三天之後，日本官方總算對發生在東京駐日公使館的暴行做出了迴應，一方面是因爲在這次不幸事件中有日本外務省官方人員遇難，另外一方面更是考慮中國軍方扣押滯留在華的外交人員和僑民的壓力。日本外務省決定聘請第三國調查小組，對東京中國駐日公使館進行詳細的勘察，然後調查小組親赴中國向南京總統府做出正式報告，繼而協商賠償問題。
中國外交部當然很清楚這是日本人的一場作秀，目的就是通過所謂的“第三國調查小組”，把日本政府文明的一面傳播到世界上，順便還能與中國軍方報復性扣押日本公民做一個比較。不過外交部並沒有太在乎這一點，而是反反覆覆在各大報紙和通訊機構中強調中國駐日使館當日發生的慘況，包括十三歲小女孩遭到嚴重侵犯。
至於在交涉方面，伍廷芳奉行吳紹霆的指示，決定向日本索要現金賠償。只是這一切還要等“第三國調查小組”經過一系列程序之後，才能進一步展開交談。南京總統府已經做出了預計，向日本索賠的金額百分之八十支付給遇難者，剩餘百分之二十則納入國庫，儘管從名義上這麼做不好，可如果沒有國家做後盾，日本絕不會支付這麼昂貴的賠償金。
同樣是在這一天，在金州集結完畢的東北三省第一路軍，開始向旅順要塞發動進攻。從另外一個側面來講，東北三省第一路軍在這個時候投入作戰，多多少少都給人一種彷佛是在響應東京使館事件似的。
儘管今天距離開戰已經故去了將近十天時間，中朝邊境的三路大軍早已開始行動，而東北三省第一路軍在自家境內卻顯得不緊不慢，直至今日才正式發動第一輪進攻。這主要的原因並非是因爲第一路軍的自身因素，而是爲了協調整個中日決戰大局的戰略部署。
客觀上來講，第一路軍需要整頓剛剛收歸國有的南滿鐵路，鋪設軍用交通系統，其次則是要與青島德軍司令部的步調達成一致，確保隨時隨地都有海軍艦隊前來支援。除此之外，延緩第一路軍的進攻日期，對開戰前期的經濟開支有極大的減負。
在集團軍司令部戰略會議上，蔡鍔制訂的主體戰略是在正面戰場獲得絕對優勢，而在旅順租界的戰場上僅僅是輔助主體戰略，將旅順租界演變成日本軍事整體的一個持續流血傷口。因此在收回南滿鐵路之後，僅僅是在金州一線與旅順形成對峙，牽制第五師團在旅順一動也不敢動，並不急着發動進攻。
事實上，在東三省第一路軍完成編制並陸續開進金州之後，第五師團已經失去了撤離旅順的最後機會。對於第五師團來說，在經歷了青島戰爭時期的大轟炸後，面對早有準備的中國軍隊兵臨城下，他們甚至連主動發起進攻的信心都沒有。
日本陸軍省和參謀本部在這件事上一直感到很懊惱，只能指責中國單方面突然開戰，導致整個計劃都被閹割了最主要的一部分。參謀本部不得不承認，第五師團現在成爲了甕中之鱉，更貼切的來形容就是成爲了中國的人質。以第五師團的兵力，即便動員旅順的所有僑民參與作戰，最終只能是被動的防守，如果在中朝邊境的正面戰場上無法奠定優勢，第五師團永遠不可能發起反攻。
不僅如此，日本海軍還要分擔更多的壓力，第五師團常備兵力一萬多人，總不能眼睜睜的放棄他們不聞不問，既然失去了南滿鐵路的陸地交通線，那就只能依靠海上運輸來爲第五師團提供後勤保障。雖然從六月五日開始，趁着德國遠東艦隊還在準備期間，日本通過僱傭第三國商船緊急向旅順輸送了幾批物資，可這些只能應付一時之需。
從六月十日開始，中國宣佈了渤海、黃海軍事限制令，規定遼東半島附近沿海屬於交戰區，所有未經許可的船隻禁止靠近軍事限制海域。這天開始，旅順要塞徹底陷入交通癱瘓，而日本本土要想繼續援助旅順，就必須依靠軍艦護航。
金州南部的第一天交戰並沒有像丹東鴨綠江那樣激烈和傷亡慘重，雙方僅僅是依靠炮兵不溫不火的對射了一陣，隨後主要就是偵查兵的試探性進攻。張作霖命令部隊保持謹慎的姿態，儘可能的不要發生短程大規模交火，把整個戰場的進度控制在最緩慢的程度。
就在這段時間，日本陸軍省和參謀本部連續召開了數天的會議，確定中日作戰的最新戰略思路，推翻之前制訂的假象計劃，決定先以戰略防守爲中心，儘量利用對朝鮮地理了解的優勢，深溝固壘築造一批陣地防線。利用陣地防守爲主要應對措施，一方面在前線拖延時間，爲後續部隊的增援做鋪墊，另外一方面則是儘可能利用陣地戰製造殺傷力，消滅中國軍隊的有生力量。
鑑於中朝邊境沿着鴨綠江一線佈置的防禦工事過於簡單，參謀本部甚至做出了預備方案，立即開始動工構築第二道防線。一旦鴨綠江防線告失，前線的部隊和後續的部隊可以立刻退入新的防線繼續作戰，雖然付出了一定的代價，但依靠更堅固的第二道戰線，必然能給中國軍隊造成更嚴重的阻擊，遲早都是能夠扳回局面。
經過一番論證，參謀本部決定將第二道防線設置在芥川至咸興一段，主要的陣地仍然是芥川、妙香山、松山裡和咸興四處。妙香山與松山裡之間行程了連綿起伏的山區地形，路況非常複雜，這是天然的阻礙屏障。而掌握了妙香山和松山裡兩地，就能控制貫穿芥川至咸興之間唯一的一條山區公路線。
因此，對日本守軍來說可以從容應對各個陣地防線的相互支援和後勤保障。相反對於中國軍隊而言，由於沒有可用的交通線提供後續兵力和後勤補給，是不可能試圖繞開正面陣地發起進攻，而無論是集中兵力突破一點還是展開全面進攻，都將陷入陣地戰的可怕消耗中。
爲了保證第二道防線的順利動工和充裕的施工時間，工兵部隊先一步着手測量和設計防禦工程草圖，朝鮮總督府則從即日起開始強行徵召民夫。防禦工事正式開工定於六月中旬，整個工程預計需要兩個月時間成型，三個月之後才能投入使用，完全竣工則需要四到五個月的時間。根據這份工程預測，參謀本部要求鴨綠江第一道防線的各師團，無論如何要將戰事拖延到四個月以上。