分駐在山東、南直隸、湖廣、河南等地，主力基本上是沿着長江一線進行安置。
這麼一來，後勤部門給這些兵馬進行補給的時候，就可以先走海路到松江府，然後轉入長江逆流而上，以船運來維持這些兵馬的所需。
到了十月間的時候，陝西洪承疇方面傳回了一個相當不錯的消息，在孫傳庭的配合之下，他們東西兩面夾擊，將羅汝才所部從湖廣趕到了南陽一帶，孫傳庭領兵趕赴南陽坐鎮，逼得羅汝纔不得不放棄繼續留在南陽一帶活動，率部逃回了陝西洛南一帶。
結果洪承疇已經提前在洛南一帶佈置好了埋伏，當羅汝才率部逃入洛南一帶之後，立即便被洪承疇率兵堵在了洛南南面的八里橋一帶。
洪承疇派出於孝天給他的兩個營的於家軍主力，另外又調集了數千新收編的一些陝兵，猛擊羅汝才所部。
結果羅汝才當場被一顆米涅彈擊中了小腹，身負重創落馬被擒，而他麾下率領的三萬多流民軍，也當即被洪承疇打的冰消瓦解，俘獲流民軍兵將近兩萬人之多。
洪承疇果真殺心頗重，大捷之後立即便下令將羅汝才所部之中兩千多核心的人員和頭領全部屠殺，剩下的則遣散回鄉進行安置，或者乾脆直接就地安置，將其轉化爲了農民，使得羅汝才這夥流民軍徹底被剿滅掉，而且再無重新復起的可能性。
這個消息對於於孝天來說，當然是個相當不錯的好消息，於是他立即令中書省擬旨，重重的褒獎了洪承疇和孫傳庭一番，並且撥發三萬兩白銀，作爲犒賞之用。
這個時候各路流民軍算是知道了於家軍的厲害，原來他們沒有和於家軍打過交道，根本不清楚於家軍到底厲害在什麼地方，但是經過這段時間和洪承疇、孫傳庭過招之後，他們才發現，以前他們對付官軍使用的那些老辦法似乎都不管用了。
不管他們使出什麼計謀，不管他們的兵將多能打，但是隻要和洪孫二人麾下的那支全部裝備火-槍的於家軍碰上，就只有被一邊倒的屠殺的份。
李自成剛剛緩過來一口氣，便又被洪承疇盯上了，洪承疇這一次沒有先拿李自成開刀，而是先集中精力，幹掉了混十萬馬進忠、整齊王張胖子、滿天星張大受等幾路流民軍，逼得他們或散或降，接着又會和孫傳庭，幹掉了羅汝才一部，使得李自成所部雖然保存了他們的主力，但是也失去了其它幾路流民軍的配合。
崇禎十二年底，張獻忠在孫傳庭的追擊之下，逃入到了漢中，洪承疇遣一個營的於家軍，另外佐以麾下猛將曹變蛟率領五千新編陝兵，入漢中一帶開始追討張獻忠所部。
張獻忠在漢中一帶被逼無奈之下率領殘部的兩萬多流民軍，和曹變蛟所部進行了一場決戰，起初曹變蛟率兵和張獻忠交戰並未佔到便宜，張獻忠親自率軍猛擊曹變蛟所部，曹變蛟兵力比較少，架不住張獻忠所部的猛攻，於是只得敗退。
張獻忠看到曹變蛟被擊退，興致大起於是立即揮師掩殺，但是當曹變蛟率部逃出十幾裡進入一個狹窄的山谷之後，卻在山谷一頭停駐了下來，回身死扛張獻忠所部，將張獻忠麾下的六七千兵馬引入到了這個山谷之中。
張獻忠是個老油條，在前鋒進入山谷之後，感覺到事情似乎有點不對頭，便下令剩下的兵馬不再進入山谷。
結果進入山谷的那六七千張獻忠的手下，被一支於家軍攔腰截斷在了山谷之中，配合另一端的曹變蛟，將這六千多張獻忠的部下堵在了山谷之中，亂槍齊發，地雷不斷的被引爆，結果這六千多張獻忠的手下有兩千多人當場被殺，剩下的全部棄械投降，成了官軍的俘虜。
張獻忠發現前面山谷有埋伏，根本不敢停留，率領殘部掉頭就跑，曹變蛟和那個於家軍的營長在解決了山谷中那些張獻忠的手下之後，立即開始率兵猛追張獻忠。
張獻忠棄了漢中，一頭闖入到了四川境內的保寧府之中，試圖故技重施先在四川境內歇兵一段時間，然後再謀出川進入湖廣。
但是現在已經不是一年前的時候了，四川新換上了一個巡撫，乃是於孝天親的老相識熊文燦熊大人。
熊文燦當年因爲於孝天的事情，受到牽連，結果沒有能按照歷史上那樣，走馬上任當上五省總督，而是被罷官去職削職爲民，趕回了四川老家養老。
現如今於孝天手握大權，當然沒有忘記熊文燦這個老相識，於是以崇禎的名義，將其復起，暫時先留在四川當巡撫，主持四川的剿賊之事。
熊文燦對於於孝天如此念舊，相當的感激，上任之後在四川境內，大刀闊斧的按照於孝天的指使，推行各種新政，並且利用於孝天當年撥發給他的二百家丁爲骨幹，在四川編練出了一萬五千新軍。
這些四川的新軍軍官基本上全部都是於家軍舊部出身，受過於家軍陸軍講武堂的專業培養，而且其中大部分人都善於山地作戰，雖然熊文燦編練出來的這支新軍數量不多，裝備也達不到於家軍的水平，但是作戰意志卻並不比於家軍弱到哪兒去。
這一次洪承疇和孫傳庭聯合進剿張獻忠所部，提前知會了熊文燦一聲，熊文燦得知消息，便立即派兵加強了夔州府、保寧府一帶的防務，把新編練出來的一萬多新軍，大部分派往了保寧府一帶佈防。
結果張獻忠不知情的情況下，率領殘兵敗入保寧府境內，不等張獻忠化整爲零遁入山林之中，在利州衛便遭遇到了川軍的強悍阻擊。
三千川軍新軍在幾十個於家軍舊部的率領之下，在利州衛擋住了張獻忠所部的去路，雙方隨即展開了一場激戰。
這三千川軍的新軍，雖然裝備質量遠不如於家軍正規軍，但是卻十分善於山地作戰，而且有什麼樣的軍官，就帶出什麼樣的兵，這些新軍都是老實巴交的山民出身，服從意識很強，作戰十分勇猛。
雖然他們裝備的主要還是冷兵器，以刀牌長矛和弓-弩爲主，可是他們當他們堵住了張獻忠所部之後，還是打的十分堅決，在兵力有限的情況下，他們堵在一座山口，死戰不退，於家軍舊部的幾十個軍官，各個身先士卒率衆頂在最前面，使得剩下的兵卒們也無人後退，前赴後繼的死戰。
張獻忠後有追兵，前有堵截，看到這批川兵火器並不犀利，於是發了狠的進行猛攻，甚至於不惜血本的把他最親信的兵馬也投入了戰場，一連發動了數十次的進攻。
可是這三千川兵新軍，卻如同一座大壩一般，任憑他們如何衝擊，猶自巋然不動，雙方在利州衛的這座山口殺的是天昏地暗。
因爲武器不太給力，這批川兵新軍傷亡也很大，但是他們使用了方陣戰術，刀牌手和長槍兵有效配合，加之後面的弓箭手配合，進行稍遠距離的發射，使得張獻忠所部屢攻不下，反倒是在山口處損失慘重。
張獻忠麾下三員猛將，都折在了這批川軍陣前，雙方廝殺一天下來，張獻忠卻始終無法突破這夥川兵的阻截，只得下令收兵後退，準備繞道放棄進入利州衛，改道逃往其他地方。
但是讓他沒想到的是已經打得筋疲力盡的這些川兵，居然依舊沒有放棄，軍官率領剩餘的那兩千川兵，死咬住了張獻忠所部，一邊大呼張獻忠死了，一邊猛追猛殺。
張獻忠所部本身這段時間就被打的夠嗆，兵將們已經成了驚弓之鳥，這會兒後撤的時候，更是混亂不堪，突然間聽聞川兵大呼張獻忠死了，許多張獻忠的部下並不清楚到底是真是假，頓時軍心崩潰，漫山遍野的開始四散奔逃。
張獻忠狂呼大叫，試圖收攏住他的潰兵，可是那些川兵如同餓虎一般，不斷的猛衝猛打，更是加重了他麾下兵馬的混亂程度，最終張獻忠到底還是沒有能力挽狂瀾，整個兵馬全部被川兵衝散、
張獻忠如同喪家之犬一般，帶着幾十個親兵掉頭狂奔，幸好川兵沒有騎兵，讓他得以逃脫。
（特別鳴謝小米粒蛋黃兄弟的重賞！）