九州和幕府的最後一戰，雙方投入的主力部隊共計十七萬，但實際上雙方投入的兵力遠不止這個數字，九州軍調動了幾乎全部的海軍投入了此次的戰役，同時還動員了近二十萬的民夫，而幕府不止動員了上十萬的民夫，更是組織了出一支五萬人浪人隊伍。
雙方在巖槻城進行了第一場大規模戰役，九州軍共計投入了四萬人，而幕府投入了三萬人。九州軍憑藉火器和人數上的優勢，在巖槻城擊潰幕府的軍隊，老中阿部忠秋、巖槻藩藩主阿部定高等多人戰死。
幕府大軍被迫退往江戶城。
三月六日晚，保科正之在江戶召開了最後的軍事會議。酒井忠勝針對幕府兵力缺乏的現狀，提出集中兵力與九州軍在江戶城北決戰，這個提議得到了保科正之的支持。
三月七日，最後一戰打響。雙方各盡手段，展開了殊死搏鬥。六十八歲的酒井忠勝親自率軍直衝鄭森的中軍，希望能一舉拿下鄭森的首級，擊潰九州軍。鄭森中軍人數雖只有兩萬人，但卻是九州軍中精銳的部隊，左右武衛營，左右虎衛營、驍騎營全部都在中軍。
在酒井忠勝的帶領下，幕府軍雖都悍不畏死，但是面對裝備佔盡優勢的九州軍，卻是討不到絲毫便宜。在幕府軍連續三輪攻擊之後，驍騎營的龍騎兵發起了反擊。
酒井忠勝的大軍在進行數輪攻擊之後，兵力損失慘重。面對龍騎兵的反擊，幕府軍節節敗退。到下午一時左右，九州軍取得了決定性的勝利，幕府中軍被擊潰，酒井忠勝戰死，酒井忠勝的首級被九州軍奪取。
酒井忠勝戰死的消息迅速傳遍戰場，幕府軍的士氣更加低落，由浪人組織起來的軍隊首先潰敗，浪人們丟盔棄甲，四處逃散。幕府軍全線潰敗。殘餘的幕府軍退守江戶城。
九州軍士氣高昂，趁勢攻擊江戶城，而江戶城內的內應也開始在城內四處放火，整個江戶城都燃起熊熊大火。不到一個小時，九州軍便攻破了江戶城。
到下午四時左右，九州軍攻入了御城。
到傍晚時分，江戶幕府時代最大規模的擁有五重六層的天守染起了熊熊大火，大火在數裡之外也能看見。
“大人，德川家綱已經授首，德川綱重、德川綱吉兩人暫時還未找到。”
“繼續找，德川家的人一個也不能放過。另外傳令，封鎖全城，一直到找到兩人爲主。”鄭森下令道。
……
江戶是全國的政治中心，各地的大名參勤交代的地方，城內堆積了無數的財富。而對於九州軍來說，姦淫擄掠這樣的事情已經不是做一次，這使得在尋找德川綱重、德川綱吉兩人的過程中，上十家的大名屋敷被毀，無數的慘案在城內上演。
一直到深夜，九州軍纔在一間倉庫裡找到了德川綱重、德川綱吉兩人。
三月八日清晨，鄭森下令禁止一切打砸搶燒、姦淫擄掠的行爲，同時發佈安民告示。
三月十五日，鄭芝龍下令處死德川家所有男丁，包括德川家的家臣以及他們的家小，才幾歲的德川綱重、德川綱吉也未能倖免。這一命令使得多達一萬七千人被處死。
江戶的陷落，德川家的滅亡，東瀛終於再次一統。但東瀛實行的是完全的軍政分離的政治體制，這種政治體制也留下了禍根。
東瀛重新統一之後，東瀛很快便派出了使者納貢，確認藩屬關係。
“陛下，使團的團長是鄭森，但良仁天皇以其他名字混在使團之中。”
“待良仁抵達京師，安排一下。”朱由校道。
“諾。”
……
朱由校在乾清宮召見了良仁，這對父子第一次相見。
“陛下，臣想姓朱。”良仁突然說。
“東瀛的天皇本無姓氏，朱爲國姓，朕便下一道聖旨，賜你姓朱。”朱由校應允道。
“謝陛下隆恩！”
“你不會怪朕沒有照顧你們母子吧？”朱由校問道。
“不會。母后也從來沒怪過你。臣在今天這個位置，更是理解當年陛下的選擇。”
“自古君王皆薄倖，最是無情帝王家。朕不是一個好丈夫，也不是一個好父親。”
“但陛下是一個好皇帝，母后曾說過，陛下繼位之時，帝國千瘡百孔，風雨飄搖，大廈將傾，陛下繼位之後，勵精圖治，前後頒佈十條新政，使得帝國開創了前所未有的盛世，武功之盛，更是無人能及。”
“你有沒有想過朕爲什麼沒有直接出兵東瀛？”朱由校問道。
“想過，以前不明白，來了帝國之後臣才明白。”
“說來聽聽。”
“當年陛下應該是沒有能力出兵東瀛，纔想着扶持顏思齊的。”
“的確是這樣，東瀛距離帝國路途遙遠，而且東瀛民心不在帝國，當年如果強行出兵東瀛的話，需要舉國之力，朕相信是能夠佔領東瀛，但卻無法統治東瀛，這需要數十年時間，這是一場只有投入沒有回報的戰爭，而且顏思齊的人品不錯，所以朕纔想了後面的辦法。”
“東瀛不過彈丸之地，產出不及帝國的萬分之一，如果能最小的代價控制東瀛，的確是上上之選。”
“今天帝國已經有能力出兵東瀛了，你希望朕出兵東瀛嗎？”
“臣不希望。陛下與母后已經爲臣做到最好了，剩下的應該留給臣來做。”良仁毫不猶豫地說道。
“你很聰明，慈炅，慈焾，慈炫等幾個皇子眼睛裡看到只有朕屁股下這一個位置。”
“龍生九子，各有所好。臣與他們站的位置不同，自然看法也不同。”
“看到朕後面這幅地圖了嗎？”朱由校指着背後的世界地圖問道。
“臣看到，臣準備回去之後，也製作一副。”
“這一塊地方西洋人稱爲非洲，地大物博，有東瀛的幾十倍大，但卻沒有像樣的國家，未來東瀛可以目光放在這裡，甚至有可能的話，可以將遷都到此。”朱由校建議道。
“臣會考慮陛下的建議。”