加爾各答堡被土邦大軍包圍的時候，南洋艦隊在印度半島的西海岸包圍了葡萄牙人的總部果阿。
南洋艦隊的8艘大帆船、東印度公司的2艘蓋倫船和7艘小艇、尼德蘭人的2艘蓋倫船和3艘小艇出現在果阿城外面，要求葡萄牙人放棄抵抗投降。
葡萄牙人作爲第一個開啓大航海時代的國家，到這個時候也算是倒了八輩子血黴，被波斯人、印度人從附近海岸趕走，據點也先後被尼德蘭、不列顛、華夏奪走。
果阿城中此時就有幾年前被九州軍從馬六甲趕走的葡萄牙人，他們沒有返回歐洲，而是在被釋放後部分遷移到了果阿城。葡萄牙人爲了增加對這裡的影響力，他們從葡萄牙本土遷移人口過來，還鼓勵男子和當地的婦女通婚來增加人口，使得這裡的人口達到了將近10000人。
這些人成爲了這裡的半永久居民，不願意接受東印度公司的管理，所以他們拒絕了投降。
葡萄牙人在果阿城外面的淺灘、河流一帶建造柵欄，還鑿沉了部分船隻堵塞航道，葡萄牙人的各種戰船將炮口朝向聯合船隊到來的方向。
“葡萄牙人果然沒有那麼容易投降，他們這是打算要頑抗下去。”鄧千龍在觀察果阿城的情形。
這座葡萄牙人的總部位於河流入海口，有河流和海灘作爲保護，只要有一支強大的艦隊，那麼土著大軍很難攻破果阿城。
但是一旦沒法控制河流和海洋，那麼果阿城就陷入了困境。
“他們部分性能較好的蓋倫船被西班牙國王調回了歐洲，參與和尼德蘭人的戰爭，所以尼德蘭人才願意在這次行動中幫助我們一同圍攻葡萄牙人。”佛朗西斯日說道。
“分一支步兵和炮兵到岸上進行圍攻準備，在我們消滅他們的船隊後從陸地上對他們進行強攻。”鄧千龍對這次大圍攻充滿信心，不過他也做好了付出代價的準備。
葡萄牙人在東印度還是有着一支強大的船隊，他們在這裡擁有着4艘蓋倫帆船、2艘大型槳帆船、30艘小型槳帆船，其中2艘蓋倫帆船是幾年前從馬六甲撤回的船隻。如果不是西班牙國王將部分蓋倫帆船調往歐洲戰場，這裡可能有更多的帆船。
對葡萄牙人的大圍攻開始了！
葡萄牙人的船隊逡巡在海岸，試圖阻止聯合船隊進行登陸行動，聯合船隊對葡萄牙人的船隊展開了激烈的炮擊，同時掩護登陸部隊乘坐小艇送上海灘。
大海上大炮轟鳴、煙霧瀰漫，葡萄牙人的船隊受到了猛烈的重創，大魏號風帆戰列艦與一艘葡萄牙的蓋倫船幾乎貼在一起纏鬥！
大海上的戰鬥持續了超過4個小時，其中1艘大型槳帆船和7艘小型槳帆船被南洋艦隊的火炮擊沉，2艘蓋倫帆船被重創！
葡萄牙人見無法阻止對方的部隊登陸，他們只好退回了港口之中。
一支步兵和炮兵組成的圍攻小隊得以在果阿城以南登陸，這支小隊由700南洋艦隊官兵、200東印度公司的僱傭兵、100尼德蘭人，共計1000人。
他們在岸上紮營，同時開始在當地招募挖掘坑道的土著，他們使用貨物和金銀在當地和葡萄牙人交惡的封建主那裡招募了超過5000名土著來進行土木作業。
聯合船隊徹底斷絕了果阿城和外界的聯繫，隨即船隊的重炮對港口內的剩餘船隻進行炮擊，而果阿城中的葡萄牙人只能夠默默地承受聯合船隊對果阿城的炮擊，不斷有船隻被擊沉，他們只能夠偶爾用爲數不多的海防火炮還擊。他們的火炮要同時防守海洋和陸地，火炮的數量已經不足了！
“開始攻城！”
聯合船隊取得制海權後，超過5000名土著圍着果阿城，在華夏人的指使下挖掘與果阿城平行的壕溝，並且呈之字形向果阿城推進！
大圍攻持續了兩個月，巨大的消耗讓要塞內的彈藥庫存告罄。聯合船隊的持續封鎖也讓守軍的口糧供應中斷，接着是水源儲備的急劇減少。
多重火力壓制、圍攻的守軍日益逼近，隨着土著大軍挖掘的壕溝距離要塞不到100米，南洋艦隊送到岸上的榴彈炮已經可以輕易地越過城牆對果阿城殺傷裡面的士兵、居民和建築，要塞內的葡萄牙人終於開始動搖。
他們之前可是沒有想到有這樣的大圍攻！相應的，他們沒有在果阿城準備很多的物資儲備，整整兩個月的大圍攻讓物資消耗超出了他們的想象！
如果僅僅是從陸地上的正面強攻，他們還能夠堅守更久，然而聯合船隊從水面的封鎖卻是更加致命，他們沒有辦法從外界獲得支援和補給。
孟買七島還有少量的葡萄牙守軍，這支守軍別說支援，就是自保都是一個難題。
“總督，城外的敵人已經將壕溝推進到了距離胸牆70碼的距離，他們只需要兩三日的快速作業就能夠佔領胸牆，很快就會用炸藥對中堤進行爆破……照目前的消耗量下去，只要一個月的時間我們的火藥就會消耗殆盡……”
“見鬼，更加糟糕的是我們沒有足夠的糧食了，現在每個人的分量是平時的一半，體力完全跟不上，部分食物還開始腐臭……”
“歐洲那邊不可能派出艦隊來救援我們，就算派出了救援船隊，從歐洲到這裡也根本來不及！”
果阿城中的葡萄牙人人心潰散，紛紛向他們的總督施壓。
果阿總督一開始還希望希望率軍死戰到底，此時見到大圍攻下其餘人士氣低落，估計無法守住果阿城。
“我們的果阿城經營了將近100年，實在不甘心就此讓出來。不如將敵人放進果阿城，我引爆彈藥庫與敵人同歸於盡！”葡萄牙總督眉頭緊鎖，環視自己的手下們。
“可是總督大人，果阿城還有不少婦女和孩子，要是我們引爆彈藥庫，進攻的野蠻人一定會因爲憤怒而屠城，我們不能害了他們。”
“果阿城對於一些很早就在這裡定居的人而言，這裡就是他們的家園，引爆彈藥庫會摧毀這裡。”
一衆葡萄牙人阻止了總督瘋狂的想法。